在抗日戰爭期間，從《卅年專刊》的內容看，關於南洋的真耶穌教會沒有什么具體情況的記載，但知道一些新建的分、區會教會組織。
馬來亞。一九四一年，周文才建雙溪大哖區會。而《真耶穌教會聖靈報》第二卷第六期（一九四八年六月十五日發行）的通訊中說，是由何重生在戰時開創的。
北婆羅洲。一九四零年十二月，張尊一等建文對鄉區會；張尊一，《真聖報》第二卷第四期（一九四八年四月十五日發行）作張“敬”一。保佛，在日占期間，據后來何提摩太回憶說：“我們仍得有自由聚會拜神”，信仰生活無什大礙。
爪哇。一九三九年八月建吧城分會，創始人不詳。一九四二年一月，蕭仕提反創建萬隆分會。
其他，張巴拿巴於抗日戰爭期間在南洋，其活動情況，已見前述。
此外，在一九四七年召開的第十一屆全體代表大會上，有星加坡特許代表應錫祺的報告，說明了一些情況。謂：“張巴拿巴在怡保受某姓婦人之供應（當為林成就之妻劉腓比）后，又到實弔遠打本會孫執事，誣告本會執事。”而詳細情況，不得而知。