一九四五年八月十五日，日本帝國主義戰敗，中華民族八年苦難終於結束。我們現在能見到的真耶穌教會總會在抗日戰爭結束后的第一項事務是為民國卅五（一九四六）年度的經費預算及動員全會捐款事宜。
《卅年專刊》所刊登的一九四六年度的經費預算為：
| 项目 | 每月所需数 | 全年所需数 | 附 注 |
| 福食 | 二十五万元 | 三百万元 | 总会各部负责及眷属二十五口，每口按一万元计算 |
| 零用 | 七万五千元 | 九十万元 | 每人每月按三千元发给 |
| 旅费 | 三万元 | 三十六万元 | 总会专任工作人员六名，每人每月按五千元计算 |
| 杂支 | 三万元 | 三十六万元 | |
| 图书 | 一万元 | 十二万元 | 书、报、参考材料 |
| 邮电 | 一万元 | 十二万元 | |
| 文具 | 五千元 | 六万元 | |
| 招待 | 二万元 | 二十四万元 | 中外远地来宾及本会重要工作人员之接待费用 |
| 添置 | 二万元 | 二十四万元 | 桌椅、家具、床铺用具之购置 |
| 工友 | 三万元 | 三十六万元 | 传达及杂役二人，每人工资伙食按每月一万五千元计算 |
| 合计 | 四十八万元 | 五百七十六万元 | 总会迁移及各位负责集中旅费尚需一百万元 |
總預算是五七六萬元。為此,在民國卅五年（一九四六）二月二十日，總會以總字第四十四號代電通電全會開捐，其文謂：
“阿們，哈利路亞，奉主耶穌聖名電達中外各地本會 諸位長執理監安鑒，願你們從神大得恩惠能力平安，阿們！本年度總會經費必須六百余萬元，玆經決議列表公布周知。查過去繳納總會經費多未完善，是以總會同人無不備受負債之苦痛。雖有抗戰阻攔之故，亦有辦法不良之因。倘每位靈胞全年能捐五百元，只萬余人即達目的。若有靈胞能多擔几份則更不難完成矣。且可分期匯繳，當無特難也。凡在六月以前之經費仍匯陪都，六月以后之經費可匯南京。此電知仰各支部及直屬之分會，議定專人辦理具報為禱。阿們此啟
真耶穌教會總會代理事長 魏以撒 丑苛
主任秘書 董玉林
南京本會會址：在洪武路景賢里，所有函件交蔣約翰理事即妥。”
從這個經費預算及其經費來源看，真耶穌教會在經濟上是完全獨立的，不依靠任何外來資助，完全由全體信徒支撐。只是不知道當時的物價指數，無法判斷五七六萬元是多或少。
此時已是抗戰勝利以后。值得注意的是，在開捐通電中已經透露出來總會即將遷回南京的消息，而且已經制定了計划，在當年六月之前回南京，因為捐款在六月以后匯南京。
抗日戰爭勝利了，真耶穌教會又不斷地發展壯大，魏以撒的雄心也就更加壯大了。張石頭《真耶穌教會史》記載了魏以撒在總部刊行的《真耶穌教會報》（民國卅五年，一九四六年，三月十日號；發行人魏以撒）撰文提出的總部計划：“第四，本會四年計划教育工作：一、創設大學 四年內應由總部創辦大學一所；二、興辦中學，在四年內，在華北、華中、華南、南洋興辦中學四所。第五，指導合作社 甲，消費合作社，凡在百人左右的本會即可成立消費合作社一所，供給社員需要，利不外溢；乙，合作農場，這是關於農業方面的生產；丙，生產合作社，這是屬於工業方面的生產；又，合作社公約：A，必為本會靈胞；B，必獻全部純利十分之一，充教會捐款。第六，發行日報 在四年內，一、應創辦日報一種；二、家政季刊；三、發行月刊；四、發行傳單；五、編印書籍。第七，整頓捐款：說明，一切設施，非財莫辦。以如此偉大責任之本會，欲以可有可無之捐款行之，實有難能之苦，不可弄得似有似無，遺（貽）笑大方。若是各地傳道人永遠任憑拉債忍餓，也沒有人過問，則不必要什么組織還好，所以要使他們清高廉潔，不背貪財之惡名才好：一、整頓會員，按社會部之規定，會員當有會費，每年照常繳納。凡受水洗之靈胞，無論大小男女，皆當每年納一定之會費，四年內務期普遍實現，其數額無妨較小一些……。二、實行十一捐……。三、奉獻遺產 在四年內，當倡有兩千人奉獻其遺產。第十四 總會年來經費，除渝會每月支持辦公費外，各地所寄甚少。魏長老（以撒）生活費，每月需廿余萬之鉅，幸平價物品輔助一部，但大部份皆悉變賣衣物，憑信心苦度中。”
以上計划，應當說是相當龐大，其雄心壯志非同一般。若與當初開革張巴拿巴時批判其教會建設的計划相比，顯然要大得多。這個計划如果能夠實現，真耶穌教會將變成獨立的經濟、教育實體，不單只是信神的教會了。