總會於一九四七年二月一日發布了“京總字第二二九號”通告，根據第九次理監事會議的決議，定於五月一日在南京召開第十一屆全體代表大會，要各地迅速按第九次理監事會議的決議推選代表，并於三月廿日以前將提案寄到總會，“俾使全體代表對各項提案意見有充分之准備”。強調“此項全體大會，適逢本會卅周年，關系本會前途甚巨。望各本會發動全體信徒在大會期間奉獻最虔誠之祈禱，使大會美滿丰收，以榮主名。特此通告。”署名是真耶穌教會五位常務理事：郭多馬、魏以撒、蔣約翰、張撒迦、吳約翰。
據前考，一九三七年第十次代表大會選舉了總部七位負責人，其中高大齡、譚配得、朱惠民先后亡故，只剩四人。總部內遷重慶，重新備案文獻中“總會第十屆職員略曆表”中的常務理事為郭多馬、張撒迦、蔣約翰、吳約翰，理事長為魏以撒。即此處之五位常理。即在八年離亂中，人亡物故，為健全總部工作，補了一名常務理事吳約翰。首見於總部內遷上報政府之文獻中。何時何地、又經過如何之程序補為常務理事，未見諸記載。但在第九次理監事會議上追認為總會常務理事，得到了合法化。由此又可以知道，抗戰期間總會的工作几乎完全由魏義撒一個人負責：十大總部負責所剩四個人中，郭多馬遠在福建，蔣約翰及張撒迦則一直在上海。吳約翰是在重慶補充的。
關於吳約翰，知之甚少。其最早記載見於《四川省本會史略》：南京政府遷重慶以后，真耶穌教會在重慶設辦事處，辦事處主任即為吳約翰。一九四三年三月的記載仍為渝辦主任。一九四四年，總會內遷重慶，在呈報請予立案的呈文之中始署為主任，但在上報總會第十屆職員略曆表中則為常務理事，年三十二歲，為總會聖言系負責人。據此，吳約翰由渝辦主任改為常務理事當在總會內遷，向政府呈報總會職員名單、略曆之時。一九四六年七月，吳約翰與董玉林連袂離渝來京，到社會部報到，開始辦公。此后則出現於為閩、台兩省台風災害開捐、第九次理監事大會、十一次全大等總會人員名單中。但第十一屆代表大會選舉的總會負責人中沒有吳約翰。
一九四七年四月二十二日，總會以總字第五八八號呈文呈社會部、內政部請求派員參加五月一日在南京召開的第十一屆全體代表大會。
這次全體代表大會當然重要，是自一九三七年十大之后，曆經抗日戰爭八年磨難之后的第一次全體代表大會。
一九四七年五月一日至十五日，在南京北門橋雞鵝巷一一八號總會會堂召開。
出席的代表有：台灣林悟真、楊約翰；東北，王得恩、閻彼得；山西，柴林坡；安徽，王保羅、王選民；陝西，孔新山、張敬一；江蘇，王亞該古、蔡蔚文；湖南，周安得烈、曾道全、酆榮光；河南，王雅各、張提多、吳米利暗；河北，范子賢、田振立；湖北，黃曙光、張恭枝、周馬利亞、王真光；四川，郭子民；甘肅，廉奇星；福建，張提門；云南，委托代表姚荐楠；南京，特許代表李子敏；南洋特許代表應錫祺。北婆羅洲及廣東因經費不足未能派代表赴會。
總會常理，魏以撒、蔣約翰、張撒迦、吳約翰；郭多馬未出席。
總會監事：張約書亞、史提多、吳賢真、李正誠、（委托）李芳圃、董玉林。
這份名單如何產生的不詳。與在重慶備案向政府呈報的總會第十屆職員略曆表中記載的常務理事、監事、候補監事名單完全不同。
總會傳道：朱恩光、王天義；
南京傳道：林路加；
政府代表：內政部趙長齡、社會部專員林仕鵬；
來賓：嚴繼光。
大會主席為魏以撒，記錄為張恭枝、董玉林。
首先由臨時主席魏以撒致開會詞：“希望各代表以愛國來愛教，以愛教來救國。但救國之道首重挽回人心之工作，因宗教系補法律之不及也。”儼然“以宗教救國為己任”。后面，社會部林專員、內政部趙長齡的勉詞也是這個意思。趙長齡謂“貴會的教義與國父孫中山先生的三民主義可以說是二而一”、“卅年前的魏先生得聖靈的啟示創立了真耶穌教會，可以說是東方的馬丁路得。尤以貴會自傳自立自養施教之精神，實划時代之貢獻！希望各位除多多貢獻宗教革新之宏見外，并請幫助政府拯救一般在水深火熱中的人民，使能同蒙福祉。”之后，南京警察所鞏所長、來賓嚴繼光致賀詞。
