一九三三年二月，張巴拿巴由南洋回港。四月，偕長女靈真前往上海，欲將總部遷往南京。張巴拿巴一到南京，曹光潔即將其雞鵝巷的房屋奉獻，充作總會。當時跟隨人員有曹光潔、曹福全（荊山）、尹文棠、程良貴、王紫辰、李振華、鄭中節等。這些人，張石頭說都是“軍、政或文教界中的佼佼者”。上海總部於四月間，如高路加在八次臨大（后改稱九大）上說的那樣：“曾具呈南京市政府，并市黨部，聲明張巴拿巴系冒名混亂，對南京之偽總會加以否認”。高路加所說，張巴拿巴系“冒名混亂”，不能說錯。因為張巴拿巴已被革除，仍用原來會名建總會，當然只能算是“冒名混亂”。但如果當時的國民黨政府仍然承認張巴拿巴為正宗，則當有另說。然而，從后來情況的發展來看，不是這樣，國民黨政府承認的仍然還是上海總部。對上海總部的作法，漢口余子芳保羅極其不滿，“義憤填膺，致書上海總部予以警告”，斥上海總部“視之如草芥，嫉之如寇仇，既告於京，復控於滬，……今張長老來漢，余不過略盡地主之誼、師生之情，爾等不察，叫囂宣呶，百法制止……。”這封書函標志余子芳最終離開上海總部，有一定的重要性。后刊登在《角聲報》民國二十二年（一九三三）一卷二期，惜無月日記載，推測當在是年四月之后。由前述可知，一九三三年三月十九日至二十一日的第四次代議員會，余保羅是湖北支部的代表。而六月二十至二十一日的第五次代議員會余子芳保羅就不再是湖北支部的代表，之后的八大也沒有參加。可見上述推測應該是正確的。對於上海總部的作法，七月廿六日《晚雨報》，李日心以“君子群而不黨”為題，撰文一篇，“大意指上海總部，結黨紛爭，以徒弟打師傅，違背經訓。”
七月廿七日，怡保霹靂真耶穌教會支部李塞特發公函一通，報告張巴拿巴在南洋一年的經過（已見前述），緣由於上海總部給各地的通函中說張巴拿巴此次由南洋回來是被當地政府驅逐出境的結果。李塞特遂發出此公函，說明這一年的情況，以及張巴拿巴離開南洋時，當地僑務委員林成就、李源水及當地信徒如何設餐餞行、歡送等情。當然，又有不少文字是斥責上海總部的。而林成就實為張巴拿巴忠實信徒。
八月，上海總部“又呈請南京黨政機關，對（張巴拿巴）偽總會之成立，加以制止。”
上海總部控告張巴拿巴，當為當時常駐總部的高路加等人所為，而高大齡并不知曉。張石頭引民國廿二年九月一日之《角聲報》，第一卷一期，高大齡由江西致書張巴拿巴總會曹福全（長老）說：“奉主名函復曹長老安鑒：昨接來函，十分驚訝。上海總部為何事控告張長老，我不知道。他們用我名字，我亦不知道。請將他們控告的底稿，草一紙來，我好質問他們。他們是不明白道理。聖經云，門徒不可互控，尤不可向外人互控。我已致函上海總部質問他們，到底為何要控告人。祈候張巴拿巴長老、曹光潔長老并眾同靈安。”從高大齡給曹福全的這封復函中可知，高對於“何事控告”張巴拿巴完全不知情。而高知道控告的原由之后的態度又是什么呢？張石頭沒有說。那末，高大齡對於被開革的張巴拿巴仍用“真耶穌教會”原名另立總部的態度也就不得而知了。張石頭所引此函若非捏造，則可知高大齡仍將張巴拿巴、曹光潔、曹福全等視為“主內的兄弟”。
