一九三七年，南京失陷，國民黨將首都遷到了重慶。《卅年專刊》說，真耶穌教會“自抗戰軍興以還，前淪陷區與后方隔絕，領導困難。為仰體政府抗建之大業，領導后方之各本會起見，有駐渝辦事處之組織。”在一九四二年五月一日，成立真耶穌教會總會駐渝辦事處。社會部發文組五字二七七五二號指令，准予備案。辦事處由吳約翰任主任、郭子民任總干事。名義上，上海總部仍為真會之總部，實際上駐渝辦事處成了國民黨政府控制區之內真會的總部。
一九四二年冬，“舉世戰爭正酣之際，魏長老領導全體禁食三日，祈禱世界和平大會”。在什么地方舉行的不詳。其它更多的相關資料也找不到。
一九四三年三月，社會部組五字第四三三三三號訓令“以上海全部淪陷，該總會無留滬之必要，令飭即辦內遷手續，并調整組織具報”。駐渝辦事處接到此令之后，在四月十八日，以辦字第一零一號通函上海總會，并福建的郭多馬，以及當時在天津的魏以撒，以及各個支部理監事會，以便公決是內遷還是不內遷。但是，真會的支會、分會很多，散居前方后方各地，戰事險阻，雖然函電頻繁，一時之間也難以解決。當年六月八日，社會部在重慶召開宗教慈善團體聯席會，在會上又當面催促真耶穌教會的代表，迅速將總會內遷。駐渝辦事處又以辦字第一五八號通函總會各理事、以及各省市緊急轉告社會部的意見，并徵求對總會內遷的具體意見。上海總會常務理事在當年 八月八日決議：“以上海為國際總會，以重慶為中國總會。”如此，若將駐渝辦事處改為中國總會，則“總會內遷”之事只須一紙備案即可完成。駐渝辦事處遂向社會部呈請批准在當年的十一月一日把真耶穌教會駐渝辦事處改為中國總會，并請頒圖記一顆，以資啟用。但社會部沒有同意這個通融的辦法，復在十一月二十九日，社會部發組四字第五六八三四號指令“仰先將內遷手續辦理完竣，并依法調整組織具報，再行核辦”。駐渝辦事處遂又復函上海總會并各省支部說明上情，堅請將全體總會遷渝。經過一段時間醞釀，各地分會一致同意總會遷渝。首先是一九四三年五月二十二日接到福建各分會一致贊同的復函。十二月三十一日湖南支會復函云：“關於總會內遷問題，政府既一再催辦，本支部即召開理監事會議，決議為總會遷渝關系整個大局，自應一致擁護，所擬辦法兩點，全體表決，通過贊成，祈速執行”。七月三日，接到湖北省支部施興（？恩施。時湖北支部已遷至恩施。）真字第二六號函：“本支部召開理監事會研討結果，一致贊成。遵部令遷渝，以便統一指揮，加強組織，協助政府建國大策，意義至為重大。”一九四四年元月十四日又接河南支部復函：“部令飭趕辦總會內遷手續，全豫本會均贊成來函擬就之兩點辦法：?總會遷渝，由魏郭兩理事入川主持；?原總會改為駐滬辦事處，暫由張蔣二位理事主持，領導淪陷區各地本會之進行，以奠定本會基礎，并分函天津魏理事提前入川主持。”一月三十日，上海總會張、蔣兩理事遂放棄原來的主張，復函：“郭多馬長老來函業已贊成總會遷渝，情勢如此，同人尚復何言，只得依照五月之來函，謹遵政府訓令將總會遷渝，但上海暫不能設總會駐滬辦事處，只得以真耶穌教會名之。而八月八日之通函及續寄之各信，所謂改渝處為中國總部各情者，均即取消作廢可也。除函郭魏二位常務理事速即赴渝主持外，特此函達。”
正在真耶穌教會逐步取得一致意見的過程中，三月十七日社會部又再一次催促，組四字第六三八五零號訓令內開：“查非常時期人民團體組織法公布以后，所有本部直轄團體組織，多已遵照調整、呈准立案。惟該會尚未遵辦，合亟令仰於本年度（一九四四）內將該會組織依法調整具報為要，此令。”駐渝辦事處遂一再函呈留滬總部及各省分支會。一九四四年的五月三日，陝西支部又來函表示“總會遷渝，在原則上一致贊成，并歡迎郭魏二領袖入川主持領導”云云。
魏以撒“本可順便入川，然以玆事體大，事關全局，實非一二人所能自主者。乃親赴豫、魯、江、浙、平、津、東北各地之本會磋商，均能一致擁護總會之內遷。”
魏以撒到各地磋商的行程、時間，從各方記載來看，已不可考。從前述記載來看，只知一九四三年的四月十八日時，應在天津。十大選舉的理事長高大齡已然於一九四二年去世，享年八十六歲。各地推魏以撒為理事長。魏以撒遂由天津經河南輾轉到寶雞，於十月廿四日，飛抵重慶，主持大局。