大會主席報告三十年來之概況，并將歷史文獻擇要介紹。
選舉大會議長為魏以撒，副議長為蔣約翰、周安得烈。書記為董玉林、張恭枝。
議長照例宣讀議事規則二十條。
總務系蔣約翰報告了自理監事會之后收發文件及財務收支的狀況。報務系張撒迦報告了自民國十六年（一九二七）接管《聖靈報》以來的歷史及現狀；經濟狀況堪憂。
會務系魏以撒報告了全國各省及國外真耶穌教會數目：
河北十五處、山東七處、湖南二百二十處、福建一百零八處、江蘇四十五處、江西兩處、云南一處、浙江四處、東北廿處、陝西十六處、甘肅四處、湖北八十四處、台灣三十八處、安徽六處、廣東十五處、四川廿處、山西七十處、河南一百一十處、南洋廿二處、印度四處、美國一處、日本一處。共計八百三十三處。以湖南為第一，其次為河南，第三則為福建。
各省支會任用之傳道人數目及信徒人數（分會、支會辦事處，未經支會自聘之傳道人未列入此表）：
省別 傳道 信徒
河北 八人 一千六百人
山東 五人 五百人
湖南 六十人 二萬一千人
福建 五人 一萬一千人
江蘇 二十人 四千五百人
江西 －－ 一百人
雲南 一人 八十人
浙江 三人 一百五十人
東北 十人 二千人
陝西 八人 二千五百人
甘肅 二人 二百人
湖北 十五人 八千四百人
台灣 八人 五千五百二十八人
安徽 四人 六百人
廣東 四人 一千五百人
四川 十四人 二千二百人
山西 十人 一萬人
河南 二十人 一萬一千人
南洋群島 四人 二千五百人
印度 －－ 一百人
檀香山 一人 一百人
日本 一人 一百人
信徒數計約八萬二千七百五十八人。以湖南、福建、山西、河南四省最多，均在萬人之上；而湖南在兩萬人以上。再次，則以湖北及台灣為最多。
之后又總結總會工作說：“總會因社會部令遷渝，乏人主持。蔣、張二執事不能離滬，郭（多馬）長老因湘戰阻於中途而返閩。本人受渝處函電催請，乃本信心自津返豫。受聖靈引導，率眷走方城經舞陽到西安，進至寶雞到蘭州，開創教會后始飛渝主持工作。辦理備案手續，開神學會一期，出真耶穌教會報三期，振興渝會。”
部份執事及各地代表報告各地情況。
修改會章、選舉。會章另見。
選舉結果為：
常務理事：魏以撒、張撒迦、周安得烈、蔣約翰、楊約翰；
理事：郭多馬、林悟真、張約書亞、董玉林、郭子民、吳賢真；
理事長：魏以撒；
監事：廉奇星、蔡蔚文、李正誠；常務監事：李正誠。
關於選舉的結果以及當選負責的職務分工，在五月二十日，總會曾詳細呈報給社會部，其具體情況如下：
魏以撒，二十二票； 蔣約翰，二十二票； 周安得烈，二十票； 張撒迦，十六票； 郭多馬，十六票； 張約書亞，十六票； 吳賢真，十五票； 林悟真，十三票；郭子民，十二票； 董玉林，十二票； 楊約翰，十票。以上十一人為理事。
牛西拉，十票； 孔新山，六票；二人為候補理事。 廉奇星，十二票； 蔡蔚文，十一票； 李正誠，十票，當選為監事；李正誠又當選為常務監事。 應錫祺，五票，為候補監事。
理事十一人，又票選五人為常務理事：魏以撒（八票），張撒迦（八票），周安得烈（八票），蔣約翰（七票），楊約翰（五票）。
在五個常務理事中又票選魏以撒為理事長。
《卅年專刊》載第十一屆職員略曆冊如下：
| 职别 | 姓名 | 性别 | 年龄 | 籍贯 | 现在职务 | 通讯处 | 是否党员 |
