據《卅年專刊》，一九二二年在武昌召開二大之后（張巴拿巴《傳道記》稱“一大”），曆經兩年，民國十三年（一九二四）春，魏以撒從天津總會發出商討召開第三次全大的公函。各地紛紛回函表示意見，民國十三年（一九二四）三月一日《萬國更正教報》第二次第一版曾轉載。其中山西高大齡回函主張在河南召開，因其地理適中，教友不少；時間宜在四月，天氣清和，行動方便。山東濰縣張靈生亦主張在四月，但地點宜在南京。河南上蔡則來函深盼大會開在河南，并希望如果定在河南能早日通知，好做准備。而當時還在福州的張巴拿巴則回函說：“今前半年不知能否開會，且看主旨下秋如何。”主張到秋天再說。
而是年春，高大齡、魏以撒同到河南，等待張巴拿巴之再回信定奪。但張始而回信停開，突然卻又在五月間接到以他自己名義發出的通函，在長沙召開三大的一張鉛印通告。謂“本會自壬戌（公曆一九二二年）三月下旬在鄂垣（武昌）開全國大會之后，光陰迅速，寒暑重更，這兩年中各省新蒙靈恩的甚多，而教務之進行亦甚發展。惟是山河遙隔，睹面綦難，非重開全國大會一次，則對於本會應為之要務，專倚書札之往還酌商，仍不足以收群策群力之效。矧未聞靈道之處，就各省觀之，為地猶廣。是大會之宗旨，既促進本會之統一，更同謀真道之廣傳。此全國大會之不容稍緩，亦為全國靈胞所切禱、所深盼者也。玆幸蒙主施恩，應允我眾所求的，定於本年夏曆七月十七日起，至二十六日止，重開全國大會。地點在長沙草潮門正街本會會堂。……”署為“真耶穌教會張巴拿巴等及同志靈胞公啟 民國十三年夏曆甲子四月十一日（公曆一九二四年五月十四日）”
高大齡、魏以撒接到通知以后，遂連發數函致長沙，但均無回答。之后，間接從武昌萬恩全執事轉來譚配得給萬恩全的一封信，說：“魏長老函問大會日期地址，我們暫時決不回他的信。”又說：“也有愛外貌世俗假冒的，就如萍鄉、太原，及彭壽山、魏長老、元氏縣耶可心等他們的事，兄必都知道。若是常與他們信息往來，他們用許多的似是而非、聖經以外的道理，叫你我真信主的人心里難過。他們的錯誤都有確據的。”這里，譚配得所謂魏以撒等“許多似是而非、聖經以外的道理”是什么呢？。是否是指魏以撒已經在改變其父魏保羅所創建的教義了呢，請讀者要特別留意。
這封信發出的時間是“民國十二年的十月初九日（公曆一九二三年十一月十六日）”。譚配得給萬恩全的這封信時間是很值得玩味的。因為就在這一個月，張巴拿巴到福州去了。那末，在上海參加完全國基督教大會以后，他沒有按高、魏、張三人的商定，到福建去，反而回到湖南。在路過南京時發了一封認錯的信函，但只不過是繼續實現自己目的的手段，并非真正的認錯。在湖南拉攏了不少人，象譚配得這種在湖南很有影響的人物。至於萬恩全對張巴拿巴等是什么態度難以捉摸。因為萬恩全一方面將譚配得的信轉給了魏以撒，一方面卻又參加了三大。
那么，張巴拿巴在長沙召開三大（張巴拿巴原稱二大）是通知了高大齡、魏以撒的。但高、魏二人做為總部負責人，在多次與張巴拿巴商討之后，突然接到張巴拿巴單方面召開三大的通知，高、魏二人是無論如何也不會赴會的。南、北的決裂必不可免。
三大（原稱二大）召開情況，據《聖靈報》一九二四年十月二十八日特別號報導如下：
“本會第二次全國大會
真耶穌教會開創亞東將十余稔矣，各省陸續興起……曾於民國十一年壬戌三月，在武昌本會開第一次全國大會雖經主賜特恩，使同志粗定規章，然尚未臻完美之地步。今冀其辦法統一不得不特開第二次全國大會……集思廣益，靠聖靈所賜之同心，公同議定教務進行。其宗旨之總歸，乃以勸人悔改，受聖靈洗，為重生之表號，作天上之國民。按所立之法則辦理教會，喂養群羊，免遭豺狼之害，虎豹之吞噬。是則本會之大綱也。夫本會一真字而已，故議定規章完全不出聖經之范圍。要使全國統歸一致，實行遵守……。”
列與會代表為：“山東濰縣張巴拿巴（兼任主席）、張馬利亞，江蘇高郵丁樂山、淮安陳文國，上海孫竹林、趙靠主，河南上蔡宋國運，湖北漢口余子芳，武昌萬恩全，福建延平張約翰，福州陳道生、周提摩太、詹楨、詹得善，湖南長沙譚配得，湘潭胡重生，益陽陳提門，衡山劉傳選等”。
