在一九四七年召開的第十一屆全體代表大會上，福建支會代表張提門報告說：“抗戰以前，教會很發展，抗戰后，交通不便，教會阻礙；加以假弟兄之攪擾，故同人越努力推動，仇敵越實行阻攔。故往前十年，創六十會；十年后，開展之教會尚不足十處，本人非常慚愧。”這個報告太籠統，許多詳細情況無法得知。
在這個歷史階段，陳光藻《真耶穌教會總會及部分省縣分會簡史》一書頗多涉及，但多集中在莆田。
一九三六年在黃石堂設立“莆東區辦事處”，負責管理莆田、南洋及沿海各教會及祈禱所。由龔那翁任主任；唐向標、林亨、朱永奎、林推基古、張朝朗、鄒道基、林道明、林瑞、洪載智（阿開）等為傳道。一九三七年，在涵江堂設立“莆北區辦事處”，李路加為主任兼傳道，還有鄭永生、陳啟磐、陳永斌、陳信堅等人為傳道。
一九三九年，日軍已經占領金門，經常空襲莆田，但一直未能占領莆田，只占據了北邊的福清漁溪，及南面的惠安。
一九四零年（陳光藻又一說在一九四一年），祁志忠、洪載智、黃鑒湖三人以反對支部某些人為名，在江東堂自行組織“莆中辦事處”。以祁志忠為主任，洪載智為副主任；林仲甫、龐榮春、林文茂、陳玉書、朱瓊枝（即枝孫舍）等人為傳道。割據江東、清江、鎮前、后郭、暢山、青宅、新浦、哆頭以及北高等各會所與“莆東”、“莆北”辦事處分庭抗禮，公開分裂莆田教會。一九四四年，朱瓊枝在新浦堂晚間聚會時講道，死在台上。一九四六年正月，在黃石堂建立“莆東北辦事處”，仍選龔那翁為主任，唐向標為副主任，陳光藻為文書；傳道有林亨、朱永奎、林推基古、張朝朗、鄒道基、林道明、林瑞、陳信堅、陳啟磐。李路加、陳文斌已去世，把原來“莆中”辦事處所屬各堂組織起來。
一九四七年，總會派周安得烈、酆榮光到福建；周安得烈力主莆田兩派合一。九月，在莆田召開全縣代表大會，成立“莆田縣分會”，取消“莆東北”和“莆中”兩個辦事處，選酆榮光任理事長，龔那翁、宋步梯（亞波羅）兩長老任常務理事；林推基古、張朝朗、林亨、林道明、鄭彼得（春榮）為理事。
選舉結果，洪載智落選，理事中洪之同伙也較少，就想從中破壞。提議全縣各會分成三個區，藉此分裂。酆榮光起初不察，后覺不妥，遂在涵江堂召開縣分會理事會議。洪載智、祁志忠等密謀，搗亂。屆時洪、祁一伙大打出手。由於鄭美華通報龔那翁長女龔玉珠，龔玉珠報警，事態方才平息，而大會當然也流產了。
不久，洪、祁的骨干，四十五歲的龐榮春腹脹病去世。洪、祁繼續進行分裂活動。祁於一九五一年，因罪大惡極被處死刑，洪則於一九五八年死去。
在此還需要交待一筆的是，即當初反對總部制定規章而另組“耶穌聖神教會”的林西拉（何西）、陳見信的情況。前面已經提到，陳見信在一九三三年八月，在莆田參加“閩南支部代表大會”及靈恩大會時，在眾人面前跪在台前，認罪禱告，棄邪歸正，堅決脫離林西拉、陳子瞻的分裂集團。一九四七年，在福州召開的福建支部代表大會上，由周安得烈給陳見信按手恢復長老聖職。陳子瞻則因與一婦人通奸，一九四三年，被群眾打死，丟入一污水坑中。林西拉在福州開牙科，一九五一年，因罪大惡極，被處死刑。
在這個階段，關於福建支會，《卅年專刊》毫無記載。所見者，在福建各地活動范圍較廣的仍然只見李國良。在《卅年專刊》“受警戒回頭事主”一文中記曰：一九三八年，李在丰譚傳道。受聘與王鴻云在南城頭開辦教會。一九三九年在高山一帶傳道。一九四零年，在平潭組織考究聖經會。一九四一年，李國良在三山區會重修教堂。李國良自證說：“三十年（一九四一），民軍入（平）潭，對信徒聚會發生阻礙，請我前去。至平港，遇民軍開槍將船迫入良宮澳。將我押到江邊槍斃。我大聲禱告。有良民出而作證，被釋放。為避民軍，與譚子靈胞游金川。江中大風浪，我二人禱告，蒙主救到大福本會。后往西山墩湖南本會工作，后回家。又有半民軍哄我到僻靜之處，將我推倒，向我頭上放槍。主保護，槍子彈由槍蓋上出去，我即跑了。全隊將教會四面圍住，由林聖桂等說情了結。”一九四二年，“群會返舍”。三月，染時瘟，傳染一家八十人，妻媳相繼去世。經張執事勸解，一九四三年又重新“為主作工。”李國良自證中有些事情，於今難以考釋。“民軍”及“半民軍”為何許部隊不詳，或為地方民團一類的武裝？李國良與他們究竟結下什么樣的仇結不詳。
