一九四六年六月，國民黨發動全面內戰，各地出現許多軍隊強占、滋擾教會的事件。為此，真耶穌教會總會要求政府下令保護教會。
總會最早的呈文，在《卅年專刊》上，現在能找到的是民國卅六年（一九四七）六月四日，總會給社會部的呈文：“呈請准轉咨國防部頒發教會聖地嚴禁駐軍文告，以資保護”。七月二十四日，又呈內政部“懇轉咨國防部頒發文告以准教化”。參謀總長陳誠飭令陸軍總司令部鄭州指揮部查明核辦五十六師一百六十三旅四百八十八團二營六連一排排長強占河南支會會堂事，只是處理結果如何未見記載。十一月，國防部頒發了禁令告示如下：
“國防部部長白 教會重地
勿得滋擾”
“國防部部長白”，即白崇禧。
此時已是一九四七年末了。之后，戰局的發展日趨明顯，國民黨政權敗亡之勢已不可挽。總會如何打算，如何應變，沒有找到記載。《真聖報》又一律不許發表關於時局的文章。現在能找到的關於時局的反應，只有廣東真耶穌教會曾要求總會遷往廣東，以及湖南劉鈞安曾發表了關於時局的一首詩，兩者均見於后述兩處真會的概況介紹中。而總會作出對戰局反應的唯一的一條記載是，《真聖報》第三卷第一～二期（一九四九年二月十五日發行）發表一條要求各地實行禁食、舉行聖餐的通告。其文謂：
“宣告禁食 紀念主死
懇求和平 廣傳真道
阿門 哈利路亞，奉主耶穌聖名函達中外各地本會
諸位長執傳道理監父老靈胞聖鑒：玆鄭重宣告，於本年四月六號日落至七號日落之主耶穌受難日，一體禁食。并於七號舉行聖餐大典，專為紀念主死，懇求和平、廣傳真道二大目標共同祈禱。敬請各支區分會靈眾，互相轉告，期能全體明曉實行為盼。
真耶穌教會總會謹布”
一九四九年四月二十三日，南京易手，國民黨政權在大陸的統治宣告結束。在這個情況下，真耶穌教會總會在“懇求和平，廣傳真道”，舉行了在國民黨政權統治之下的最后一次全體聖餐。這個時候的“和平”，只能使國民黨政權得到苟延殘喘的機會。