而郭多馬年事已高，身在閩南，接到各方面的函電，亦攜子郭子嚴動身赴渝。不料竟為湖南戰事所阻，在永安滯留三個月之久。戰況日趨惡劣，終於完全隔斷，無法趕到重慶，不得已又返回福建。六月廿一日，郭多馬由永安發函，略謂：“始於六月一日抵永安，滿擬兼程趕往，不料湘戰緊張，恐中途受困，未便冒行。帷（？惟）總會內遷，已為神旨所在，既定決策仍應照常進行，并不因余等此行暫受意外阻擱。如魏理事已到渝，盡可呈報政府，總會內遷，因時制宜決定一切。”
魏以撒得以“因時制宜，決定一切”，這在真耶穌教會總部的人事作用當中，是個非常重要的轉變：魏以撒取得了決定性的主導地位。這是由當時客觀形勢的演變，又加以魏以撒年青力壯這個有利條件決定的。而這一點又給真耶穌教會的發展帶來了決定性的影響，此乃後話了。
一九四四年九月八日，真會又以辦字第四號呈文報請核備在案。十月廿四日魏以撒飛抵重慶，於十一月二十七日以總字第九五二號正式呈文社會部報請備案。附呈：“?本會簡史與信念目的；?本會會章；?本總會遷渝概況報告；?現在職員略曆各一份。”在“本會簡史與信念目的”一目中，關於“興起”、“簡史”、“沿革與進展”已見本稿各編各章，不再重復。其中有几項內容未能涉及，玆摘錄於下：
“本會推廣與中國之利益：愛國之心人皆有之，雖大聖先賢亦未有不愛其國者也。外人來華傳教，不能雖謂皆負偵探之使命者，然返國后有人問及中國見聞，自必言於無意之中矣。再若中外交兵之日，此外國教士必能為該國軍兵之導引者，事實亦曾見不鮮矣。基此言之，本會所到之處亦即我國國旗飄蕩之處也，更為我三民主義介紹之所也。宣揚東方文化、傳達我國善政、融洽所到之民族，必增高我國際地位於無形矣。歐美基督教立國，此本會推廣者不以本會推進何以深入其土，為我國莫大利益也，明矣！”
“中國需要本會：木茂本固，源浚流長，此歐美富強之現況耶！或曰其故安在？曰，國以耶教定之為國教，民信之而為己寶，全民之知識由是而增長，其文化由是普遍，其社會國家之組織由是而奠立。中國今日仍數千年不變之陳腐，迷信拜物是非不分。只知愛己不知愛人，只知利家不知利國，散砂成性，貪暴橫行，根性不善，有非法律教育之所能及者。若得本會推而行之，將不久皆可成為棄舊更新、改邪歸正之良民，國家富強與歐美之并駕，指顧間之事耳！我百分之八十五以上鄉民可愛而深可憫，其衣食住行之狼狽有異於禽獸者几希矣，其禮義廉恥之喪失甚或有不如良烏義畜之可傳也。類如國難當頭萬分嚴重之際，非捆而不肯入伍，非打而不肯納糧。都市民眾則花天酒地似不知國難為何物也。哀莫大於心死，此皆失教化之故耳。非有真宗教之力以挽之，將必日趨敗落可斷言也。”
“本會必能普及全球：不論物質之進化，抑宗教之發祥，我東方人，尤其中國人，皆得列為先進之地位實非過言也。良以自私心切、利令智昏，無犧牲之精神，乃至百事不振。今日若能體天下為公之道，實行天下為公之法則，科學宗教再居於領導地位，必非難能之事也。本會有鑒及此，咸曰西人可以傳教於東方，何為華人不能傳教於西方耶？況耶教乃亞洲之產物，焉知被西方所得者非其皮毛乎？耶教經典之奧秘，西方同道果盡掘而無遺耶！彼西國同道果得耶教之全豹耶？由是乃從多方面深加探討焉！一即由於《聖經》之本身；二者再考西國已有之各會；三者追求人靈之交通；四者蒐羅各教教義；五者參酌近代科學之原理，結果俱有偉大之成就在。《聖經》中復發現若干真理為西國耶教徒尚未發現者，在西國各會之分歧，近將千余種之多，此長彼短，五光十色。本會同道根據‘擇善而從，不善而改’之儒訓，對西國各會痛下搜羅研討工夫，乃至集其龐雜各會之大成矣！再則宗教之用非徒倫理之擴演，要以有無聖靈之分別也。本會同道於此已有所得焉！若彼西國耶教之某會有一善之傳，尚能普及全球，本會則兼而有之者，豈有不普及全球之理乎！彼西國同道贈吾以糧，吾將贈之以餅也；彼送吾棉花，吾將返其成品矣！一若吾國售之以鐵而購之以鋼焉。又如運去以皮毛返回以呢焉。有此認識，本會胡為不可傳遍全球乎！只在自強不息，犧牲以赴耳。如我賢明政府各首長給以同情之援助，必更有風偃順舟之勢矣！”