| 理事长 | 魏以撒 | 男 | 46 | 北平 | 办理总会一切事务兼理神学系事务 | 南京鸡鹅巷第118号 | 否 |
| 常务 理事 | 蒋约翰 | 男 | 48 | 江苏 | 办理出版系事务 | 同上 | 否 |
| 张撒迦 | 男 | 50 | 福建 | 办理总务系事务 | 同上 | 否 | |
| 周安得烈 | 男 | 55 | 湖南 | 办理教务系事务 | 同上 | 否 | |
| 杨约翰 | 男 | 27 | 台湾 | 办理财务系事务 | 同上 | 否 | |
| 理事 | 郭多马 | 男 | 68 | 福建 | 督导福建省本会工作 | 福州大根路十五号 | 否 |
| 张约书亚 | 男 | 80 | 天津 | 督导河北省本会工作 | 天津东门内河北省支会 | 否 | |
| 吴贤真 | 男 | 54 | 河南 | 督导河南省本会工作 | 河南上蔡西街本会 | 是 | |
| 林悟真 | 男 | 59 | 台湾 | 督导台湾省本会工作 | 嘉义市东门里光彩街82号 | 否 | |
| 郭子民 | 男 | 50 | 山西孝义 | 督导四川本会工作 | 重庆德兴里36号四川省支会 | 是 | |
| 董玉林 | 男 | 30 | 河北 | 督导南洋本会工作 | 南京鸡鹅巷第118号 | 否 | |
| 候补 理事 | 牛西拉 | 男 | 36 | 吉林 | 督导云南省本会工作 | 昆明拓东路110号 | 否 |
| 史提多 | 男 | 69 | 山东 | 督导江苏省本会工作 | 上海扬州路208弄忻康里4号 | 否 | |
| 孔新山 | 男 | 48 | 西安 | 督导陕西省本会工作 | 西安北关孔家院 | 否 | |
| 常务 监事 | 李正诚 | 男 | 30 | 湖北 | 办理总会监察事物 | 南京鸡鹅巷118号 | 是 |
| 监事 | 廉奇星 | 男 | 55 | 河南 | 督导甘肃省本会工作 | 兰州中央广场第17号 | 否 |
| 蔡蔚文 | 男 | 35 | 上海 | 督导江苏省本会工作 | 上海康定路忻康里第14号 | 否 | |
| 候补 监事 | 应锡祺 | 男 | 53 | 福建 | 督导南洋本会工作 | 南京鸡鹅巷118号 | 是 |
這個表冊中的候補理事作三人，多了一個史提多。同《真耶穌教會聖靈報》十一大特刊所記不同，也同《卅年專刊》關於十一大選舉結果的記載不同。何以如此，不詳。
在總部負責人中，首先值得注意的是，在常務理事中增加了一個年輕人，楊約翰。楊約翰的記載在《卅年專刊》中極少，除在十一大的相關文件中出現而外，只見於台灣真耶穌教會的歷史記載中：一九四五年的十二月，在大南澳村，有二三十自稱為三民主義青年團員的人，於半夜將傳道人村田及楊約翰強逐出村，并將其聖經和贊美詩焚燒一盡。此外，再無所見。但在有關台灣真耶穌教會發展的史籍中，如《台灣傳道五十周年》、《七十周年紀念刊》及《撒網史記》中則非常丰富。提拔楊約翰或許是在總部首腦機關中大膽提拔年青人的嘗試。也或許，要照顧台灣地區，而特選一人。年事已高的郭多馬不再擔任常務理事，調換以稍為年輕一點的周安得烈。
郭多馬於一九四八年十一月二十七日去世，由牛西拉候補。此消息發布於第三卷第一～二期《真耶穌教會聖靈報》（一九四九年二月十五日發行）上。
總部五系：會務、總務、報務、學務、秘書等系，又改作神學、出版、總務、教務、財務五系。神學系由理事長魏以撒負責。至於為什么把吳約翰撤下來，原因不詳。他畢竟在抗戰內遷之時，曾任方面之寄，為渝辦主任。
這次代表大會最為重要的成果當然是修改會章、關於教道、教義、教理之決議。這些內容另辟專章論述。