為什么要清除張巴拿巴?對於真耶穌教會廣大的信徒而言，應該是個非常重要的問題。然而，凡筆者所接觸到的信徒也好，還是長執也好，都不甚了了。所重復的都是《卅年專刊》上的說法：張巴拿巴冒充真耶穌教會的創始人。
張巴拿巴冒充真耶穌教會創始人是不是清除張巴拿巴的原因呢?當然是！但從資料記載來看，不是唯一的原因，還有另外一個原因，而且應該是更為重要的原因。
先看一看《卅年紀念專刊》關於為什么要清除張巴拿巴的說法。
在第四集《最高權力機關》第七次代表大會（原來稱為六大）的“補記”中說：“在第六次（原來稱為五大）全大的決議會中，雖然南方的代表們聽了一面之詞：‘根據張靈生與張巴拿巴的自述，暫定真耶穌教會發源於中國之山東’。但在當時已露了馬腳，有思想有學識的長執們，不能強制他們的心靈去勉為接受，於是開始搜集史料，經過慎思明辨的工夫，已知上了大當，受了二張的愚弄。由黃呈聰、郭多馬等公開向張巴拿巴提出，要當召開全體代表大會，召集北方代表也來參加，對本會歷史作一全面詳盡的考查。張殿舉立即面紅耳漲的說：‘若考查我的歷史么！應當先到耶路撒冷考查考查耶穌的歷史’。不久，張即潛逃香港，私刻總部圖記，聲言總部遷港。但此時召集大會的通函已經發出，各省代表也如期到臨……魏以撒長老……在大會代表會中起草，發表了長約七千言的‘本會發源見證’……竟然把上次大會的暫定推翻了……。”
一九四四年，總部奉國民黨政府之令內遷重慶，在向政府要求立案的呈文中，提到這一段歷史時是這樣說的：“迨至民國十九年（一九三零）間，台灣本會長老黃以利沙氏乃一博學篤信之人，為一法律學者。經數年間搜集本會各方面之歷史材料，加以整理，即判斷本會之發起人非為張巴拿巴，實為魏保羅氏。乃召開第六次臨時代表大會以清查本會發源之歷史。……而張巴拿巴得訊遁逃香港……。”此處之“六大”，即后來改稱為“七大”者，召開於一九三零年。
上引《卅年專刊》的說法，就清查歷史發源的“過程”而言，同《十周年紀念專刊》所記相比較，沒有錯誤，問題在於，《卅年專刊》把清除張巴拿巴的“原因”則只歸於一個：張巴拿巴冒充真耶穌教會的創始人。只說明張巴拿巴之所以潛逃香港、私立總部是清查歷史發源的結果。根本看不到還有什么其他原因。
再看一下《卅年專刊》第十集《異教之風》中的 “張巴拿巴與中華真耶穌教會”一文。這是專為張巴拿巴所立之傳。其中關於開革張巴拿巴是這樣記載的：
“十八年（一九二九）九月開第六次臨時全體大會，又被選為總部負責之一，是年十月，二次奉派到廣州去。
十九年（一九三零），他見大會議決實行本會發起的歷史，就在香港，私立總部，反對規章，破壞大局。第七次大會於是年五月一日在滬召開，將他革職除名。南北又合而為一了。”
這個蓋棺論定的結論，除清查歷史發源之外，根本看不出還有什么別的原因。不過，其中有一句非常關鍵的一句話：“反對規章”。然而，《卅年專刊》沒有對這一句話進行過任何闡述，沒有組織過任何相關文章或原始資料，來說明這一點。甚至張巴拿巴反對的是什么樣的規章都沒有說明，也沒有將所反對的規章列入《專刊》的內容。雖然它全文轉載了最初南方總部對張巴拿巴所作判文。
關於《卅年專刊》是如何看待張巴拿巴被清除的原因的，在這里，還只能作以上簡單扼要地敘述，下面，將隨?歷史的進程的發展，逐步補充完善，說清楚。