“本會對於三民主義之認識：三民主義之理論制度深與《聖經》原意相合，當摩西領以色列民出埃及國時，即因其為奴隸無民權之可言。民生艱苦，不給柴而每日如數繳磚；民族危殆，所生男孩一律殺害。於是乃有摩西之率領以民出離為奴之家，而創建民有、民治、民享之神權民主共和政體。正如我國孫中山總理之創始，我委座所完成者也。是以本會之組織制度亦欲盡力符合三民主義之制度也。”
“本會對於抗建事功之努力：抗戰建國乃人人之天職，雖本會十盡八九皆在陷區，然效忠國家之本分當永為殘人所不能奇者。舉凡獻捐金物、救濟難民、救護傷兵、募捐慰勞、掩護政府所派之工作人員，無不盡力而為之。”
以上之摘錄對於了解真耶穌教會之理念，對了解真會領袖人物的世界觀是非常重要的，對於更深刻地了解真耶穌教會歷史發展階段的變化也是非常必要的。。
首先，其中有些說法看起來好象不再是魏保羅的唯我真耶穌教會才是“真”，西方各公會均為“假”了。對西方耶教及真會“同靈”一概都稱為“同道”。附帶說一句，真耶穌教會的傳播方式，早就已經不象魏保羅那樣“專門”去找各公會“更正”了，雖然在記載中還有“更正”的內容，已經只是個別情況了。只是這種變化從什么時間開始的無法斷定，因為這是一種漸進的過程。此外，在總會遷渝備案文件中的“本會之興起”一欄中，稱魏保羅於“光緒二十七年（一九零一）,加入基督教倫惇會,即認為該會名稱顯有文化侵略性，乃脫離西人,在北京崇文門外磁器口,首建北京第一座華人自立之教會。然所得之教義，仍如歐美各國染色之信仰。漸知西人來華所傳之會不下一百七十余種，更且彼此攻訐，令華人信仰無所適從。入教十六年之久，盡心研討各會之所長，摘與《聖經》中有根據者獨自信守之。直到民國六年（一九一七）五月一日，竟蒙主耶穌之顯現召選，乃拋卸世事傳真道而有真耶穌教會之發起也。”這和魏保羅初期創教的原始文件的記載相比較，如與《聖靈真見證書》記載的創建活動相比，同《萬國更正教報》上的記載相比，已然發生變化。已經不再是西方各公會“全假”，而只是“染色”；并研討各會之所“長”。也就是說，魏以撒對其父的評價和魏保羅自己對自己的評價已經發生了變化，不一樣了。而在此處關於真耶穌教會的教義由來則有更進一步的闡述：如斷言“西方同道”對於“聖經”肯定未能“掘而無遺”，未得“耶教之全豹”，所得只是“皮毛”，而真耶穌教會則是從五個方面對“耶教”進行了研究和探索，“擇善而從，不善而改”，“集……各會之大成”，更何況只有真耶穌教會才有“聖靈”，於是，只有真耶穌教會才是“真教會”！仍然還是“唯我獨真”！
其次，直截了當、明確無誤地提出了真耶穌教會的政治歷史任務，以及，真耶穌教會所應該具有的政治地位。歐美各國富強的原因在於“國以耶教定之為國教”，在於“歐美基督教立國”。而中國呢?“中國需要本會。”在“對三民主義的認識”一欄中,斷言“三民主義理論制度深與《聖經》原意相合”，摩西“創建有民有、民治、民享之神權民主共和政體，‘正如’我國孫中山總理之創始，我委座所完成者也。是以本會之組織制度亦欲盡力符合三民主義之制度也。” “若得本會推而行之……國家富強與歐美之并駕……指顧間之事耳。”當此“國難當頭萬分嚴重之際……非有真宗教之力以挽之，將必日趨敗落可斷言也。”也就是說，只有真耶穌教會才是“真宗教”，如果以真耶穌教會為“國教”，則“國家富強”而且只在“指顧之間”；而在當今“國難當頭”之際，只有真耶穌教會才能力挽狂瀾。
這一次表態，在真耶穌教會發展的歷史上，是破天荒的第一次，是在此以前的資料記載中從未出現過的。在真耶穌教會的歷史發展過程中，是一個極其重要的新的發展階段的開始。當然，在抗日戰爭的緊要關頭，表現出支持政府當局抗日的愛國熱忱是應當的，應該是值得贊揚的。這和當初魏保羅在第一次世界大戰中的“天家無祖國”的思想是不可同日而語的，因為時代背景不同了，民族矛盾已經白刃化，已經關系到中華民族的存亡了。問題是，真耶穌教會從此奠定了“國教思想”，以后則繼續發展，并不斷提升，見后述。