據《卅年專刊》，在民國十七年二月十日（公曆一九二八年三月一日），以“上海華德路壽品里二百四十五號真耶穌教會總本部”的名義發出了召開第五次全體代表大會（原稱四次全大）的公函。這封公函的主要內容有：“本會自丙寅（一九二六）七月在南京開第四次大會（原稱三大）后得以成立總本部，遂有統系之辦法，迄今已兩更寒暑矣，感謝主恩。在此兩年間，凡事均蒙其引導莫不按規章而行，使本會聯絡合式，不容有假冒一流及結黨自高者混跡其中。是故尤蒙真神祝福，不特靈工發展漸見於國內各地，而且詳溢乎國外，選召南洋、台灣之僑胞多歸奉真道。然尚不只此，亦復選召日本、印度人同為屬靈之一體。此更證有神同工，真令人不禁贊美主耶穌也。”以上為說明召開五大之背景，強調了“統一”的成果及發展到國外的業績。召開五大的目的則為：“玆因靈恩有若是之廣布，而會務急待進行者亦多。若非再開全體大會以謀真道之普及東亞西歐，并促進本會‘統一’之辦法豈能快收（？原復印件不清）日莊稼而實現群策群力之效乎！此所以既屆應開之會期則不容緩召集，抑亦全體靈胞所深盼者也。”目的明確，繼續加強“統一”，鞏固已得果實。另外一個目的就是向東亞、西歐發展。同北方總會一樣，也想發展成為世界性的宗教。而從實效看，真耶穌教會還是從南方發展到了國外。
時間定在陰曆三月十五日至廿四日（公曆五月四日至十三日）。會址在上海總本部。
五大（原稱四次全大）紀要。
開會地點：原公函定在總本部，應當在上海華德路壽品里二四五號。實際上召開在上海倍開爾路瑞福里真會。時間，按計划為五月四日至十三日。
據一九二八年第三卷第五～六期《聖靈報》，出席代表三十八人：湖南周安得烈、朱恩光等兩人；湖北余子芳、周郁亭、范學信等三人；安徽周道一、朱家道等兩人；江蘇曹光潔、高定坤、吳明道、胡萬斌、那慕真、陳培德、鄧天啟、蔣約翰、史提多、趙靠主、趙恩光、王愛主、吳淑貞、卞兆泰、王腓力等十五人；廣東李守謙、羅德天、陳更新等三人；江西汪俊臣（應為汪挪弗）；福建黃提多、錢亞伯、陳馬利亞、李鉅升、張提門、陳哥尼流、林登發等七人；台灣黃基甸、王耶利米、陳郭氏喬、黃郭氏卻等四人；值得注意的是還有一個日本人須田彼得。
總本部出席為張巴拿巴、郭多馬、黃以利沙、高路加、張撒迦等五人，譚配得，羅喜全缺席。議長張巴拿巴，書記郭美徒、郭子嚴。
大會議事規定廿條。
第一天開會，上午，張巴拿巴致詞，強調此次大會目的為“乃在促進本會之統一，及宣傳真道於各方”。郭多馬報告總本部事務，謂：“前第三次大會，乃以全國大會為名義，現主道已遍中外了，故會以全體名之。”因為已經傳布於“日本台灣”及南洋各地。說明了總本部成立於第三次全國大會（后改稱四大）；總本部負責乃產生於上次全國大會；總本部及神學會遷至上海乃因交通便利之故；又報告了《聖靈報》的狀況，及大會目的在於共商會務，特別指出要“對規章之不盡善之處，可得更改以臻完美。又對總本部近年來所辦的事，是否合於機宜，請各代表指點之”。然后，由張撒迦報告總本部的會計狀況。
下午，各處代表報告各地會況。各地教會情況放到各地中介紹。
第二日，安息日，休會。
第三日起至第七日，討論規章改訂案。
改訂規章，增至十二章九十條。改定議案由總本部提出；其中五十四條經代表討論，更改增刪修飾，其余三十六條均照原案通過。對於按立長執之辦法、裁制、權限及信徒之義務與權限，并財務之維持、財產管理、總部和支部負責之任期、經費之來源、職權等等都有改革的地方。《卅年專刊》沒有說明在哪些地方做了改正。《聖靈報》一九二八年第三卷第五、六期，在《第四次全體大會紀》之后，又接續發表了黃以利沙“論本會的規章 附第四次全體大會改正之要點”一文，說明了改正之點：
