這次神學會對於四大（原稱三大）的召開顯然是非常重要的。這從召開四大（原稱三大）發到各地的公函日期就可以看出來。就在這一期神學會期間，夏曆五月十二日（公曆一九二六年六月二十一日）發出了召開第四次（原稱三大）全體大會的公函，離神學會結束時間還有兩個多月，也就是在神學會開班不到一個月的時間發出的。這其中，張巴拿巴、郭多馬、譚配得等人的工作是相當緊湊、周密的。《卅年專刊》所載公函稱：“本會自甲子（一九二四）七月中旬在湘省長沙開第二次全國大會（后改稱三大）之后，不覺兩更寒暑矣，蒙真神施恩，在這兩年間，不特於各省發展靈工大有興旺之勢，且於台灣一島亦遍設本會了。唯是山川遠隔，覿面甚難，對本會應為之要務，若專靠書札徵求意見，仍不足以收群策群力之效。玆逢本會開第一期全國神學會之便，又因各省長老執事來的很多，在這神學會期間，已將本會統一之辦法及廣傳真道之計划細為討論，而待大會之表決。故定於本年夏曆七月初十起至二十日止，重開第三次全國大會，地點在南京城北三區虎踞關本會神學會處……。”公函中的這兩句話是至關重要的：“在這神學會期間已將本會統一之辦法及傳真道之計划細為討論。”討論傳真道之計划是教會的聖工，而細為討論“本會統一之辦法”恐怕是更加重要的事情。而所謂“統一之辦法”實為成立以張巴拿巴為首的“總部”。而且是已經細為討論完畢，只待大會批准而成為合法的了。以“統一”而完成“分裂”之最后程序。
這一期神學會結束之后，不足一個月的時間，於八月十七日（公曆九月二十三日）就召開了第四次全體大會（原稱三大）。
出席代表四十二人。湖南代表十一人，光長沙就有潮宗街、東門、南門、河西四處真會及湘潭、攸縣、瀏陽、常德四處，共八處真會代表，譚配得等十一人；福建福州、南台、秀山、福州西門、延平，古田、長樂、羅源、莆田、漳州、石碼十一處，郭多馬、陳見信等十四人。這兩省就有二十五人，已經超過半數。江蘇上海、南京、江浦、高郵四處，孫竹林、曹光潔等六人。江西南昌汪挪弗一人。安徽滁縣、滁縣復興集兩處三人。湖北漢口、武昌兩處彭得勝等二人。北京仍只孫彼得一人。山東濰縣張巴拿巴、濰縣東關岳雅各二人。台灣線西黃以利沙、清水王以蘭兩人。張石頭《真會史》說代表大部份是神學會的學員。
大會主席為張巴拿巴。
決議的主要內容有，通過會規章四十條，於開會第四日正式通過。依規章所定成立“總本部”於南京虎踞關第一號，并推選負責人七名。《四大（原稱三大）紀要》未列七人姓名，在《中樞機搆·曆屆負責人》中列名單為：總負責張巴拿巴，負責有郭多馬、黃以利沙、譚配得、羅喜全、張撒迦、高路加等，共七人。大會立汪挪弗、張撒迦、王以蘭、蔡約珥為執事，并行立職典禮。
關於成立總會，張石頭說，早在張巴拿巴到台灣傳道時，黃以利沙、郭多馬等就曾進言必須設立總會，組織嚴密。而總會名為“總本部”是黃以利沙倡導及極力堅持的結果。議決將《聖靈報》社移交總本部辦理，發行所原在南京雞鵝巷，也遷移到虎踞關總本部，改為月刊發行。於是在實際上就成了總本部的機關報。
四大所議決的規章四十條，《卅年專刊》只在第八集治會法規中介紹為“在第四次全大（原稱三大，后改稱四大）時已改為九章四十條了。關於總本部與大會的職權已作初步的規定。”《總部十周年紀念專刊》則說“繼至一九二六年（中華民國十五年）在南京召開第三次真耶穌教會大會時（此時本會真道，已傳到日屬台灣，由台灣也有選派代表來參加，打開了本來的國境觀念，成為東亞大會的性質，故將‘全國’兩字取消，單稱為‘真耶穌教會大會’，包括外國在內。）”首先指出了這次大會由於信徒成員地域的變化導致大會名稱的變化。而對於規章則為“即將第二次全國大會（即長沙三大）所議定的規章，從根本上改革，釆取其中的大綱，增刪作成簡單的規章九章四十條，其它詳細的辦法，以細則補足之。”只說明了規章、細則制定方式的變化。關於總部的職權規定還有值得注意的：第十一條，總本部對於各地真會有監督取消之權；十二條，新設教會必先得總本部承認；十四條，總負責由大會推選，但其他總部負責人由總負責荐任，再由大會承認。關於總部負責人選舉產生，張巴拿巴《傳道記》如是記載，作：“據規章第十四條，應推選總負責。由郭多馬長老提議，選我充之；各代表舉手贊成。隨即促我就職。但我為主作工，未敢推辭，即向眾人承認就職了。當時（我）推荐負責六人，乃郭多馬、黃以利沙、譚配得、羅喜全、高路加、張撒迦等六人。”張石頭還指出，張巴拿巴總負責之職，還沒有時間的限制，可以永遠地當下去。這確定了張巴拿巴對真耶穌教會大權獨攬一統天下的局面。
張巴拿巴《傳道記》又總結四大（原稱三大）規章說“此乃環球真耶穌教會之定例，亦為統一之辦法。業已蒙主成全矣。”真耶穌教會要走向世界，要更正萬國的基督教，這也是張巴拿巴的雄心壯志。
至此，張巴拿巴在組織形式上徹底完成了對真耶穌教會的控制。當然這只包括那些南方擁護他的那些會所，或者，還包括一些不明就里的會所。對於北方真耶穌教會，統攬不了。