其中河南宋國運，《卅年專刊》說，是因為在江西惹起風波之后，路過長沙而參加的，并非由河南特地前去。
大會由“夏曆甲子七月十七日起，至二十四日（二十五日、二十六日休息）”。當在公曆一九二四年公曆八月十七～二十四日，在長沙草潮門正街真耶穌教會召開。總體來說，北方、東北都沒有代表；完全排斥了北方的魏以撒、高大齡等人。
大會經過情形概略如下：
十七日 開歡迎會，主席張巴拿巴長老、長沙執事譚配得致歡迎詞。
十八日 議定管理規則七條。“教會立歷史，設職事會。求主揀選管理的人。”
十九日 繼續議定管理規則十一條。教會開創的人，有教管之權，他人不得建造其根基之上。
二十日 繼續議定規則九條。議定附設學校，教育子弟。
二十一日 議定傳道規則，分為口傳與書報兩種。
二十二日 議定司庫規則。
二十三日 安息聖日，暫停議事。
二十四日 議定信徒遵守的規則、靈恩會聚會秩序，全國遵循。
《聖靈報》在報導第二次全國大會之后，又有一條《附記》：“本會年來，各省聖靈大降，發達無比。恐一般莠劣之輩加入，不知聖靈的威嚴，擅借本會名義，以達其牢籠目的。故此次妥訂規章，并於八月初二日（公曆八月三十一日，這應該是大會結束之后了），由各省代表公推張巴拿巴長老充任本會總管理之職。如有發生牢籠事實，由張長老干預在先，全國本會同為后盾……。”《卅年專刊》又說其余負責人則由張巴拿巴選任，有周提摩太、譚配得、羅喜全等幫助。
這次大會，由於張巴拿巴不承認第一次全國大會，所以稱為第“二”次全國大會。后來南北合一之后，追認一大，以改稱為第“三”次全國大會。
大會議決規章共六個大綱九十四條。其內容變化，《卅年專刊》說是：“關於治事的條文加多了，信章減少了”。即教會發展，事務性工作增多，增加了管理條約，相對而言，關於信仰教義方面的東西就減少了。
《總部十周年紀念專刊》全文刊載了這個六大綱九十四條。在教義方面列在第五部份，題為“信徒遵守的規則”，從內容看沒有什么變化。只是第七十四條：“靈洗信徒願斷絕情欲，并得趕鬼醫病的權能，非靠?聖靈，禁食祈禱，不能得勝”。即，魏保羅、魏以撒父子對於禁食功能的說法，得到了廣泛承認，并寫入全國代表大會所定之規章。另外，在第一部份“真耶穌教會管理規則”中第十四條，特別強調了“施洗應當全國一律，必須面向下，奉主耶穌基督的名，將他一切本罪原罪，全然埋葬，與耶穌同耳（《羅》六章三至四節）。”為什么要特別作此規定，當與各地有不一致之處出現有關。可惜，沒有記載出了哪些不同。是否是特別針對魏以撒一九二二年開始的“發明”呢？請參見本書第五編第三章第二節。
這個六大綱九十四條，最大的特點是，加強中央一級機搆對各地分會的領導，實行全會的統一調度。強調大會議定之規章各地應當一一遵守，各省設“總牧養者”，負全省責任；各省每年開一次或兩次大會，同各縣商定后再開；全國大會，五年一次；各地未能參加大會者也必須服從大會所定之規章。各地基層教會管理權屬開創者，“別人不得建造其根基之上”。這大約和基層教會中爭奪管理權的現象有關。“全國本會負責者，除對自己所開創之各省教會服從以外，對於其他教會，如有錯誤，有干預之權。而各省總牧養者，對於各處教會，如有錯誤時，應經職事會會議干預之。”
其目的很清楚，加強真耶穌教會的全國性統一，加強上級教會機搆對下級教會機搆的領導權。三大（原稱二大），應該是真會在全國統一的過程中的重要里程碑。但是，這種統一，實為分裂。如果當初，張巴拿巴同北方真耶穌教會完全沒有淵源關系，應當說是要加強全會的統一、純正、團結而作的規定。然而，在原有的淵源關系下，在排斥北方擅自召開全國大會的情況下，這種“統一、純正、團結”是什么呢？顯然是同原有的淵源關系的徹底決裂，也就是分裂，并將凡參加全國大會的各省各地區的真會組織機搆完全控制在自己的手中。
然而，由於歷史的淵源，它也只能統一南方的一些省份，准確地說，只能是他的追隨者；因為，即使是南方也未能完全統一，南京、武漢就分成了兩派。