首先引聖經經文說明教會制定規章的重要性，然后又說明了“本會規章之沿革”，謂：“本會規章之由來，是從張巴拿巴長老，於宣統二年（公元一九一零年），蒙真神的特選，當這末世的時候，最初受了晚雨的聖靈。后來又得了啟示，於民國元年，始在山東省創辦了真耶穌教會。繼而到各地宣揚這末世的救恩，遍設了許多的教會於各省。但這時都是為自由的傳道，只到各地傳布末日的警告。爾后教會漸多，始覺要立規章，為本會統一的辦法。於民國十一年（公曆一九二二年），在湖北省武昌，開了第一次全國大會（后改稱二大）。召集各地本會代表，議定本會規章大綱六十條。而后本會更見興旺……到了民國十三年（一九二四年），在湖南省長沙，開了第二次全國大會（后改稱三大）。將向來的規章，許多不備之處，大加增刪，分為七大綱九十三條，網羅本會之創辦和管理一切之事宜。繼至民國十五年（一九二六年），在江蘇南京，開了第三次真耶穌教會大會（后改稱四大）。在此時本會的的靈道，已傳到了日本台灣，由台灣也有選派代表來參加，打開了本來的國境觀念，成為東亞大會的性質。將全國兩字改去，單稱為真耶穌教會大會，包含外國在內。而將第二次所議定的規章，從根本上改正。挪出其中的大綱，增刪作成簡單的規章九章四十條；其他詳細的辦法，以細則補足之。而后本會的范圍，更擴張到南洋諸島，本會在東亞各地，已遍設了許多的教會。故這第四次改為全體大會（后改稱五大），無論傳到何國，均可網羅全世界的本會，愈可證明本會是晚雨的教會，是真神自立的教會，超乎上七代教會的……。”這次規章改正之所以增加這么多，“是因為本會已傳出了國外，而各國的法律，和各地的習慣彼此不同；又且教會一日增多一日，而惡魔也施其詭計，一天破壞一天，在於各地本會，受了惡魔的搗亂，已經發見了很多的弊端。倘使不乘這大會之好機，徹底的去修改規章，俾各地本會有所遵從，預防各種弊害，使本會全體有統一的辦法，庶免信道未深的人，或軟弱的教會，不知不覺中落在惡魔之網羅里。”
黃以利沙所論真耶穌教會之沿革，后來成為張巴拿巴之子張石頭，攻擊他出爾反爾的證據，值得注意。然而，黃以利沙的這些觀點，或者說論點，又來自於誰呢？從黃以利沙加入真會的歷史來看，只能說是來自於張巴拿巴，乃受張巴拿巴之迷惑所致。
又，從黃以利沙所論來看，有一點非常重要。即，教會規章要照顧各國不同的法律、不同的習慣，那么，各處的教會，在由教義所決定的禮儀各個方面是不可能完全一樣的。這應當是一種正常現象，正如基督教傳到世界各地而產生變化一樣。如果，不承認這種各國各地的差別，要強行一律化，在教會內部，就只能制造糾紛。天主教在中國的傳播，就出現過這種情況，見本稿第一編。
然后，黃以利沙詳細論述了第四次全體大會（后改稱五大）對規章所作的改正，其概如下：
一、對於長執方面：
A．立長老執事之辦法。原來毫無辦法規定，各地長執均可隨自己意志按立，於是粗制濫造了許多長執，乃至出現甲所立與乙所立形同冰炭，黨派分爭。為此，第六條規定凡立長執應先得教會全體之同意，經總部同意，然后立之。
B．對於長執之裁制。對於長執之非為，甚至如傳說異端、背道、有名無實、貪圖世利、曠職等等現象，都向無裁制之辦法。新規章的第七條、三十二條、三十三條、三十四條就做了具體規定，可以退、停、革職三種裁制辦法。后來，張巴拿巴遭到革職處分應當是援用於此處之規定。
C．確定長執之權限。長執為管理教會、牧養信徒之聖職，原來的長執雖無立職權力的規定，但向來的慣例是可以立職的。而對於信徒間的爭執則無有審判之權。此次規章則於第九條規定可“以長執會之審定按公義可得裁決”。第十二條則規定“有不服者可向總部上訴求其復審”，這是為了在第一審有誤時的救濟辦法。
二、對於信徒方面：