民國廿二年（一九三三）十月一日，有“武昌真耶穌教會支部全體教友叩（？印）”的一份文獻大力揭露魏以撒的“人品不繼”。這份文獻不知是否發表過。據張石頭說，現存台中總會，筆者未能見到。這份“文獻”所揭露的魏以撒的“人品”，情節十分嚴重，已經不是一般的“人品”之說可以函括，而是一些觸犯刑律的事件。是真是假，今日已不能分辨，只得從略。
十月一日，上海總部，“又通函各地支部本會，備文南京黨政，一致否認雞鵝巷之偽總會。”
十一月廿五日，上海總部“為張仍冒用會名、發行刊物，并偽造圖章信箋，混亂本會事，呈請南京黨政，嚴厲禁止”。
上海總部將七月廿六日七期《晚雨報》李日心“君子群而不黨”一文“上告政府，指巴拿巴反對黨國”。沈方箴（虛心）“具呈南京警備司令部，控告巴拿巴反對黨國、詆毀三民主義”。與上海總部、沈方箴的這些做法相關的原始文件及相關資料，都沒有找到，僅據張石頭所說，敘述如上。從后面事態的發展看，上海總部、沈方箴確實是如此這般的做過。張石頭在敘述時，未能說明具體月日，但從事態發展看，應在十一月廿八日事件之前，故置於此。
十一月廿八日當天事態，高路加后來在八次臨大上說是：“張（巴拿巴）以《晚雨報》反動之言論，被南京警備司令部破獲，將偽會查封，并擒拿曹光潔等數人。總部恐各界不明真相，有礙本會之名譽，特在上海申報登刊緊要啟事，聲明一切”。
這一天的情況，程良貴在一年后的回憶文章（刊登在民國廿四年，一九三五年，一月一期《角聲報》）上，描繪較為詳細：“猶憶去年十一月廿八日，晨七時，衛戍司令部率便衣隊及軍警，將本會長執囚諸鐵網卡車。先包圍查抄總會，繼又派人分圍各長執教友，如捕要犯。一律拘入解車，直馳衛戍司令部，幽囚一室，多日不審……可拉大坍聞之則大喜，其它老教會，亦引為快事。”
被捕者四人：曹光潔夫婦、高定坤、李經邦，扣押廿八日。張巴拿巴當日清晨五時趕往烏衣鎮講道，未能被捕。但政府嚴令通緝，遂秘密潛往上海租界，由盧惠良女執事往來傳信。風聲太緊，遂又潛往香港躲避。
上海總部則於十二月一日，在上海申報刊登“緊要啟事”，謂：“傾閱十一月廿九日、申報廿八日南京專電‘京憲兵部，破獲邪教’一則，內載憲兵總稽查處，據報有魯人張巴拿巴等，在京北門橋雞鵝巷一一四號，設立真耶穌教會，發行違反總理各種書籍。廿八日……該隊以該項書報文字，均屬反對自由平等，主張君主政治，且與三民主義大相逕庭。深恐另有背景，擾亂治安，當即備文申解司令部法辦。并飭探嚴緝會首張巴拿巴、曹荊山（曹福全）、程良貴等歸案根究云云。……該張巴拿巴，自被革除之后，野心未戡，思想益趨惡化，復在香港南洋等地，冒立真耶穌教會，發行晚雨報及角聲報，作反動之宣傳。當時，本總部又分別呈內政部，并致函香港華民政府，否認該張巴拿巴所冒立之真耶穌教會及該晚雨報，聲明對張等嗣后發生任何不法情事，本會概不負責。本年該張巴拿巴由南洋回國，在南京勾結曹光潔、曹荊山等，擬聯合上海勞勃生路、漢口觀音閣、湖南寶慶五里牌、汕頭三綱路、香港（地址不詳）、南洋怡保安達申路各偽分會，原定十月十日在京掛牌，成立偽真耶穌教會總會，并發行角聲報，以圖煽惑，淆人聽聞。當經本總部呈向南京市政府、市黨部聲請禁止。曾蒙當局，派警禁止，成立有案。詎此次又被憲兵部破獲，搜出反動書籍，拘獲其黨徒，并飭嚴緝該張巴拿巴、曹荊山等歸案根究。此種情事，與本會全體毫無關系。所載經在南京雞鵝巷設立真耶穌教會，乃系冒稱……”。這篇緊要啟事張石頭全文轉刊，筆者也找到了這篇緊要啟事，在原報第五張上。
