到一九四五年四月，國民黨政府社會部在真耶穌教會總會遷渝立案文件審閱完畢之后，又別生枝節，要真耶穌教會在命名之前冠加“中國”二字，引發一場文件來往官司，到五月二十四日，社會部才正式下發給真耶穌教會以立案文書。
“社會部指令 發文組四字第一零三六五零號
中華民國卅四年四月初三日發出令真耶穌教會總會
呈一件，為呈報辦理內遷及調整組織，經過析鑒核立案由
呈件均悉：查該會應冠‘中國’二字，其余大致尚合，准予立案。除圖記另行刊發外，合行發給社字第一八九號立案證書一紙，仰即遵照收執。再該會駐渝辦事處圖記應即截角呈銷，并仰遵照此令。件存
附發立案證書一紙
部長 谷正綱”
社會部要求真耶穌教會冠以“中國”二字，并未事先徵求意見，而直接以社字第一八九號立案證書一紙發給了真耶穌教會。為此，真耶穌教會總會於四月四日召開總會職務會議，全體反對，遂以總字第四十八號呈文，請求免冠“中國”二字。所述理由如下：
一、社會部在中華民國卅二年三月組五字第四三三三三號命令內遷時就已有原始名稱，是奉令“調整組織”，不是新立的人民團體。更沒有經真會全國代表大會通過，更改名稱，似為不可。
二、真會是由國人發起，過去在全體大會時也有人曾提議應加“中華”或“中國”字樣，以為推崇我國之意。但大會經討論后遭到了否決。以為“加增中國或中華字樣，反使外國教徒不能歸化本會。是欲榮其名，反損其實。根據當把‘真道傳遍天下’之教訓，故在真會原有的規章細則中，第一條即規定本會名為真耶穌教會。不論何國何地，不得在其上增加國際字樣，以免分歧之弊。”
三、真會在實際上已經由東徂西，在美國、印度、南洋、台灣、朝鮮、日本已經開創教會數十處之多。如果用冠以“中國”二字的總會發號施令，勢必引起民族隔閡，失去領導地位。或者會使原為一體的總會有分崩離異的后果。
四、在辦理總會內遷過程中，上海理事會曾有“在上海為國際總會，重慶為中國總會”的意見，通告駐渝辦事處。駐渝辦事處當即以此意見呈請社會部立案，而社會部當時的意見是先辦內遷手續并依法調整組織之后再說。如此，魏以撒奔走各地，飛奔來渝，各地支會一致同意內遷。今天又反而要加“中國”二字，是不是仍然承認上海為真會的國際總會呢？
五、西方人譏諷我國敬拜偶像不明基督真道，乃不惜人力物力來華傳道，其教會名稱都沒有冠以國名。而真會是屬“聖靈”的教會，研求真道，至為真實。“而西國人只知聖經淺識，已覺瞠乎我后，若本會再冠以‘中國’二字，豈不尤為西人所笑？再本會原有全體總會，將來或有洲統會、國領會之系統；屬於中國者將有中國領會之組織。此次奉令內遷之總會，實全世界之總會。但以華人發起，全總會之設立，固永不能離開中國之境也。奉令前因，擬懇准予不加‘中國’二字并賜以‘真耶穌教會全體總會’之立案證書與印信，以符事實。”
堅決反對冠以“中國”二字。社會部遂於五月發文准予維持原名，并重新更換了立案文書。社會部的指令為發文組四字第一零六四一八號，於中華民國三十四年五月二十四日發出。
准予維持原名，免冠“中國”二字。
并准換發社字第二零四號立案證書一紙及圖記一顆。
簽署文件的是部長谷正綱。
此后，六月十一日社會部發文組四字第一零七二二三號指令，准予啟用新圖記備案，八月三十一日內政部以渝禮字第零八七四號批令准予內遷備案，附發宗教團體工作月報表式一份。九月十日，魏以撒呈工作月報表。十月一日，內政部准予備查。