抗日戰爭期間，和淪陷區相比，四川是個相對比較穩定的地區。但是，南京國民黨政府遷至重慶，統治力量加強。真耶穌教會總會遷重慶，加強了真耶穌教會在四川傳播的力量。淪陷區不少民眾逃難到了四川，在水深火熱的民族矛盾和階級矛盾中，為真耶穌教會在四川的發展，提供了極為良好的土壤。
前面已經說到一九三三年，總會同意湖南成立了以黃以利亞（曙光）為首的靈恩布道隊。先到了宜昌，“聖工大開”。布道隊又派湯志場同任（？伍）興海兩人入川，一九三五年黃曉光也入川幫助。首先“揀選”了重慶市市長張必果的夫人，於是“非常神奇不斷顯現”。當時最為興旺的是在四川廣安。不到一個月加入真會的就有一百八十余人。但“四川幫會團結排外，誣告本會施洗祈禱為邪朮。縣長怕他們的勢力，又加上級政府沒有加以有效的保護，未熟的果子被大風搖落下去了。”已見前述。
廣安真會被封閉之后，《卅年專刊》載，真會總會（時在上海）於一九三七年八月六日呈文內政部，報告“廣安本會近被解散不准集會”，并要求“呈請通行各省市切實保護。”內政部發“禮廿一－－廿六年八月廿四日發00九四六號復文”作出處理。稱“已援情咨請四川省政府查明保護矣”。至於“所請通令各省市切實保護一節則應毋庸議”。
此事發生在上海八·一三事變前后。八月六日，上海總部為廣安事件呈文內政部，八月二十四日內政部批文下達。雖然如此，從記載看，廣安真耶穌教會被縣政府封閉之后，直到一九四七年亦未能恢復。
一九三六年十二月，上海總部舉辦第四期神學會，四個月，四川參加的學員有何馬利亞、辛循光、鄒馬可。回川以后努力“為主工作”。但重慶的情況，原來市政府那部份人離開了重慶。原來又沒有買下地方，有力量的人又不多，所以直到抗戰爆發時，四川雖然還有重慶一處真會，但人數不多，力量也不大。
抗戰爆發，吳約翰全家由南京入川，“住在重慶七星崗真會的樓下。四層樓房與教會各占其半。可是十居八九的費用，都由吳贊生長老全家負擔了。”
《卅年專刊》說 ，在總會遷渝之前，曾先派酆榮光執事住持渝會，但沒有記載詳細情況。后來，一九四七年在十一次全大上，酆榮光的報告中，說明了一些。見《真耶穌教會聖靈報》第一卷第一、二、三期合刊。說是一九三七年“全大”（當為第十次全大）之后先到的湖南，在湖南工作。“迄二十九年（一九四零年），奉調至重慶工作。憶初去時，正適敵機肆虐，轟炸頻仍。凡屬同靈，均感痛苦。加以會堂三次被毀，全體同靈均陷於萬難交迫情勢之下，實感無法復興。幸蒙主恩，藉全體同靈，百折不撓之尚勇精神，竟於三十年（一九四一年）冬，重建會堂，恢復聚會，靈工大作。各省難胞均至該處聚會。總會交（？，又）得該處相當援助。職為推廣真道計，并先后至川東、西、南、北各有本會之地，予以援助工作，均甚圓滿。尤其川北，靈種廣布，信者繁多，極為發展……。”酆榮光介紹了渝會艱難困苦的情景，教會迅速發展的態勢，由於是在大會上的發言，只能概括，而不能詳細介紹。
而渝會同總會的相互支援，《卅年專刊》的介紹反倒更詳細一些，雖然也是概括。說是，總會於一九四四年遷到重慶以后，對於“渝會聖工”隨時扶助。而渝會又幫助總會。因為總會初遷重慶時，人手稀少。渝會的負責人又把一切力量貢獻給總會，“有謀同商、有事同勞、有錢同用”。總會工作因而順利，“渝會靈工也漸漸興起”。
四川的情況，由於重慶教會和總部在一起，有些情況很難區分得清清楚楚。在十一次全大上，魏以撒的發言應當既涉及總會，也涉及渝會。請參見本編第一章第二節。
