據《真耶穌教會聖靈報》第一卷第一～三期，在一九四七年召開的第十一次全國代表大會上，江蘇支部代表史提多報告說，江蘇支部是由上海教會進化而來的，一九三七年“事變”，滬會之會堂與總部之房屋同毀於炮火，教友多散避各處”。但“迄今（一九四七）十年，增設教會及祈禱所約有卅余處，信徒數目增加一千余。主又幫助我們辦了一些小小的事工：如上海之救濟部、會聞月刊，以及最近在常熟開辦的神學講習會，得了工人十几位……戰爭期間本支會受敵人逼迫，有被關禁者，有被驅逐出境者，有被殺殉道者……。”看來，其中必有許許多多的事件，可惜史提多的報告太簡單了。
下面就能找到的資料介紹如下。
南京
由於筆者找到的資料殘闕不全，《卅年專刊》又無系統介紹，目前所知僅只個別事件。
一九四七年第十一屆全國代表大會上，南京特許代表李子敏的報告中只有兩句話涉及到這個歷史時期，謂：“淪陷時靈胞逃至安徽高莊輔助工作，其中又聯絡安徽店埠本會。”
《卅年專刊》記載了南京陷落前廖明華逃離南京，其子失而復得之“神跡”。
“余（廖明華）因違抗父命，得罪真神，於抗戰初年飽受苦楚，素來不依靠神，總相信世俗的朋友是真。”在警報聲中，廖明華和朋友離開南京到安徽的宣城避難，誰知宣城反而先於南京陷落，一路逃奔不知如何是好。而她的朋友大改常態。先迫廖明華之妹來京，繼而又因其母小腳不能奔逃，堅決不肯留錢留米給養。走不了几里路即棄廖明華及其小子於不顧，說是大難臨頭，各自逃生。但他手還有廖的二百元錢，問他要，只往地上擲了五元錢，說從此斷絕關系，不必往來。我家六口都在這里（其實還帶?三個男佣、一個女佣為其背負行李），死亦無憾。你帶你的孩子別圖生路，不必糾纏。廖明華無法，只得分手。此時，天色已晚，炮火連天，又餓，已經無法背負小孩。於是雇一挑夫，一頭箱子，一頭坐小孩。連過三條小河，挑夫越走越快。廖以為必定就在前面等候，盡力追趕，結果不見蹤影。而掩護隊迫令難民走圍埂，不走圍埂難免與敵人相遇。哀號遍野，慘不忍聞。廖明華已經精疲力盡，專等死之來臨。但一想孩子還在前面又奮不顧身的往前亂闖，一會兒滾到水田里，滿身是水；一會兒從高坡上滾下來，也不知疼痛。闖到蕪湖鐵路邊時不覺昏倒。恰巧朋友一家六口加上男女佣十口人也到了這里。女佣忽覺腳下有人，朦朧中知是熟人，灌開水，燃蘆席為火，廖始蘇醒。朋友罵她無能，說她的三歲小兒肯定是在下午四點鐘渡江時炸死了；因為當天下午有兩只渡船被日機炸沉，死萬人。廖聽說之后心痛欲裂，乃決心靠神，痛悔前非，終日終夜禱告，不吃不睡，為的是向神要回獨生子。每天走六十里，一到十字路口就貼字條找小孩。有時走過去，又走回來。聽見別人小孩的哭聲就以為是自己的。走了九天，到了安慶。忽見從前的同事桑先生，一見廖明華就跪地而拜。廖急將其扶起，問緣故。說是：“於離蕪湖五里之內遇見（了廖明華的兒子），旋棄箱子（箱子內皆重要物件）負小孩至江邊搭帆船，搭上了五十七師某連之船。當時連長謂三船一連，齊開安慶，汝來余船喝酒何如。吾因貪杯誤事，不料連長之船勾上了小火輪，一晚即到安慶，今已九天矣。聞小孩之船已翻，請你恕罪。吾年已卅八，僅生一女，願送給你，以減罪疚。”瘳明華此時知道孩子坐在帆船上，或者還在世上，於是好言勸慰桑先生。廖即到江邊守望關口，同檢查哨一道工作。