A．信徒義務。信徒之義務要“先受本會所定的面向下的全身大水洗，并要領受所應許的聖靈，以說靈言為受聖靈之證據”。并說“這次新加入這說靈言，是因為凡受聖靈的都能說靈言。靈言乃是我們的靈，向真神交通用的，是講說各種的奧秘，來造就自己之德。幫助我們達到完全的境地。這是本會與五旬節的教會相似，也是本會唯一屬靈的教會所有的特點。”其實，面向下大水洗、受聖靈、以說方言為受聖靈的憑據，是魏保羅最初創教時的根本教義。此處為什么要說是“新”加入的呢？從教義看顯然不是“新”的。或許是從大會規章角度說的？因為上次大會，一九二六年在南京召開的四大（原稱三大）所定四十條中的第三條已經說到“信徒應受本會認定之水洗及靈洗”。靈洗，在魏保羅時代就是以說方言為憑據的。而方言就是靈言。那么，此處強調的應當是從規章上明確必須說靈言，即方言。這不是改變而是更完全地同魏保羅一樣。
此外，又在第十條強調要“順從聖靈不再犯罪”，即，即使受聖靈之后，也要繼續“遵從聖靈的引導去行事”，否則“必漸漸離開聖靈再去犯罪，那就是無視贖罪的救恩，則不能再浴贖罪的恩典了。（《來》十章二十六節）”
B．信徒的權限。新加入的十一條，信徒監督長執的權利，向總部報告。於是長執可以勸戒或革除信徒，而信徒亦可監督長執的錯處。
三、對於教會的財物方面：
A．關於教會之維持：十三條，規定均由信徒樂捐，但不得向各界募捐，要獨立自治；若各界願意幫助者則必充教會全體費用，不得供私人用；各地貧富不均，要互相幫助。
B．教會財產：向無明文規定，有的是公有，有的還在個人手中，名曰供獻，實際還屬個人私產，糊里糊塗，一旦爭端，無從辦理。於是十六條規定“凡屬本會財產，均屬信徒公有。而總部及支部均屬其區域內本會全體之公有”。以后的辦法則要依據法律，國外則要遵從各地的國法辦理。又加入了一些關於財產爭端要依律法行事的規定。
四、對於總部方面：
A．總部、支部負責之任期。舊規章沒有任期限制，於是有人反對說，“負責是永遠之職，或曲解說是奪耶穌之權”。黃以利沙批駁了這些說法，但也說“因要使一般更為明了，故這回改為總負責任期六年，總部、支部負責均為二年，但可繼任。”“倘使負責在任中，如作出背道及其他不法之行為，總部以審議會之決定，可得停止其職權。”
B．總部的經費：第三十條，將原來的各地教會的“共同維持負擔”六個字改為“信徒樂捐”，是為“避人誤會”。三十一條規定總部經費每年必須公布在《聖靈報》上，“以證收支之正當”。
C．總部有立職、退職和懲戒之權。這是為防備背道之長執而定的。舊規章沒有規定。新規章則定“如長執有不法之行為，或離道背教之事，可懲戒或令其退職。但因私事不能盡職之時，可自向總部請求退職。（第三十三條）”
D．對於支部所關之事
支部，舊規章是以省縣為標准，而這次改正則打破省縣境界。如有必要，無論何處，有三個教會以上連名，請求總部之承認皆可建立。以地理上的必要為標准。
E．總部審判權。總部對各地真會之控訴有審判權，對各地長執會之判決，有不服上訴時有復審之權。
五、對於大會方面。大會改為全體大會及支部大會兩級。全體大會的代表原規章以教會為單位，這次作為以支部為單位；如無支部則仍以教會為單位。代表人數以該地信徒多少由總部酌定。出席支部大會之代表則由“該地本會選派二人參加”。
更為重要的是規定了大會對於總部負責人的監督之權。原規章對於總部沒有規定監督之權。總部負責的行為非道，也沒有明示辦法。這次規章才添加“大會有彈劾總部之權”。是為了防止“總部有越權專制或背道之行動，貽害全體教會。”
六、對於傳道方面：也加強了對傳道人的管理。凡傳道人必攜總部、支部或各地真會之介紹公函，以防假冒。經濟上由各差派者酌額給與，不許領受各地金錢之補助，以免因此而出現弊害。各地教會如發現傳道人有背道之時，當從速報告總部。