由上海總部的這個“啟事”可知，上海總部很可能是釆取了誣告張巴拿巴等為“反動”的做法的，雖然“啟事”中說是“該隊”的說法，但司令部的“據報”何來？張石頭說是上海總部所為，實際上也只有上海總部才可以做到。上海總部擔心張巴拿巴重建總部的后果，并呈政府當局明令禁止，都是正常的，也是合法的。但釆用“誣告”之法，無乃太過？應非基督徒所當為，所應為！而張巴拿巴非要以“真耶穌教會”之名重建總部不可，雖然可以理解，但卻不可能獲得政府當局的認可，并成為挑起事端的緣由。或者說，張巴拿巴的做法，就是要挑起事端？他，以及他的高級軍師們不知道、不懂得，當初真耶穌教會在政府立案文件，在上海總部手中？或者，張巴拿巴此舉之目的，就是要迫使政府當局承認他，而不承認上海總部？然而，當初上海總部革除張巴拿巴時，上海總部就已經向政府報告，并作了備案，張巴拿巴不知道嗎？據前述，內政部准予備案的批示，當時總負責是張巴拿巴，時在民國十七年（一九二八）十月二十五日。然而，民國二十二年（一九三三）四月四日，中國國民黨中央執行委員會民眾運動指導委員會准予真耶穌教會自由購買土地的批示中，上海總部的總負責已經是高大齡了。內政部的批示在四月六日。而時間，恰逢張巴拿巴二下南洋返回南京之時。張巴拿巴的做法，實為無奈之舉。
張巴拿巴真會遭此大劫，張石頭說：“南洋李塞特、林成就等及國內各地教會同人，紛紛上書政府，辨明一切。稍后，李塞特且在中央日報刊登巨幅廣告，申斥上海總部種種謗語誹言。而高大齡亦馳書南京總會，聲言他絕未具函控告。”高大齡所馳之書，張石頭亦照引不誤，刊（民國）廿二年（一九三三）九月一日之《角聲報》。然而，此處之月日時間不對了。高大齡之“馳函”登在九月一日之《角聲報》，則原函最早應在八月，此時尚未發生張巴拿巴總部被誣、被查抄之事，兩不相干。張石頭沒有注意時間上的差異？不象！因為張石頭《真會史》兩次使用了這個材料。顯然，張石頭是為了證明自己的論點，不惜使用了時間錯位的資料。
然而，上海總部的不實之詞必定要被揭穿的。張石頭節錄了“南京社會局通告，字第六七一號”。什么“字第六七一號”，張石頭未說，節錄可能有誤。這個通告原件，筆者未能找到。是否可靠？從后面事態的發展，應該說是可靠的。通告的主要部份如下：“……現證明該真耶穌教會與上海真耶穌教會，實處於反對地位。曹光潔、高定坤等，均系年邁花甲且有恆產之人，確因信教自由而加入張巴拿巴組織之真耶穌教會。該《角聲報》《晚雨報》等亦毫無政治意味。姑無論其‘君子不黨’，或詆毀平等自由之言論，亦并未指明為本黨。即令不無嫌疑，據民國廿年（一九三一）大赦條例，亦應在赦免之列。況曹光潔等四人，其實并未參加，當然不負責犯，亦難論以罪行。所抄《角聲報》等發還，房屋准予啟封”，被捕四人釋放。
民國三十三年（一九三四）一月，上海總部“呈請中央黨部及內政部通令取締數處冒名之偽會。”上海總部因為在南京多次呈請，未能達到目的，沒有解決問題，將事情告到了中央。
一月下旬，南京撤消對巴拿巴的通緝令。這兩件事情孰先孰后，無法判斷，因無准確日期記載。或許，撤銷對張巴拿巴的通緝在上海總部呈文中央黨部及內政部之先。