當總部還設在大陸的時候，台灣設支部以統領各地的教會。《台灣傳教五十周年紀念刊》沒有專門記載台灣支部在初建到一九四五年光復以前這一段時間中的情況，零星見於各地教會沿革的記載中。又據《聖靈報》所記，經過綜合整理，所知大概如下：
一九二六年台中教會建立之后，十一月設台灣支部。在線西舉行第一次支部大會，選郭腓利門、蔡約珥等為負責人，并制定支部細則十七條。
一九二八年，大約在一、二月份，組織布道隊到清水、梧棲、沙鹿，須田清基等到線西傳道。在台南召開支部大會，并舉行布道會；
一九二九年六月二十一日，第五次支部大會在大林教會召開；
一九三零年九月，支部特請總部派員赴台舉行第一次神學會；
一九三二年九月二十三日起至二十五日，在嘉義市東門外三丁目三一真耶穌教會召開了台灣支部第八回大會。這次大會找到了比較詳細的記載如下：
黃基甸致開會辭，說大會是應嘉義真會的要求來此召開的。各地真會的代表報告了各地真會的概況：
各地代表有新竹的洪生、清水王以蘭、台中黃況、線西黃福音、和美王永生、二林莊得真、大林謝更新、新巷陳恩民、小梅郭有杰、民雄王道真、嘉義林寶泉、牛桃灣黃恩生、台南王該猶、安平莊炳榮、舊城李天靈。以及新巷、小梅、安平、舊城祈禱所的代表。
在各會提案中，值得注意的有安平莊炳榮提的關於信徒整理案，提出几種情況如何整理：一種一、二年不參加聚會，但未犯罪；一種為已犯罪但卻常來聚會，一種為異邦人，已受聖靈后去犯罪，又要求洗禮。議決，冷心信徒當常去勸勉，若犯死罪者對主的心已死，而已受聖靈之異邦人斷不可為之施洗。各種情況，當查其情形，按公義自行辦理就是。
這反映了當時信徒中并非一概都熱心於主的情況。由於教會全憑信徒自覺自願，出現這些情況，不足為怪。
大會又修訂了支部細則二十條，自一九三二年九月二十三日起施行。
一九三二年台灣有真會十二處，信徒一千三百五十五人，長老九人，男女執事二十三人。
一九三三年四月二日至三日，在台中召開支部第八次長執會議。
十月十五日至十七日，召開支部第九回大會。
一九三四年，應該還有一次支部大會，見《聖靈報》第九卷第五期（一九三四年五月出版）。由於資料殘缺，未詳第几次。果如筆者推測的那樣，是一次支部大會，則當為第十回大會。
在這次支部大會上，議事項目中有一點值得注意。議事的第三條，“不正之婚姻不當為他司結婚式之件（和美提議）”。什么是“不正”之婚姻，黃基甸長老作了說明：“一，本會男女靈胞未訂婚前，由戀愛致於犯肉體之罪，不得已始行訂婚者。二，訂婚前是貞潔，訂婚後則苟合而污穢身體者。三，訂婚前是貞潔，訂婚後男或女一方在他處犯罪者。”議決的結果：“以上三種類，教會皆認定不得為他證婚。”關於真耶穌教會婚姻觀的資料，筆者僅見於此，別處未見。從黃基甸所說的三條來看，維護的是傳統的性觀念。
一九三四年十月二十一日至二十三日，在大林召開了台灣支部第十一回大會。
一九三六年三月二十九、三十兩日，在台南召開台灣支部第十二回大會。
到一九三七年四月，總部召開第十次全體大會時，台灣已有教會十九處，信徒約一千三百九十九人，日常聚會數約有八百人，傳道人十人，新建會堂三處；購屋為會堂者一處。支部組織較以前健全，管理效率亦有所增高。
以上，由於筆者手中資料不全，難以全面准確介紹台灣支部的工作、活動。但僅就以上殘闕不全的資料，已經可以清楚地看到，台灣支部自成立之日起，對全台真耶穌教會的發展、管理，起了異常重要的作用。
一九四零年夏秋之際，日本正式拋出“大東亞共榮圈”的計划，企圖進一步向東南亞擴張，建立在亞洲、太平洋地區的霸權。在其統轄區內也加強了殖民統治。一九四一年的二月，真耶穌教會台灣支部召開“第十七次臨時大會”，將“台灣支部”改稱為“日本真耶穌教會本部”，制定規則八條，設理事五名，負責會務。