七、關於教會的管理。主要在第九章。涉及會堂不得貸與別用、信徒名簿及國法上必要之簿冊、住堂的管理者補助費、對背道信徒的勸戒、革除，不得接待無公函的傳道者等等。
八、關於神學會。改為不定期，地址、期間均由總部酌定。各地要開辦時可向總部磋商，費用由各地負擔。
由上可知，這次大會新定之規章，改革之重點是在對總部人員、長老、執事、傳道人的監督與管理。遠非當初只憑信心熱情傳播階段可比。作為教會的組織已經相當成熟了。這應該是一些層次、素質較高的人士入會以后，發現教會組織上的一些缺欠，從而推動了教會組織的成熟化及民主化。而由於教會完全是由信仰一致而組成，因而這種民主化的特點就更形突出。
特別要指出的是，這次規章改正，規定了總負責的任期，而不是沒有期限，雖然黃以利沙批判了反對者的一些言論。其次是規定了全體大會對總部負責的彈劾權。這兩條改正對於張巴拿巴的專權來說，顯然是個限制。真耶穌教會民主機制逐漸完善。
大會重新改選了總本部負責人。總本部負責因任期已滿，全部辭職。然后由大會推舉總負責一人，再經總負責荐任負責七名，得大會之承認。選舉伊始，張巴拿巴表示“被荐為總部負責，至今業已二年，理當另選。加以負責以來，對所有工作，自知不無欠當之處。第一問心，深滋歉然。玆值本屆全體大會各代表在會之時，我等理當辭職，讓與賢能，以期會務管理，更得其善后。”於是眾負責即時向大會卸任。張巴拿巴雖有“深玆歉然”、“讓與賢能”之詞，然而，如果從他后來的表現來看，顯然是口不由心的。然后，曹光潔發言，略謂：“本會自創始至今，曆有十余年，教會遍設各省，且傳及外洋，使教會興旺，而有今日之可觀。雖云主旨使然，神力所致，然亦藉巴拿巴長老多年為主忠勤，力傳真道。奮斗十余年，靠主未嘗不勝。致於今，會務有如是之進行，措本會如槃石之安，可知神命所在，正欲得成其旨意也。今者，張長老告辭其責，意欲付諸他人，似此謙讓，非出所宜。”堅持倡議仍舊推選張巴拿巴繼任總負責，“於是全體起（立）向張長老致意”。張致謝意。於是，張巴拿巴當選為總負責。次日，大會第八天，由總負責張巴拿巴荐任總部其他負責人。“先經總負責荐任繼任者，為黃以利沙”。而黃力辭，理由是要回台傳道。經張巴拿巴及眾代表力挽，亦不敢推辭。其他几個負責人，荐任為郭多馬、羅喜全、張撒迦、鄧天啟、錢亞伯、高路加。再由大會承認。張巴拿巴首荐之黃以利沙為“繼任者”，當為“繼張巴拿巴之任者”，這個做法的記載，筆者僅見於此，他處不見。
此時之真耶穌教會的總部負責人，由總部的總負責推荐，再由大會認可的選舉辦法，顯然是不民主的，給張巴拿巴網羅心腹、專制獨裁創造了條件。它不合乎當時社會已經出現的民主共和的潮流。或許，這就是張巴拿巴自分裂真耶穌教會以來，一貫作法的結果。但是，隨?教會的發展，信徒日益增多，一些有文化、有知識、有民主意識的信徒加入，必然要對這種專制遺風發動沖擊。歷史正是這樣發展的，恰恰就是張巴拿巴推荐的心腹，使其不能獨裁，造成他最終被革職下台，遠走香港、另起爐?的結果。詳情待后話再說。
張巴拿巴荐任朱恩光為總部傳道，大會承認。這應當是第一次出現的總部傳道之職。