檢查哨檢查一船，廖即問船上有無小孩。船上的兵見全問小孩，就以為廖是瘋子。用槍逼?，說再叨問，馬上槍斃。而廖早已將生死置之度外，一共問了三百五十余條小船。到第二天晨八時左右，太陽東升，廖身上的白霜都見熱化去。此時見一條船上坐?一個青年，唱?梅花三弄，知是湖南人。廖明華照樣訪問有無小孩。這個青年人姓張，名德清，在五七師任連副。聞言很客氣，就問小孩的衣飾、形態、姓名，好象知道下落的樣子。瘳即一一告知。年青人問完，忽然大聲喊道：“華華，你媽在這兒！”隨即從艙中把小孩抱出。小孩一聲大哭，周身發抖，廖亦喜極悲來，以為是夢，不覺昏倒在地。桑先生聽見跑過來抱住小孩，并請人給廖灌開水。廖明華耳邊只聽見有人說：“你的小孩真的在這里，不是做夢。”廖當然要“感謝我的活神恩主”。睜眼一看，小孩滿面紅光，一身整潔，一絲也看不到蒙難的痕跡。廖明華連忙向張連副，還有一個上士劉一鳴致謝，操辦魚肉請吃便飯，張劉反送給小孩三元錢，依依不舍，留下姓名地址，一直護送到九江，才分手。廖明華母子登上最后一條難民船，平安回到湖南。小孩后就讀於金陵大學附屬中學，名志誠。廖明華“不但小人算是失而復得，即余（指廖自己）為浪子，亦從此不敢再離天家矣。全能之神，又是慈悲之神，只要你向他哀求，沒有一樣求不到的。願榮耀權能永遠歸於我們獨一無二之真神，阿們，哈利路亞，阿們！”
《卅年專刊》載李子敏撰《南京分會歷史》提到這個期間的南京時說：“至（民國）二十七年冬，事變，會眾星散。待逃難回來，會眾會面時，均感謝主恩云，出也蒙福，入也蒙福。同時有一位蒙恩人，每逢安息日，無論有多少人，均招待中飯。又一人，深恐養成吃飯的教友，提倡月捐、樂捐、感恩捐。本?公共的辦法，請傳道士專為牧養。在過度（渡）時代，南京教友分為三派：即城南、城北的、城中的。有人開誠布公將信徒皆聯絡合而為一。”從民國二十八年（一九三九）起，南京分會一直是在景賢里廿六號戴選民的家里拜神，直到一九四七年的元月。
這是《卅年專刊》唯一的一條關於抗戰期間南京真會概況的記載。
但南京在一九四一年秋季召開過一次靈恩大會。只是不知道更多的情況。
在這個期間，南京真會發生的另一個重大變化是曹光潔長老的變化。前面提到過張殿舉被開革之后無地自容，於是拉攏曹光潔，自民國二十年（一九三一）至三十年（一九四一）兩人同工；曹并幫助張殿舉（巴拿巴）在南京雞鵝巷建立“中華真耶穌教會”。《卅年專刊》又記：“迄民國三十一年（一九四二）始大悟前非，乃毅然將中華二字取消，改為榮耀耶穌字樣；將總會之字取消，改為分會，完全與原有景賢里本會合作。立志脫離張殿舉之轄。與一般執迷不悟者、后歸者、犯罪不改者比之，實有天淵之別也。”
曹光潔家道小康，略有財產。其先夫人為之生二子一女，皆受大學教育，家況亦優。其繼配夫人為曹英華，一九四七年時仍然健在，只是雙目失明。“但每夜在聖殿祈禱事主實所罕睹。此皆曹長老富於治家，深於愛主之表現也。”
曹英華對《卅年專刊》關於曹光潔的評價中“迄民國三十一年始大悟”一語認為未確：“因長老對張氏謊言、夸大、詐語之不服，時私向余言及。初盼張氏悔改也，終見其頑梗不化乃至三十一年乃徹底脫離之耳。”又說：“曹長老向來不以口讒謗人，亦不判斷某人為絕對不好，且常勸人紀念他人之長處。此即外人以為曹長老真服張氏之原因也。”
