真耶穌教會自魏保羅創建以來，就出現過分裂現象，只不過還是人員之間的嫉妒而已。見前述。魏保羅去世之后，北方出現的分裂，則多帶有教義上的分歧。這些內容見於真耶穌教會在各地發展的歷史中。張巴拿巴擅自在長沙召開三大，成為南北分裂之勢，亦與教義分歧有關，即，與魏以撒改變乃父之所傳有關，已見前述。之后，南方教會也出現了一些分裂、離心現象，但不是在教義上，而是在如何對待教會組織的規章上。斗爭情況，曾引起局部教會的變化，而最后，竟然引發出全局性的震蕩。
在開革張巴拿巴之后出版的，《聖靈報》真耶穌教會第六次臨時全體大會特刊上，郭多馬特撰《勝過魔鬼工作面面觀》一文，對斗爭進行了總結。其概如下：
首先指出，“本會的仇敵，就是魔鬼。但是，本會何以受敵於魔鬼呢？蓋有真神與本會同在。”
而魔鬼的工作可以分為兩個歷史時期：“（一）抵擋真理的時期；（二）破壞統一的時期。”第一個時期指“未有總部之先”。即，民國十五年（公曆一九二六年）之前。此時“魔鬼看見靈工大展，得救的人數越見增多，則利用各教會的人，出來毀謗與攪擾，甚至滿心嫉妒，而有種種的逼害……。”這應該是指同外國各公會的矛盾和斗爭。在這個歷史時期的真耶穌教會，郭多馬說是“從外面看來，確有非常勝利的發展。究其內容，則如散沙一般。沒有組織，沒有統系，也沒有聯絡合一的辦法。因此，魔鬼不怕本會之發達與人多。也不怕稱為什么真教會。只怕真教會統一起來，團結一致，建立總部的根基。好象當時猶太人的仇敵，不怕散居的猶太人多，只怕耶路撒冷被建造，聯絡整齊為一座堅固的城邑一樣（詩一百廿二 3；尼四 7、8）。於是，乘?本會如散沙的時候就撒下不良的種子，而且，引誘人發好奇的心，妄談異象，謬說預言。有的爭名貪利，有的結黨紛爭。遂發生種種錯謬，害人跌到而灰心。此所以本會在民國十五年（1926）以前，每被魔鬼摧殘，現出此興彼朴零落不堪的景象。”
郭多馬的這個總結，不用說，是很有道理的。這里要提出的問題是，所謂“零落不堪”的教會包括到多大范圍。包括所有的教會在內，即，也包括北方魏以撒等嗎？如果包括，那么，已經有一個總會了。那么，不包括？但有一點是可以肯定的，無論包括還是不包括，在民國十五年以前，郭多馬的頭腦中，沒有總部。這種狀況，當非只有郭多馬一人，而是相當多的會眾都處於這種狀況之中。或者，在當時的總會之中，張巴拿巴的威望最高，會眾心目之中，只有張巴拿巴，而無總會。這應該是張巴拿巴能夠冒充發起人的一個非常重要的客觀條件。再加上魏以撒於一九二二年始，改變乃父之所傳，被部份會眾拋棄，實在是非常容易的了。
之后，“經過火爐似的的第一期神學會里，煉出一個總部來，就是眾長子之會所共聚的總會，完全由?真神所設立的。”進入第二個歷史時期。
在第二個時期，“魔鬼亦必再施破壞統一的手段……分作三面攻來。”
“第一面攻來的，就是反對規章派”。“這一派人……一見總部成立，以為不合聖經的組織，則到處毀謗其所不曉的事，引誘弟兄來歸附自己。說不可與總部聯絡感情，想也設一個機關，與總部成了對壘。不時擲下《真光報》的小彈，以助折毀的功夫。”然而，不到三年，就垮掉了。被引誘的“多回轉過來”，所設“對壘”也“倒了”，“那一般擲彈的，無不反炸自己了。”
在這里，郭多馬說的是很全面的。他們的理由是規章不合聖經，所以要反對規章，并設立了與總部對抗的機搆，還出版了報紙《真光報》。關於反對規章派，資料中極為少見。除此處而外，只在福建真會史中提到過曾經反對過規章的陳見信。請參見本書第六編第十二章注釋。而《真光報》，《卅年專刊》是完全肯定、完全贊賞的。因為，其中有揭露張巴拿巴冒充發起人的文章。參見本編第四章第三節。而反張干將郭文俊、南洋黃保羅，以及牛云超等人，是否也反對規章，由於筆者未能找到《真光報》，就不得而知了。《卅年專刊》的編者，只注意證明真耶穌教會的創始人是誰，到了不顧其他歷史真象的地步了。
“第二面攻來的，就是違反規章派”。這派人，郭多馬說：“原是服從規章的，且承認規章有切實成立的必要。迨后以不利於己的狂妄或貪婪起見，就被魔鬼勾引去，反戈向總部打來。說什么開改造大會，要根本鏟除。竟以一人犯罪，敢將全體的本會一同誣蔑在內。又敢高抬自己。不怕與總部脫離關系。一時崇其說者，則亦有出書去擁戴，邦助速開北平的大會，實現真正的總部。儼然以固有總部看作張氏個人的私產。”這應該是指孫彼得要在北平開什么“反張倒魏”的改造大會。請參見本編第五章第二節，及第二節注釋。值得注意的是，郭多馬的說法同《卅年專刊》有明顯的不同，郭多馬沒有說這派人同時也“倒魏”。“反張倒魏”是《卅年專刊》的說法。請參見本編第五章第二節。郭多馬明確指出，這派人錯在“竟以一人犯罪，敢將全體的本會一同誣蔑在內”，“儼然以固有總部看作張氏個人的私產”。即，總部不是張殿舉巴拿巴個人的私產，不應該因為他個人的問題，而歸罪於全體，歸罪於總部。而“反張倒魏”的說法，顯然沒有區分個人與全體的不同責任，而把教會當作不是張家的，就是魏家的了。《卅年專刊》只是一味地證明真耶穌教會乃魏保羅所創，到了不顧其它歷史事實真象的地步，暴露出編者視真耶穌教會為魏家私產的內心世界。在廣大信徒和基層教會中，對於這個問題，有張派，有魏派，也有既反張也反魏派。但也有許多信徒和基層教會提出了與此相反，完全針鋒相對的觀點。認為，無論是魏保羅還是張巴拿巴，都不是教會的創始人，他們只不過是神所藉用的工人而已。即，信神，而不信人。而信“人”是很危險的。因為信者很可能成為所信之人的私產，成為宗派斗爭的馬前卒，教會則會陷入永無休止的派性斗爭，或者，四分五裂。“第三面攻來的，就是廢除規章派。”這說的是張巴拿巴廢除總部改定的規章。這放到后面去說。參見本書第四編。