之后，《卅年專刊》在敘述江蘇真耶穌教會發展歷史時說：“民國十五年（一九二六），張巴拿巴、郭多馬長老召集了一個全國神學會。就在這一次神學會上郭多馬長老提倡設立一個總本部於南京，接續?召開了第四次全體大會，印書出報，就作了南方本會的中心。”在十一集“中樞機搆”中又說：“在南京第一期神學會期（間），由郭多馬長老發揮啟示錄‘寶座’二字的提倡，乃有總本部的設立，這是南方本會中樞機搆的開始所用的名稱。總本部遷到上海以后，經第四次全大決議總本部為總部。”接?又說：“南方成立總本部是在民國十五年八月二十日。”
這個敘述前后是矛盾的。第一期神學會的時間是民國十五年陰曆四月二十日（公曆一九二六年五月三十一日）到七月二十日（八月二十七日），共計三個月。《卅年專刊》關於一期神學會的專文記載沒有提到郭多馬發揮“寶座”之說而設立“總本部”之事。而四大（原稱三大，陰曆八月十七日至二十一日）是在南京召開的，并不是總本部遷到上海，再開四大改總本部為總部的，而是在四大正式建立的“總本部”。《總部十周年紀念專刊》第一篇導言中就說：“本會總部還未成立之前，在北平、武昌、長沙等處，已經各有召集了一次的大會。不過會后，各自散去，并無設立中樞機搆，作統一的辦法……及至在南京開第三次（后改稱為四大）全體大會時，才產生總部，國內有八省的代表，均承認總部（當時稱總本部）為本會最高的總機關。”因而，其真實情況很可能是在第一期神學會中，郭多馬發揮“寶座”說而倡議，在四大得以正式通過，建立“總本部”。張石頭說，總部用“總本部”三個字，類似日本人的習慣，是黃以利沙極力主張的結果。
南方總部的英文譯名，《卅年專刊》說是：The General Board Of The Jesus Mission，但未說明何時啟用。既然南方總部始建於一九二六年四大，故置於此。
關於第一期神學會，《十周年紀念專刊》稱“本會的神學會，始辦於一九二六年”；《卅年專刊》也稱其為總會第一期神學會。其實是以南方為中心而稱為的第一期。早在一九二二年，魏以撤在天津就已經辦了一期聖靈學校了（見前述）。就真耶穌教會而言，它不是第一期。稱其為總會所辦的第一期，其實也不妥。因為此時“總本部”尚未建立。“總本部”是在稍后一些日子建立的。
這一期神學會的情況大致如下。
據張石頭說，在張巴拿巴去台灣傳道之前，就有開辦神學會的打算。湖南還為此捐出了五百元作為經費。《傳道記》記民國十五年三月初一（公曆一九二六年四月十二日）離開台灣基隆，第二次到鼓浪嶼。三月中旬到南京。於是准備神學會。
地點在南京北三區虎距關一號，是租用的房子。從一九二六年夏曆四月二十日起三個月，到七月二十日止。即從公曆的五月三十一日到八月二十七日。這是計划用的時間，以后是否要再延長，要“憑主指示”。簡章十六條。如：名義為“真耶穌教會全國神學會”。宗旨為：“專為培養靈性起見，查考聖經，切求聖靈充足之恩賜，且與清心禱告者得日夕追求公義、信 義、仁愛、和平，而待真神差派，舍身為主耶穌作證，榮主名。”“組織，系由全國真耶穌教會共同負擔成立，主任及各職事完全盡義務并無工價。由會中誰受聖靈充滿，智慧充足者臨時充當之。”“資格：會中長老執事及粗識文字誠實之靈胞願意舍棄一切跟隨耶穌，由各省真耶穌教會介紹負責者均能入會。男女均可。”“課程有：四福音奧妙、啟示錄講解、先知預言、醫病趕鬼要道、講解難題、靈界閱曆、本會規章；參考本會書報，開創栽培教會秘訣。”名額不限，不交會費，各樣費用自理。各地參加者有：江蘇七人：孫以利沙、鄧天啟、陳文國、潘成榮、胡萬彬、程能驤、史徐氏。直隸為孫彼得一人。福建十九人：郭多馬、卓撒該、王漢章、張云峰、林芳春、鄭以巴弗、林道生、陳見信、肖路求、錢亞伯、陳馬可、郭美徒、陳群羊、黃基甸、高路加、郭呂底亞、高尊新、林猶利亞、陳得恩。湖北兩人：余保羅、彭得勝。湖南十人：王海光、劉尼哥拉、羅群羊、鄧榮光、李運岐、譚配得、羅喜全、周安得烈、朱壽堂、唐靈光。江西一人：汪挪弗。台灣七 人：黃以利沙、張撒迦、王以蘭、蔡約珥、黃雄飛、黃錦繡、楊好。山東五人：岳雅各、張腓利門、張守真、張靈真、張巴拿巴。安徽一人：周道一。講員主任為郭多馬、張巴拿巴。
這一期神學會的實際效應很難估計。從參加人員看，福建十九人，湖南十人，台灣七人，湖北兩人，應當是受張巴拿巴影響最深的地方代表。在總人數五十二人中，占了大多數。對於張巴拿巴建立南方總部的作用可想而知。但恰恰在這些人當中，台灣的黃以利沙、郭多馬卻又使真耶穌教會堅持了民主，弄清了歷史發源，張巴拿巴不得不流亡香港，這是張巴拿巴始料不及的。不過這是后話了。
這期間，湖南譚配得執事幫助會務，其夫人在鄉間去世，接到電報也不回家，一直到神學會結束以后才返回老家。在這一期神學會的中間，民國十五年（一九二六）的六月一日，張巴拿巴在長沙又出版了《神恩報》。《卅年專刊》認為這是“分裂大局的又一大斧，其言論不似《儆醒報》的激烈”。只有張巴拿巴、譚配得、羅喜全三個人的“出名的稿子”；“另外還有全湘大會規定的細則，占了八分之三強”。最為重要的是“張巴拿巴本人大膽冒充發起人之文獻，總算由此報開始。文長九百一十字，除了謊言而外就是毀謗夸大。首題的《末世警告》一篇也成了徒托之空言。長沙真耶穌教會之歷史已染了不潔的色彩，史而不實了。羅喜全執事所論《服從》一文，因有不合理之服從，未免太過之處。蓋真有神恩的越被人推崇順服恭維，越能懼怕謹慎謙卑。但沒有真恩在人的人勢必促成驕傲自大自是的態度，張之跌倒不能不為一永久的鑒戒呀！”
《神恩報》，筆者未能見到，張石頭《真耶穌教會歷史》多有引述。《卅年專刊》所謂“張巴拿巴本人大膽冒充發起人之文獻”大約是指“創辦真耶穌教會之歷史”一文：文中稱“民國建元（一九一二），預（？予）到濰城，與靈生長老協議，開創真耶穌教會”，即言其首創“真耶穌教會”於濰城。真耶穌教會究竟首先由何人所創，本書第一編及第四編第七章，“歷史真相的再補充及探索”有詳細論證，此處不贅述。
由上可知張巴拿巴在一九二六年緊羅密鼓地進行了一系列活動。先是從《儆醒報》，然后神學會，其間又是《神恩報》，然后是第四次代表大會，正式確定其發起人及總負責人的地位。