《卅年專刊》又記了南京的一件神跡奇事。這是王選民代為作證的。山東青州府壽光縣人王光慶，時年三十三歲，因逃難到的南京，住在丰富路。在民國卅四年（一九四五）的七月間得瘧疾病，甚重。當王選民在其鄰人鄭光義先生門口講道時發作，當場按手祈禱，立刻就好了。以后也不再復發，“乃真信了活神”。
常熟
一九三七年的十月間，日寇侵及常熟全境，教徒們東飄西散。敵寇陷城，會堂全部焚毀。到一九三八年的一月，黃季英（彼得）、瞿硯臣（哥尼流）兩位執事回家，各信徒陸續歸來，即召集各教友聚會，在西言子巷十三號租為會堂。“蒙主恩典，每安息日聚會”，人數也逐漸增多。一九三九年元旦，職務會議決，仍然遷到北倉基四號瞿宅，借正間為教會。此時蔡尉文常到常熟來幫助。后因人數增多，正間不敷應用。瞿執事把其他四間也改作會堂。“那時靈恩大開，甚至瘋子治愈，如周婉如、吳順金等等；還有瘸子行走，如朱恩惠。因此各信徒見此神跡，信心大大堅固。慕道者漸多，一年之中受洗竟達九十七人。內有虞北百龍港鄉之朱金男子狗男因被魔纏擾，及李家橋鄉李生男子紅紅亦被鬼纏擾，當時即請教會求治。因此靈恩發展虞北，設立祈禱所。於李家橋李生男家蒙主恩惠，人數也漸漸增添。”后成立了虞北區會。
一九四零年五月，黃彼得執事遷居蘇州（又有記載作一九三八年），“將屬靈的種子帶到蘇州，蒙神的恩惠，聖靈在蘇工作，亦有老會教友加入者，在蘇亦成立祈禱所。
一九四一年二月，常熟召開靈恩大會，“蒙主恩典充滿”，甚至有尼姑前來聽道。這次受洗的有二十余人。其中有虞東王市鄉長老會信徒六人慕道受洗。“回鄉后也守主安息日，聖靈幫助他們，使真道大大發展。於十一月中成立祈禱所。受洗者亦很多。”虞西王莊街楊祖根亦經葉太太介紹到城里“慕道歸主”。因為到城里來太遠，就在楊宅設立了祈禱所。
當時由於有信徒歸天，一時無處尋覓墳地。由瞿哥尼流執事捐了一塊墳地，在虞北天庭心。
到一九四三年，北倉基房屋變遷，難覓相當之地。瞿哥尼流執事遂將五福街住宅內的地皮奉獻一部份建造會堂。“在春季靈恩會并獻堂典禮時，在此靈工亦極盛，神恩大大降下。會畢后，本會有一信徒葉金氏，忽患時疫病症。人已死去，棺木吹手辦齊，即到會請至家禱告。經屢次禱告后，恢復如常。這是一件極榮耀神的事，感謝主恩！”
到一九四五年，常熟分會反倒“衰弱”了。這是因為這一年的春天虞北成立教會，凡虞北信徒都歸虞北“牧養”，常熟分會聚會人數大大減少；再一部份人因為當時生活指數過高而出外謀生，人數又減少一部份；再加上一些心灰意冷的人不來的也不不少。故而教會變成“冷淡和衰弱之狀態”。四月，召開靈恩大會，總部派蔣約翰執事來常熟幫助。這次大會后設立男女執事四位：男朱松其、張西拉；女任趙明、陳龔月林。
虞北教會
李家橋在常熟東北角約三里許，有數十戶人家。西面為聞名遐邇的虞山；東南面數百步即常熟名產叫化雞的制造所王四酒家。名勝名產集於一地。“再加上救恩的來臨（指真會傳至於此）”，《卅年專刊》以為“那真是天上和地上的福都有了”。
