中國共產黨是以馬列主義為理論指導的政黨,是無神論者。不信神，當然也不相信什么天堂。其奮斗目標是要建立共產主義社會,要帶領全體人民一同建立人間的天堂。有這個想法和做法一點也不奇怪。中國人民在水深火熱的民族壓迫和階級壓迫之下生活了那么多年，想要翻身得解放是歷史的必然。建立人間天國的想法其實也與基督教有關。因為基督教的天國總也來不了，為什么不在人間建立天國呢？當時的《共同綱領》規定：宗教信仰自由。一九五零年五月二十九日，周恩來總理還特派陳其瑗部長接見了魏以撒和李正誠，談了三個半小時。事后，魏、李二人將談話記錄進行了整理；魏以撒公布了自己所記內容，李正誠整理部分也打算公布，但最終是否公布，筆者未能找到根據。魏以撒公布的內容筆者也未能找到，不詳。據說：“由於中南區軍政委員會民政部王襄同志給周、董正副總理詳實介紹本會立場，故陳部長頗注意我二人談話。總會遷京大事，正與政府接洽中，報告會務，并晉見國務院郭副總理知注奉聞。榮歸主名！阿們！”
從這個情況看，恢復宗教活動不是什么問題。從《真聖報》記載各地會務活動的情況也可以看到，各地教會很快都陸陸續續恢復了宗教活動。《黔陽通訊》還報道說當地人民政府“對本會了解,極力保護,信徒個個平安”。然而，十個指頭不一般齊，個別地方當局在執行宗教政策時還存在?一些問題。如江蘇《阜寧通訊》中就說：“……共同綱領是信教自由的，又有中央委員董必武先生說：宗教信仰是人民的事，政府法令是不禁止的。現下許多省人民政府主席下令給各級政府、各級干部，保護教堂信教自由。惟有鹽阜（鹽城阜寧）不能自由；鄉間更是如此。我們守安息時常還有小阻擋。請總部為我們向內務部交涉，使人民得享真正之自由。”有一些地方雖然有問題，但一經交涉很快就得到了解決。如湖南《湘潭會訊》說，馬公堰區會“因去秋土匪猖狂，人民不能安居，本會負責及同靈散居鄉村，會務因此停頓。后有政府清剿，人民可以回來。而聖堂又被當地農會進駐辦公，無法收回，所以停止聚會。幸有總會所辦會刊，甚為得力。於衡山借《會訊》四份，據往交涉二次，允予遷讓。在前月底果遷一空。”安徽肥東、山東昌樂也出現過類似情況。
為了解決各地出現的教會宗教活動如何正常進行的問題，總會在遷京之前，特地在北京建立了辦事處。《真聖報》第四卷第十期上刊登的“總會通告（三）”中說：“本總會為適應新時代的要求，特舉行第卅九次常務理監會議，經推定，李正誠常監前往北京設立辦事處。代表總會向中央人民政府辦理登記和接洽本會與政府有關之重要事宜。各支分區會與所在地政府之互不了解，或因誤會引起事件，可將發生與經過實情具體報告總會，以便轉駐京辦事處妥為設法辦理。”
從《真聖報》的記載來看，總會同國外真會仍然保持?聯系，但已有阻礙。南洋保佛何提摩太於八月三十日給總會的信函報告說：接到了《會訊》，并按《會訊》要求寄上了“呈報表冊、調查表及信徒名冊”，又要求補寄第二、三期《會訊》。這說明聯系尚未中斷。但是，“寄來代呼吁救濟災胞公函，代為分發。各地本會收到，互相響應，樂捐叻幣二百余元。但沒有匯兌的方法，誠為憾事！”納閩真會收到的捐款也因為“無法投寄”而“將捐款退與捐款人”。已經有了阻礙。但香港真會大約可以作為匯款的中轉地。《港會通訊》中說：“國外有款捐助總會，不能寄到國內，請寄香港本會彭日清兄代轉亦可。地址：港會可也。”星洲真會就曾“匯上４６．６２（元）交港會彭日清兄代轉”。而港會匯款只見一次記載：彭日清把保存在自己手中的石叻真會董玉林寄來的港幣四六元六角二分、總會所存四元、港會七月份奉獻三十八元，以及“港會八月份捐十元，與王執事還給真聖書報社四十四元，合共一四二元六角二分，經於即日交由和成銀行匯上，希收入冊。”時間大約在一九五Ｏ年的九月，或十月。因為，消息發表在《真聖報》一九五Ｏ年十月二十五日出版的第四卷第十期上。