“總本部”如何又於何時改稱為“總部”？《卅年專刊》第十一集“中樞機搆”說，是“總本部遷到上海以后，經第四次全大決議改總本部為總部。”“第四次全大”，按《卅年專刊》的排序，應當是原來的第三次全大，召開於公曆一九二六年的八月十七日至二十一日，地點在南京虎距關一號。而據前述，此次大會是“總本部”初建之時，《卅年專刊》此處有誤。如果《卅年專刊》此處“四大”之排序仍為原來南方總部的排序，那么，應該是一九二八年召開的“四大（后改稱五大）”者。現在看看《聖靈報》一九二八年第三卷第五、六期“第四次（后改稱五大）全體大會紀”記載的一個插曲。在張巴拿巴推選為總負責之后，張巴拿巴荐任其他總本部負責人之前，郭多馬有一個發言，除提出“荐任總部之負責，不欲專以一省一地之長執為之，要各國各地本會，皆宜選出長執”的意見之外，又報告了福建興化真會的一個提案，其中提出：“總本部”改為“總會”；“總負責”改為“總服務”。但興化真會這個提案寄到大會已經為時過晚，大會收到提案時，已是大會的第七天，規章討論已經結束。但郭多馬以為“雖然，理應為之提出，付於公決”。最后，由於江西代表汪挪弗以為時已晚，且在討論規章時已經涉及，加以反對，大會沒有討論。那么，這次大會沒有將“總本部”改為“總會”。但是否改為“總部”呢？在“第四次全體大會（后改稱五大）紀”中沒有找到明確記載。但有“總部”之說法：規章改定案系由“總本部”提出；全部規章通過之后，張巴拿巴為總負責邀同“總部”各負責起立致辭，說我等由前第三次全國大會被荐為“總部”負責。這些說法是“總本部”與“總部”通用者，均指原來的“總本部”。在規章改定、總負責及其他負責人選定之后，對總部的稱謂也是“總部”。想從“大會紀”的文筆措詞中尋找改變稱謂的跡象，也無可能。
但是，自此以后，凡見於記載者均為“總部”而不再稱為“總本部”。
總部地點的變化，《卅年專刊》十一集論述中樞機搆時稱，說總本部由南京遷上海華德路壽品里第二四五號，在民國十六年十月二十日（公曆一九二七年十一月十三日），在這里有一年一個月。至十七年（公曆一九二八年）再移至寶山路第八五零號，與對面橫濱路口八二零號。在哪個月份遷的沒有記載。但前面既然說在華德路壽品里有一年零一個月，則遷至寶山路應在一九二八年的十二月十三日。但這個記載與第三期神學會的舉行時間相矛盾。因為這期神學會是在一九二八年十一月二十八日在上海寶山路八五零號“總部”舉行的。則總部遷到寶山路必在十一月二十八日之前，而不是十二月十三日。
在政府成功立案。
前面說到，北方總會雖然勵精圖治，慘淡經營，但在政府立案卻未能成功。而南方總部卻在政府成功立案。相關資料，在《真耶穌教會總部十周年紀念專刊》上找到了上海特別市政府批示和內政部批示而外，又找到一九三四年召開八大（后改稱九大）之后，在向政府呈請備案的文件中有：“（民國）十七年（公曆一九二八年），曾用總代表張巴拿巴之名義在內政部呈准立案”一語。《卅年專刊》則說：“從中央建都南京乃在內政部呈准立案，於十七年十月二五日（公曆十二月六日）經由上海市政府轉給一一五二號准予備案之批示。”并刊載了內政部的批示。
《十周年紀念專刊》轉載的兩個文件內容如下：
上海特別市政府批示：
“上海特別市政府批第一一零九號
原具呈人真耶穌教會總代表張巴拿巴
呈乙件 為設立真耶穌教會布傳真道，請予立案，由
呈及會章均悉。當經本府令，據社會局會同查覆，據稱該會既由國人組織，又重研究真理，并不向各界募捐，且不願為帝國主義之后援。宗旨尚屬純正。據此應准備案。除
咨
內政部查照外，仰即知照。此批。
會章及人數表存。
中華民國十七年十月八日 市長張 ”
國府內政部批示：
“經由上海市政府照轉
第一一五二號
查該會為傳布真道，前請立案。前來當經本府第一一零九號批准備案并咨請
內政部查照，各在案。玆准
內政部函開，查此案，前據該張巴拿巴呈請立案，到部當批。以教會立案，須呈經所在地方官署核轉等語，玆准前因，相應准予備案。希查照轉飭知照等，合行批示知照。此批。
中華民國十七年十月廿五日”
這兩個文件是很重要的，南方總部取得了合法地位。就真耶穌教會內部而言，它涉及到以后新的斗爭。