一九三九年的九月，一位虞北百龍港鄉的婦人朱金男“因病信主耶穌，得了醫治”；其子狗男因“被魔鬼纏擾”也“得了醫治”。之后，向當時李家橋的“正被魔鬼纏擾不休”的李生男（后改名李知忍）的兒子紅紅作見證，治好了紅紅。在李家橋引起轟動。不到半年，“救恩在李家橋開展”。相繼接受真耶穌教會的有張金海、徐坤霖。於是李、張、徐三股合成一股，共同努力，“為主努力聖工。并大顯神跡奇事，如死人復活、癱子行走，如各樣疾病藉禱告全治的顯明出來。風聲所布，遠近震動。”把北鄉（俗呼李家橋為北鄉）增加了不少熱鬧，“福音”就漸漸興旺起來。不過雖然聚會時有一二十人，但初受洗只有四個人。一九三九年，蔡尉文駐常熟“牧養”，也就到了北鄉。在李生男家講道，信者受感，“選民”也就愈聚愈多。過了一年，在一九四零年的九月，在李生男家中正式成立祈禱所，同時推選了四位負責人：李生男（改名知忍）、李三男、陶銀根、朱生男。“并抹油祝福，禱畢，全體攝影紀念”。
到一九四一年，因“福音廣傳”，信徒數量日益增多，祈禱所無法容納。在秋季靈恩會之后，蔣約翰執事建議購地建造會堂，“眾靈胞”立即響應。王亞該古執事開捐，得儲幣一萬六千元。在興福鎮西面徐坤霖住宅附近購地約二分。“各同靈弟兄親手做工，（聖靈同工鼓勵，曾使徐甘霖見九次異象，一一都應驗，故建堂順利捷速）不久告竣。”從一九四三年的二月開工，到四月十四日行新堂奉獻禮，共費四萬余元，尚欠二萬八千余元。又再次開捐，“結果，主恩丰盈，超過所求所想的，園滿閉幕，榮耀主名。”從此改稱為虞北真會，立張金海為執事（改名拿但業），又立徐坤霖為執事（改名甘霖），與李知忍執事“同心合意，興旺福音”。
蘇州區會的成立
民國二十七年（一九三八），常熟本會黃彼得（季英）遷居蘇州，在東中市一九三號開服裝店。業余時間曾到自立會去“見證真道”。當下有秦耀欽和於約拿兩位“聽道受感，接受聖靈要道”。隨即在秦家設祈禱所。信者逐漸歸入，合成一群。到一九四二年，秦耀欽夫婦“先后蒙主召歸天家”，祈禱所才遷到黃彼得店中。一九四二年十二月二十七日凌晨三時半，黃家一場大火，不及搶救，燒了個精光，只存《真耶穌教會》會牌一塊及銅鈴一個。一九四三年二月十一日，黃彼得新屋重建告竣。隨即召開信徒會議。與會者有黃彼得、於約拿、吳雅儀太太、顧克林太太、黃約翰及顧尼哥底母六位。在會上黃彼得報告了蒙難經過，又將會計交出存款八十四元一角：并說災后沒有會所，常與自立會聯合禮拜。此后怎么辦，應由職務會議決。結果議決祈禱所恢復，仍在黃彼得的家中繼續聚會。
鹽城
鹽城的真耶穌教會成立於一九三零年，已見前述。到一九三八年春，時局忽然緊張，教會的柱石李鑄東一病不起，長辭人世，“靈歸天上，永享安息了”。后來鹽城屢經日機轟炸，樓台殿閣，大都變成灰燼，一片廢瓦頹垣。“主的選民”大受打擊，紛紛外逃，散居鄉間。幸虧江蘇支部派傳道士王亞該古來到鹽城，在飛機大炮的轟炸之下，奔走四鄉，聯絡“同靈”，“把主的羊群，散而復聚”，并把施家舍的祈禱所成立為教會。
一九四二年，上海的孫道基奉差遣（奉總部還是江蘇支部之差，不詳）也曾到鹽城工作。
上海
相關記載，所知者如下：蔣約翰上海真會歷史一文只及於一九三四年，以及一九二五年《萬國更正教報》第七次三版上所載小沙渡周福源的一封信函。此外，則有前述《會聞日報》事件的相關記載。再無專門記述。因而得窺上海真耶穌教會的全貌是很困難的。現在還能找到與上海有關的記載只有一個人物——孫竹林。他的活動不全在上海，但主要的是在上海，所以放在上海敘述。