這種變化，當然是日本政府要將台灣真耶穌教會同大陸真耶穌教會的隸屬關系切斷并加以改變。可惜，這個做法的具體過程，就目前手中的資料而言，不得其詳。《台灣傳教五十周年紀念刊》僅僅記載了這種名稱的改變及改變的時間，其他相關情況則一概沒有提到。
台灣支部的工作還有一個非常重要的內容，就是經常派傳道、工作人員到各地傳道、常駐幫助教會、或主持教會建立、獻堂、靈恩大會等等工作，在前述各地教會沿革中都已提到，此不重復。
以上記載，顯然勾勒不出台灣支部的總體情況，然資料闕乏，無可奈何！
台灣的神學訓練。
台灣支部舉行的神學會，綜合《卅年專刊》及《台灣傳教五十周年紀念刊》的記載至少應該有兩次。一次在和美，一次在台南。
從記載推測，在和美舉行的應該是第一次。詳情見“和美教會沿革”：“民國十九年（一九三零）九月在此舉開‘台灣省首次神學講習會’。講師有郭多馬長老、黃以利沙長老、黃基甸長老，由王永生執事通譯。會員計有莊等、陳恩民、謝萬安、殖原、蔡儒興、陳登科、黃業、謝聖順、黃金美、黃秀金、謝論、王能、吳以諾、葉江泰，此外尚有若干名。”更多的情況則不知道了。
第二次神學會於一九三六年三月九日至四月九日在台南舉行。據《聖靈報》及《卅年專刊》所記（《台灣傳教五十周年紀念刊》全無記載，令人奇怪），其概況如下：第二次神學講習會是在一年前就制定了計划的。三月九日起正式開課，為期一個月，設在台南真會。會堂是前年才在市郊建立的。環境幽雅，講學修道堪稱適宜。函請總部派講員，總部即遣郭多馬長老前來。學員無定額限制，凡全島真會弟兄姐妹都可以赴會聽講。開會之日，台灣各地真會長執、靈胞、傳道者不少人欣然前來。有些人原計划聽几天以后再回去，“不料真理如磁石把他們都吸住了，為此放棄（了）俗務”。到閉會之時統計人數共約七十余人。始終不缺課者二十三人，缺一天者四人、缺二十多日者二十多人、上課不滿二十日者二十余人。
課目有十：靈洗要課、聖經概論、教義綱要、傳道原理、預言淺釋、神跡奇事合論、四福音比喻略解、教牧學概論、傳道者修養法、教會制度及組織法。各科目都有講義，可惜筆者未能找到。
這期神學講習會又是一次“靈胞”們共同生活的機會。大家倆倆一組隨自己的志願負擔一切雜務：如設備一切的、管理財政的、購置的、備糧的、燒茶的、煮飯的、印刷講義的、抄寫的、翻譯的、整理什務的，“都能按?其能而盡其職。”
“且在靈修上顯出相親相愛、彼此相助的實據來。這一個月間確實過了一種優美的、甘甜的、歡樂的生活。”
“到了四月八日晚，乃是閉會的前一天，大家藉此開了一場學員的親睦會。一面高聲頌贊神恩，一面對郭長老的教導聊表感謝，并將大家在此一個月間所得與所感都見證出來，以作互相相換知識、彼此勉勵的資料。全場充滿喜樂，十分興趣，一同受益，直歡敘到十一點鐘，才禱告就寢。
翌日，在早晨的聚會是靈修要課，也是最后一課。課目乃是‘靠?聖靈隨時多方禱告祈求’。大家聽了最后的一課，越發奮興感激堅固。
繼以支部負責的閉會辭，隨后唱詩九十五首。在情緒感泣、依依不舍的空氣里揮淚而別，從此各自奔向靈修、靈戰的實地上去。
而郭長老，乃要按?本會所預定的日程，約有二十日間，遍地巡視各地本會，給予及時的幫助，可在五月一日搭船回國了，哈利路亞，榮耀真神！”
真耶穌教會在台灣的傳播和發展，除郭多馬、張巴拿巴等開拓之功而外，更為重要的是台籍信徒們的積極活動、熱切的奉獻。象黃呈聰以利沙、黃呈超基甸昆仲；他們的父親黃秀兩、黃基甸的岳父郭歪腓利門、朱惠民、陳復生、劉榮樹、陳惠民等等，以及后來在台灣接受“真道”的蔡聖民、日本人須田清基等人，都是台灣真耶穌教會發展的骨干人物。