在第十一次全大上，四川代表郭子民報告四川情況時，則如是說：“四川教會開創於廿五年（一九三六年，誤，當在一九三三年，見前述），經黃以利亞執事率布道隊到川。廿六年（一九三七年）吳約翰全家到重慶扶助教會。俟后，宜昌回川之楊公正到川北、恩施教會遷川南之信徒到南溪，於是三方而會合成立駐渝辦事處。由吳執事、酆榮光及兄弟負責。”由此，四川當地教會的骨干應為三個人：郭子民、吳約翰、楊公正。
四川各地的真耶穌教會，據《卅年專刊》所載，大體上可以分為四大區域：
1、川東區。奉節縣有兩處。這是“在大艱難中產生的。”在民國二十七年（一九三八）冬，黃曙光、王永生、戴義民等帶領宜昌的靈胞逃難路過奉節縣時，黃曙光同奉節的慈幼協會接洽創辦難童教養院，黃被委任為院長，於是乘機創辦了教會。
2、川西區，在南溪縣境，以致於附近的古宋縣、瀘縣、宜賓一帶。
在民國廿九年（一九四零）日寇侵至湖北恩施。在榮軍教養院的“本會靈胞”，據政府命令西遷，到了南溪。這一支日漸發達，還舉行了獻堂典禮，總會還派遣董玉林執事前往參加。在南溪起過重大作用的王重光，他深謀遠慮，日夜不懈。“主又揀選了多人在各地服務，某長老（？）也前往作他們的幫手。曾開辦神學講習會一次。每次布道大會曾有三百人聚會。計在南溪一處受洗的已有四百多人，十一樣靈恩無不全備，哈利路亞！”
3、川北區。在川北“播種靈種”的是楊更(公)正。他是在宜昌“蒙恩”的。到川北播撒了真耶穌教會的“靈種”。在一九三八年的五月及八月先后創立西充的才橋和仁和場兩處教會。不過，后來他“因為缺少靈界經驗，竟受了邪靈的迷惑”，於是“川北本會就受了無形的打擊。不過靈種是已經種下去了。”
此后，又有梁約瑟執事從重慶前往，以仁和場為起點，漸次向四周發展。不過，這又是后話了。
4、川中地區。就在重慶左右。《卅年專刊》除前述有關情況而外，其他所知情況都在一九四七年了。
在一九四七年第十一次全國代表大會上，酆榮光、郭子民的發言，都涉及到抗日戰爭時期的四川真會。（見《真耶穌教會聖靈報》第一卷第一、二期合刊，紀念卅周年和第十一屆大會專刊）郭子民所說只有概略，酆榮光則有稍為詳細的介紹，重點則在重慶。謂：“迄（民國）二十九年（一九四零）奉調至重慶工作。憶初去時，正迨敵機肆虐轟炸頻仍，凡屬同靈均感痛苦。加以會堂三次被毀，全體同靈均陷於萬難交迫情勢之下，實感無法復興。幸蒙主恩藉全體同靈百折不撓之尚勇精神，竟於三十年（一九四一）冬季重建會堂，恢復聚會。靈工大作，各省難胞均至該處聚會。總會交（？又）得該處相當援助。職為推廣真道計，并先后至川東、西、南、北各有本會之地予以援助，工作均為圓滿，尤其川北靈種廣佈信者繁多，極為發展。”
以上四個區域，在這個階段，現在能找到詳細記載的,只有《卅年專刊》所載川北的狀況。在民國三十六年（一九四七）三月卅一日川北聯席會的代表王雅各，出席在重慶召開的四川省支會成立大會時作了一個報告，報告了川北真耶穌教會的發展史略，其概如下：
民國二十七年（一九三八），楊公（更）正在宜昌“蒙恩”，隨即返回西充縣復興場本鄉。在鄉“禁食三十九天，立志傳道”。與李雅各耀久等共同建立教會於西充天橋場李耀久家。后二人到西充縣傳道，被縣政府拘禁兩月有余。出獄后，又傳道三年，楊“被主接去”。李耀久在四鄉苦傳，嗣后“聖工”發展甚快。謝光才、謝光武兩位到重慶真會接梁玉根（約瑟）傳道到西充幫助。梁很能吃苦，工作非常努力。重慶酆榮光執事也曾兩次到西充幫助，教會根基逐漸穩固。楊公正的父親楊香宸（亞倫）亦領洗傳道。楊香宸系前清文生，“德學兼優”，雖年已古稀（一九四七年時已經七十八歲），亦不避寒暑，長途跋涉，扶杖“遍傳福音”“令人感奮不已”。“其《聖經》之熟，當算為川北傳道中之第一人。”民國三十年（一九四一）“聖靈動工”，即先后開創仁和、雙江兩分會。會務日繁，遂經會友代表大會議決，依照會章成立真耶穌教會西充辦事處於西充仁和場。至此，方始建立“川北聖工根基”。當時的負責人有：何奠安、杜有農、王在玆、龐積成、謝光才、謝光武等，“頗努力捐助，推動川北一帶聖工。”民國三十四年（一九四五）六月，組織布道隊到南部開創教會，“聖靈大大動工（此時雅各在此開創，與王樹生同工），救恩普遍川北西南鹽三縣。神跡奇事，所在皆有。”