孫竹林，《卅年專刊》載一九四三年江蘇支部几個人為之撰《行述》一篇，又作孫竹霖、孫道基，聖名腓力。綜合各處記載其平生概略如下：
一九二二年，張巴拿巴到上海參加中國基督教大會，在閘北長安路布道，住了兩個月。五月間返湖南，趙靠主一同前往。趙在長沙住了三個月，回滬“專事為真理作證，因此結了好多的果子”；孫竹林即其中之一。一九二三年在斜橋與趙靠主共同負責教會，此即滬西真耶穌教會的開始。一九二四年，和趙靠主作為上海斜橋麗園教會的代表參加在長沙舉行的第二次（后改稱為三大）全國代表大會。一九二六年三大（后改稱為四大）為江蘇上海代表。《卅年專刊》《行述》謂其“自從在申得了真道之后，就為福音力戰，建設本會。於滬東倍開爾路瑞福里，經第一次神學會之栽培為教會服務，作為吾人之矜式……。”查一九二六、一九二七、一九二八總會三次神學會均無孫道基之記載，而在滬東倍開爾路瑞福里之神學會，乃總會第二次神學會，不是第一次。《行述》有誤。一九二七年四月一日《萬國更正教報》第二次三版記載：“近年立另揀選孫竹林執事虔誠事主吃苦，屢次禁食至二十一天之久。”大約在這期間（准確時間不詳），孫竹霖在滬東擔任領導。受八巨趙拿但業、王腓力的邀請曾到八巨幫助發展教會，受大洗者念七人。
一九二八年，孫竹霖到北京去幫助教會，不料受孫永年（彼得）的迷惑，去而不返。《行述》謂：“道高一尺，魔高一丈，因此撒但要利用他受孫永年之迷惑，在冀在閩六年之久，曠廢主工。這是（江）蘇支部最大的損失。”“然而主不丟棄，經閩支部同工們和郭多馬長老之勸戒，忽然醒悟已往之錯誤，立時悔改。與郭多馬長老同來上海參與大會（哪次大會，不詳）。又見代表之熱誠非常興奮，從此仍與我們為福音齊心努力。經上海職務會復其工作。為道奔波，一如往昔，吃苦耐勞頗可為吾儕之模范。”
一九四二年，“奉差遣到鹽城工作，因為地方不寧，滿途荊棘，但仍不畏難苟安。努力奮斗，東跑西奔。”終於積勞成疾。先是身患泡瘡，無有完膚。次染哮喘與咳嗽，一病不起。見勢不好，抱病在申休養。有人建議延醫診視，或進醫院療治，他均不許。他的去世，江蘇支部為之撰《行述》一篇，說他“靠主之心頗堅。有一次他在異夢中，好似屬靈的聚會，在楊太太府上。有兩位天使進來，立時滿室光耀輝煌。這兩位天使進來就是不講話。孫先生對天使說真神差遣你們不是為傳話的嗎？你們怎么不說話呢？此地用不?你們。這二天使立時退去。又一天使進來，非常會講話，并且講了很多的話。然后對他說：‘你的事亦已決定，等候主的旨意一到，馬上就解決了。’經此次異夢后二三日（即本月十四日下午二時。－－應為一九四三年元月）盍然長逝，蒙主恩召矣。
他的工作已盡，當跑的路跑過，所信的道守住，美好的仗打過，故無遺憾。從此支部又缺少了一位有力的工人，乃是本支部莫大的損失，願吾同工們進起直追，作他未盡之工，阿們！
江蘇支部同人謹識卅二、一、十五日”
在這個歷史階段江蘇創建的分、區會，據《卅年專刊》統計表，有：一九四四年五月，紀道成創建常熟分會。一九四五年一月，李知忍等創虞北區會。一九四一年四月，周根興等創虞東區會。一九四零年，葉廣清創宿遷縣北曉店集西三張莊區會。
祈禱所則有一九三七年九月創建的鹽城北洋陳家井祈禱所，創始人不詳。