在這個時期，出現了一個令人頗費猜詳的情況：即，有些地方的外教會全體進入真會，奉行真會教義。如北京的《中國基督教總會》“棄假歸真”并入了真耶穌教會。一九五Ｏ年七月二十九日上午舉行了特別會議，總會李正誠充當大會主席。議定：中國基督教總會“并入本會并定名為‘真耶穌教會北京東城區會’。自即日起本會門首改掛新名。”這次會議的名稱就是“北京東城區會第一次職務會議”。議定會務由郝彼得主持，接受河北支會和大四眼井分會領導。中國基督教總會原主持人為郝彼得和張克；張克沒有出席大會，也沒有擔任職務。此外，山東濟南《神的教會》經李正誠“苦口婆心說服了他們，工作了十余日，完成了神的聖工，改了會名，去掉《神的教會》匾額，將主耶穌立名的《真耶穌教會》旗子高舉了。已成立了濟南正覺寺分會。已於八月十二日通告各地本會，現已諸方就緒。”沛縣則有“几個地方的長老會都相繼歸真了……沛城東南隅的會友都屬乎主了。大概受洗有一二百人。現下只有城西等會二長老把持兩處教會。”濰縣“北鄉華壇莊有許多長老會信者棄假歸真。本會差派劉德恩、陳寶蓉執事定期前往牧養。”《洛陽通訊》則報道說：“洛陽各教會信徒紛紛棄假歸真。現下有內地會會友請願加入本會，下安息就在北關聚會。將來還有許多選民要歸入一個羊圈，為主親自牧養云。”為什么會出現這種情況，找不到直接可以說明原因的文字記載，李正誠“苦口婆心”說了些什么也無從知曉。
這種“紛紛歸真”的現象，其實在前一階段就已經出現：一九四七年九月之前，山東濰縣“靈恩大會，耶穌家庭、復臨安息日會信徒、執事，都來同沐神恩”（見第八編第十一章第二節）；一九四八年末，蘇北“西洋極深色彩的教牧、會堂、信徒紛紛更正”（同前，第五節）；一九四八年末，四川南充縣“聖公會二十余人受洗”（同前，第十四節）；一九四八年九月前，陝西耀縣“五六十佛門子弟歸真”（同前，第十五節了）；一九四八年六月前，云南宜良縣可保村五旬節會“全會更正”（同前，第十七節）。
下面看看總會都做了那些工作。
首先,看看總會遷往北京事宜進展情況。《真聖報》第五卷第一、二期（一九五一年一月廿日出版）刊載了“真耶穌教會總會通告寧總字第一六Ｏ五號 一九五Ｏ年十二月三十日”，說是已經買好了房產，在“第四區前車胡同四十六號。計有土地一畝一分七釐八毫，房屋共二十二間半。是用真耶穌教會總會名義置買的。”議價人民幣三千一百零四萬元，另需稅契、中人等什費約三百萬元。但總會資金不足，尚缺五百萬元。按協議需在兩個月內交齊，否則要交滯納罰金，為此而急徵捐款。議定由國內十處支會開捐，各分擔五十萬元。而“關於總會遷京一案，前於第卅次理監事會已有決議在卷，此次魏（以撒）、周（安得烈）、李（正誠）三長老在京曾一再討論，結果決議：‘應即遷京，并主張第十二屆全體代表大會移京召開。’此乃因鑒及駐京辦事處對當前各問題不易應付。為本會前途計，則應在京召開尤為得力也。故經決議：總會定於一九五一年一月底在寧（南京）結束，遷京辦公。而對於十二屆全體代表大會，仍照預定日期改在北京舉行……。”
以上，真耶穌教會在北京設立辦事處和總會遷京事，都只見到總會所作決議，而辦事處、遷京總會的直接記載都未能找到，更詳細的情況，都不能介紹，至為遺憾。據一些真耶穌教會人士介紹說，總會確曾遷京，十二大也是在北京召開的。不過，總會很快就又遷到了武漢，而詳情不得而知。
其次是救濟。河南由於“雨災奇重”，總會“兩次撥款一百二十萬元”。這是當時總會救濟款額最大的一次。其他得到救濟款的地方還有山東經六、山西因雹災旱災總會救濟廿萬元、湖南澧縣救濟了卅萬元、湘陰七萬、江蘇丹陽十萬、宜興五萬、濱海四十萬、阜寧十萬、浙江烏鎮十萬……。
再就是總會進行了一次全國性的大規模的教會組織、信徒人員調查，造表登記造冊。據《長春通訊》所記，總會發出通告是在第五期《會訊》上。由於沒有找到這一期《會訊》，無法知道總會是在什么時間發出的通告。長春是在什么時間寄出的表冊也不清楚，因為通訊中沒有說。湖南常德、安化也將登記表冊寄給了總會。黔陽安江則報道說“安會已造具信徒名冊暨簡曆表各一份，賚呈當地人民政府備查矣。”廣東汕頭也通過支會轉呈總會“登記表兩份，及該會信徒名冊一份”。
這個調查造表登記是否是與政府對社會團體實行登記管理有關，沒有找到直接的文字記載。推測應該相關。據筆者所知，一九五零年九月二十九日政務院第五十二次政務會議通過了《社會團體登記暫行辦法》，各地真耶穌教會都在當地民政部門做了登記。
另外總會還發給教會許可證，如湖南醴陵、攸縣則要求發下“許可服務證”。