其他則對真會的組織結搆、書報的管理、司庫規則、靈恩聚會的秩序都作了詳細規定，屬於教會的管理方面。
在教會管理規章上同以往相比，這是真會最為詳細而具體的。
有一個疑問，在第二十八條關於長老的權柄的規定：長老要“奉主名牧養羊群，有留罪赦罪之權”，舉《約》二十章二十一～二十三節為據。此處聖經原文為：“耶穌又對他們說，願你們平安。父怎樣差遣了我，我也照樣差遣你們。說了這話就向他們吹一口氣，說，你們受聖靈，你們赦免誰的罪，誰的罪就赦免了；你們留下誰的罪，誰的罪就留下了。”這個教義是否真的執行了,不詳。此處之規定，顯然與魏保羅主張人人均需求得聖靈、直接與神相通的主張相悖。因為由此完全可以產生信徒與神之間的中介。如此一來，和天主教就差不多了。不過，從以后曆次大會修改審定的會規來看，這一條沒有了，取消了。或許，真會也發現了《聖經》的這一條不適用。
這一次代表大會，張巴拿巴《傳道記》的記載大致如下。稱“第二次”全國大會，因為他不承認北京召開的一大。《卅年專刊》改稱“三大”，這與后來追認一大有關。
張巴拿巴《傳道記》的記載，有許多重要內容。
四月中旬，通函各省真會，“并預先印刷出版書報”，預備召開大會，確定了大會時間。“六月初，書稿已成，將行印刷，但因向保全驕傲不肯贊成，盛昌亮因向保全的不贊成，他也不贊成了，以致印刷書之舉延擱難行。至七月十七日（八月十七日）開會，各省本會代表紛紛而來。向保全對於修訂規章的事，便在暗中破壞。十八日（八月十八日），開會討論規章。方提議一二項，湘省代表辯駁不已。十九日（八月十九日）上午，才議妥一項，忽見向保全仆倒在地，放聲大哭。湘人中有數人向我凶暴，我并不與計較，只得極力的禱告我主，隨即散會。下午譚配得、周安得烈二人臨會不到。湘人勸譚到會，譚配得說：‘若要我代表湘省，定須謹守秩序我才到會。’湘人都應許他，他就到會了。十日會畢，諸事完妥。”下面記述了每天大會議程及結果。不過只是說明每天都討論、議定了哪一方面的問題，如管理、傳道、司庫規則之類，而均無詳細內容。這些內容應該就是上面敘述的六大綱九十四條。此處《傳道記》記載的向保全在大會伊始的表現，很令人大費猜詳。向保全反對的是什么？張巴拿巴說他“破壞”規章，僅僅是用了“驕傲”兩個字評判。個中應該還有非常丰富重要的內容。在“湘人”中為什么會有“數人”向張巴拿巴“凶暴”？為什么？也沒有說。而現在已經找不到相關記載。筆者的疑問是，真會傳往湖南，首先是李曉峰親上北京的結果，“湘人”之中不可能只有少數人知道。現在張巴拿巴排斥北方擅自召開全國大會，會沒有人有看法嗎？會沒有人反對？那豈不是咄咄怪事！這些情況如果有，張巴拿巴《傳道記》會如實記載嗎？當然不會。向保全等几乎使大會開不下去，而譚配得起了關鍵作用，由於他以不參加大會威脅“湘人”，才使得大會得以成功召開。
張巴拿巴《傳道記》又重復了上述《聖靈報》記載的《附記》，字句略有不同，內容完全一樣。這個《附記》是非常重要的。張巴拿巴為總管理之職，樹立了張巴拿巴的几乎是絕對的權威。如果《卅年專刊》所補充的總部的其他負責人由張巴拿巴挑選無誤的話，就更是如此。
這里有一個非常嚴肅的問題要提出：張巴拿巴為什么會在一九二四年召開分裂真會的“三大”，并獲得成功？其客觀條件是什么？有沒有客觀條件？當然，魏保羅去世、魏以撒年輕、張巴拿巴有了相當的群眾基礎，這都是客觀條件。但是，還有一個非常重要的因素必須考慮進去。即，魏以撒對其父魏保羅所創教義作的發展、變化和改變。這應該就是前面提到的譚配得給萬恩全的信函中所說：“他們用許多的似是而非、聖經以外的道理，叫你我真信主的人心里難過。他們的錯誤都有確據的。”而魏以撒這樣做，恰恰是從一九二二年開始的（見本書第五編第三章第二節）。魏以撒關於教義的“發明”，顯然給張巴拿巴的分裂提供了一個非常重要的客觀條件：道即然已經不同，又何必相與為謀？譚配得之所以支持了張巴拿巴，當與此有密切關系。