下面分述各地概況。
虎邱區會
據何永生的撰述，到一九三六年，何章惠因為家庭經濟困難，身任聯保主任，“教會乏人幫助，漸漸衰微。惠之所為不悅於神，苦難甚大，教會亦受迫逐。及三十三年（一九四四）惠自悔過，專心辦理教會。神乃施大恩，教會頗得進展。得四榻厝屋一座為會堂，整理頗雅，神恩極厚。”虎邱區會自一九三六年起開始衰微，曆經七八年的時間，到一九四四年方才恢復，時間不謂不短。只是因為群龍無首，才漸漸式微。
三山區會
前面講到一九三四年八月開始組織教會，后因人員發展“願獻堂所”。在一九三六年造牆，一九三八年鋪平天井，一九三九年向王朱仔贖房屋三間。一九四一年李國良又重修教堂，信徒們大力協助，告竣。但最初“蒙恩”的王紅紅“忘恩叛逆，從恩典中墮落”。不過，不知墮落的細情是什么。
南城頭區會
到一九四一年受戰爭影響，教會漸漸衰微。但無詳情記載。
海口區會
一九四零年，林傳炳等遭日機轟炸，慘傷六人。當年十二月十六日，周發瑾召集信徒會議，遷移到東閣村，暫借陳昌傳家拜神。曆時三年，一九四三年遷回海口，照常守安息。
后耀區會
到一九四二年，江厝村、白鶴村、荒江村的教會分出來，成立了江厝區會。《卅年專刊》十五集，《各地本會概況統計表》中作一九四三年創會，創始者為江紀朝。
江厝區會
先是在一九三七年，江厝的江紀調（江紀調、江紀朝是否為一人，不詳。）患“肚腹隔蠱之病，兼瘋毒之痛”，服藥問卜全無功效。到農曆九月二十七日進入后耀區會，“蒙主拯救，得以痊愈。”到一九三八年，引導五家人，在本地設立祈禱所。附屬后耀區會管理。安息日往后耀拜神，而下午及晚會則在本處祈禱所。到一九四二年的十二月，翁繩鋆“受神迫立本會。”他的小女兒美珠死去活來，祈禱無效。后在安息夜迫切禱告，求主指點有什么缺點。“主顯示叫他提倡設立教會。”翁繩鋆遂到江厝、程（？埕）邊、白鶴各鄉運動，大家都同意。但江紀調“靈性軟弱”。后來曾被試煉：“一個小女離世”。眼看教會不能成立。“原來神的旨意有奧秘存在，非人能盡知之。”后來江紀財之女，又患重病，死去活來，祈禱也不生效。到一九四三年元月初二，翁繩鋆又來江厝，找江紀調同往白鶴村祈禱所開議事會，成立教會。而江紀調因被試煉后心起敬畏，即刻同翁繩鋆前往白鶴。“蒙神的愛感動各同靈的心，合一奮勇決議設立。”初三這一天，“同（守珍）會姆同來江厝”。向他親戚租厝，并為紀財之女祈禱。紀財夫婦答應說，教會如能成立，他願意獻身，料理會內的一切庶務。“即時，他小女兩眼開起，即夜能食物，就好完全。致各人見此神能，即同心合意。”初四設立，二十三日開成立大會。高義鈿主任同翁繩鋆傳道前來監示選舉負責人及一切手續。而當天，“主引導”“瘋軟多年”已經瀕臨死亡的江兆基一家進入教會，“蒙主鴻恩，救他復活”。
洋門區會。沒有關於區會的記載，但龍洋門村倪立福的見證涉及到洋門。一九四零年的四月十七日，有數十匪徒闖入倪立福家，搶劫財物并將倪毒打。一九四一年，倪立福手掌患無名腫毒，疼痛異常，進龍田醫院月余，無效。“蒙傳道人勸我一心靠主，果得主恩，瘡疾得愈”。“這數年蒙主可憐，諸事順利，家業復原。感謝真神在我身上顯出他的大能，阿們！”
薛港區會。沒有關於區會的記載。但有一篇神跡奇事涉及薛港。陳木金做的見證，題為“霍亂死去，聖靈救回”。陳木金原是天主教信徒。一九四零年往山場，染患瘟毒，腿腳腫疼。有病亂投醫，請傳道人、請中西醫、請鬼念咒，都是徒然，奄奄待斃。到一九四一年正月，陳木金胞姐返家，“見證真耶穌教會，才有神恩。由此棄邪歸正，入了本會。薛港分會請靈胞代禱，日見痊愈。”
在這個階段中，福建新建教會，據《卅年專刊》統計表，有一九三七年九月，曾文輝創莆田東門外埭頭村埭頭區會、鄭久信創莆田平海的平海區會、游金阿創平潭縣乾湖埔區會。
所創祈禱所為：
一九三七年在莆田東關外埭頭劉厝創祈禱所。埭頭山頂創祈禱所。福清江陰島城頭村創祈禱所。十二月，在莆田北高鎮后埔村創祈禱所。一九三八年，莆田北高鎮山前村祈禱所。海口鎮東耀村祈禱所。四月，洪載智創莆田渠橋鎮青它村區會。一九四零年，創莆田黃石鎮清江村小橋祈禱所。一九四一年三月，創莆田北高鎮高林村祈禱所。九月，創北高鎮美瀾村祈禱所。一九四三年江紀朝（？）創江厝區會。