此外又發動了一次全國性的為世界和平禁食祈禱運動，有的地方還有為世界和平簽名。據《洪江通訊》，總會也是通過《會訊》發布的通告；舉行的時間，據沅江、芷江、漢口三地的《通訊》，定在八月五日。湖北《巴東通訊》則報道說是在“六月十七日舉行和平簽名運動，并為全世界和平祈禱。參加簽名者共計一五二名”。湖北《公安通訊》報道說：“公安分會及所屬各區會五百余名基督徒在黃曙光執事領導下，進行廣泛和平宣傳。在七月二十九日保衛世界和平禁食祈禱大會。黃金口、大定垸、申津渡、毛家港、七星台各區會均同時舉行，頗極一時之盛云。”沙市參加“和平簽字計一三四名。該冊已交當地人民政府第二區公所”。但從記載看，各地舉行禁食祈禱大會時，各地標出的名義卻不完全相同：湖南南縣為“為全國教會禁食，并為世界呼吁和平”；洪江為“接會訊通告，請中外各地為全體本會前途平安，同心合意禁食祈禱一日”，沒有“為和平”字樣；沅江則“八五號召，本處……在八五全體禁食，發揮了真理，題為‘為本會求平安而禁食祈禱’……”；安徽和縣為“總會通令全體禁食，在六月二十二日一致舉行，為教會前途禁食祈禱一日”。湖南《漢壽通訊》則說“接得總會通告，全體本會為前途平安禁食禱告一天”。為什么會出現這種不同，沒有記載可以說明。而且，如果從漢壽、洪江的記載看，總會的通告是為教會前途而不是為了世界和平。
而此時的魏以撒呢？他仍在不斷地發展、變化教義，并繼續企圖用他的教義思想統一整個真耶穌教會。他在几次大會上的努力有沒有作用呢？從記載看，并從現在的真耶穌教會狀況看，不大，但有。如《真聖報》第四卷第十期上就刊登了浙江平陽“女界有實行蒙頭”的消息，接受了魏以撒的主張。但湖南《安化通訊》中說：“鈞會號召，遵於八月五日全體禁食，并舉行聖餐典禮。”八月五日肯定不是逾越節，那末，安化沒有遵守聖餐必須一年只舉行一次的教義要求。從這個通訊中的口氣來看，似乎是總會這樣要求的。這不大可能，或許是通訊中的筆誤。而且，從各處關於八五禁食的記載看，只有安化在禁食之后舉行了聖餐，別處均無。一九五零年，大約在七八月間，魏以撒在長春舉辦了一屆高級神學班。講些什么未見於記載，但不費猜詳就可以知道其大概內容，肯定與其十二標准要道相關，并和他的新發明也有密切關系。
此時的魏以撒又開始發動新一輪的教義爭端了。第四卷第十期《真耶穌教會聖靈報》上，刊登了第四十一次理監會提出的十一條有關教義研究的討論題目，以總會通告的形式發布：
“總會通告（四）共同研究
以后《真聖報》辟一研究欄，將其信仰不同點，請全體靈智高深的長執和同靈們發揮鴻見，使本會宣傳趨於一致。請按次序送稿，以便發表。任何人的意見均可一字不刪披露，闡明真理。希望踴躍投稿為荷。將來在大會中也要辯論這個提案的。
經四十一次理監會提出：
１，受洗后聖餐與一年一餐。
2，臨終洗腳。
3，千禧年。
4，蒙頭。
5，魔鬼是自有的,還是天使變的?
6，分別善惡樹的果子是永遠不叫人吃,還是長大成人的可以吃?
7，受洗后是否埋葬三年才能復活?
8，是否禱告一定要向西?
9，執事按立長老是否合乎經訓?執事與長老是否有階級性?
10，本會整個組織是否完全實行聖經制度,或仍釆用理監制度,或委員制度?
11，會章細則與實施辦法有何修改?”
這個十一條討論題首先值得注意的是第一、第二、第四、第八這四條。讀者如果沒有忘記前面的敘述的話，可以知道，北方實行不同於魏保羅的教義是從一九二二年開始的；在南北合一進行的一開始，魏以撒就提出不同教義進行討論了的，曆經七大（一九三二年六月召開，后改稱八大）、十大（一九三七年四月召開）、十一大（一九四七年召開）三次全大討論；魏以撒取得的最大“勝利”是在十一大上，但僅僅是將其所主張的教義，列入了“教規”或“實施辦法”，從未列入“教義”。現在，魏以撒又再次提出，一定要用他的發明統一整個真耶穌教會，不管有多少人反對，也不計成敗。而其結果只是真耶穌教會更加分裂。
第九、第十、第十一條這三條是關於教會組織機搆的。特別值得注意的是第九條。因為，“總會通告（三）”說：
“總會第四十次常務理監事會議，李常務監事正誠長老提：‘周安得烈、蔣約翰、張撒迦三位執事，在本會服務均有二十余年之歷史，且年齡都超過五十歲以上。依據本會實施辦法第二十三條之規定應改立為長老案。’
議決：通過。
為執行以上決議，已於十四日安息日在總會舉行典禮矣，特此通告，榮歸主名！阿們！”
這里要提出的問題是，既然在實施辦法中已經規定，也已經照章執行了，為什么還要討論？而且是在下一次理監事會議上提出。先執行，后討論？
第三、第五、第六、第七這四條則是新提出來的。應當是關乎教義方面的內容。這要放到后面去說。