一九四六年，因為“聖工發展甚速”，遂召開川北理監事會議。議決遵照總會及國民黨政府的規定，把原來的西充縣辦事處改組為“真耶穌教會川北聯席會”，會址設在西充縣仁和場徐家祠。除呈報總會備案而外，又向西充縣政府備案，縣政府批准指令存卷。
這一年（一九四五）春季，理事李洪聯、張耀武、喻在容等熱心提倡，修建“聖殿”一所。在南部西門外車站上面。按一九四七年的物價指數估計，約值四百余萬元。教堂前約一百碼即為川陝公路，地勢雄偉，可以俯瞰全城的風景。
在這個階段，真耶穌教會在四川的發展過程中，也出現過“邪靈”的干擾，除前述楊公正（更正）而外，還分離出來一個“天母會”。
據《卅年專刊》載，天母會創始人為戴藏珠。江西人，女，年約四十。幼時曾念過一些儒家典籍，作過女相士。其夫為真耶穌教會的王某，所以知道真耶穌教會。民國廿八年（一九三九）秋，某傳道人（？）從武漢飛到重慶的時候，她受了洗。時間不長，她就瘋狂起來。她在加入真耶穌教會以后“沒受靈洗”，遂辭去保育院教員的工作，與其夫到青木關求聖靈。她說她曾禁食四十天，在旅館中同主耶穌結婚。說自己才是教會，只有她才是真正的新婦。據《聖經》上所說男與男行可恥的事是犯罪的行為一句話，大發議論。（內容無記載）。說什么教會既然是新婦，新婦必是女人。但女人很多，只有她一個人才是。況且各國都尊天父，不知有天母，人類怎么可以有無母之國呢？有母，則為我戴藏珠。并不再與其夫同寢。說什么：“我良人主耶穌時常和我同寢，所以我不敢再與王先生同寢了。”
戴藏珠夫婦二人遂掛起大十字的招牌，云游治病。每人掛號費一元，先由她給病人祈禱、按手，然后由其夫給藥醫治。在成都下監牢四十七天。又從四川徒步走到寶雞，“想迷惑那位給她施洗的人。辯論問難的日子已經多了，仍是兩不相服。幸有神權判斷真假，才使她們離去了。前后有十余人曾追隨她。
一九四零年，寶雞一帶大旱，麥子都要干死了，“全教會請求某傳道人為他們求雨。聖靈就預言說：‘十天內必降透雨’。於是同朱西拉、黃提摩太、陳謝塵等天天禁食祈禱，以靈錐鑽透銅天﹝6﹞，
蒙主許可，當眾宣布那句預言。
那位自稱天母的也當眾說：‘若是你們承認我天母，六天就下雨；若不承認我是天母的話，六年也不給你們下雨了。叫你們丟人！使你們好好認識我。’
那位得啟示的人又當眾問她說：‘若在十天之內下雨呢？’她說：‘若下了雨我就去弔死。’
到了預言的第九天的下午，天油然作云，沛然下雨，滂沱如注，歡聲雷動。”
第二天早晨，有些好事的人就手中拿了繩子找到戴藏珠，問她上弔不上弔，這兒有繩子。她當然不敢作聲，“但沒有悔改的表示”。雨住了，她也就走了。后來又到過西安、到過河南，無人接受她的傳道，后不知所終。不過，她雖然如此，“除了謬解經義之外”“口中沒有毀謗個人的話”。她的丈夫王彼得也是如此，口中不毀謗人。他對某傳道人雖然很好，但“因為他犯了大罪危害主的教會，也不能叫人不防備她。”
據《卅年專刊》統計表，在抗戰期間四川新建的分、區會有：一九三八年五月，楊公正等創建大橋場區會；八月，楊公正又創仁和場區會。一九四零年九月，王永生創奉節分會。一九四一年正月熊瑪拿西等創建南溪分會。一九四五年七月，王雅各等創流馬區會，王雅各又創南部分會。一九四四年十月，梁玉根創雙江鎮區會。