這部份的資料，完全依賴於張石頭所著《真耶穌教會史》一書。
前面已經提到，張巴拿巴於南京召開中華真耶穌教會第二次全國大會之后，已稱“教會元首”。一九三八年的六月十二日，張巴拿巴等人經粵漢路抵達香港。在九龍、香港召開數次靈恩大會，“聖靈大降，際此亂世，人多向神，教會都非常興旺”。年底，張益壽、曹光潔等返回上海。南京大屠殺之后，曹光潔由上海返回南京。
張巴拿巴在香港呆了半年多。廣州淪陷后，與內地音信更是難通，又屢接南洋怡保教會函邀。遂於一九三九年二月廿二日抵達吉隆坡真會，會見了張彌加等。二月廿七日抵達怡保。據筆者得到的中華民國二十八年（公曆一九三九）正月第一期《角聲報》，張巴拿巴發布的“公函一件”，張巴拿巴到達怡保的時間是在“三月二十七日”，不是“二”月二十七日。
陳光藻說張巴拿巴在到南洋之前，曾到福州、仙遊。后與陳文秀（提摩太）共赴南洋。
怡保李塞特一向全權管理林成就的財產、營業。一九三七年十一月林成就去世。不久李塞特與林氏之妻劉腓比因家務失和，張巴拿巴調解不成，林氏子女訴訟於公庭。這在人口不多的怡保，成為社會各界廣為關注的事件。張巴拿巴為教會名譽計，勸李、劉二人自動辭去教會公職，待訴訟結束以后再行恢復。劉腓比接受勸告，辭去執事之職，但李塞特堅拒不允，張巴拿巴遂將其監督之職革去。
一九四零年，應砂撈越米里埠莊陳氏二姐妹之邀，與張西拉執事前去傳道，施洗四十余人。第二年，又應沙巴亞庇某李太太之請，獨自前往講道，約一個月有余。一九四一年七、八月間，張巴拿巴同劉腓比前往實弔遠看視教會，在愛大華遇見俞聖潔、姚益彩、黃多加等人。几年前，支持上海總部的俞聖潔，這次見面，卻如同故人相逢一樣，乃致引發孫耀光及福建陳馬利亞大怒；孫耀光甚至要打俞聖潔。在實弔遠，不知是誰向英政府報告，說張巴拿巴是日本間諜，月獲五萬元活動經費。十一月，怡保刑事調查局，派員調查，見張衣?簡單，只有《聖經》，不象，遂道歉而去。
當年，十二月八日，日軍南進，巴拿巴與劉腓比等隨大眾逃往新加坡。在吉隆坡被捕至警局。由一英籍警官槃問，結果也覺得不象是日本間諜，於是再三道歉，并用車送回教會。張巴拿巴在新加坡一直住到英軍投降，日本山下奉文大將接管全馬之后，才返回怡保。家人則仍留日軍占領的香港。
后受愛大華真會之邀，到此長住，看顧教會。在此優哉遊哉地過了三年多的休養生活。一九四七年復刊的第一期《角聲報》，刊登了張巴拿巴的《南遊記》一文，詳細記述了到馬來西亞以后的情況。關於在愛大華的三年多，如此描述：“我接受愛大華本會之再三邀請，乃前往該地，住在姚益彩家中。他的夫人俞聖潔及諸同靈長執熱烈招待，朝夕禱告聚會。我在這悠（幽）靜美麗的田園中，休養了三年多。自我傳道卅余年，從沒有好好休養過。在這里靈性大有增進。有黃多加、范靠主、單白石（長老）、胡哈拿、李愛主、徐阿森、姚益彩夫婦、四媽等執事，朝夕相處，談論主神的道理。三年來，雖也在許多壓迫下，但精神肉體均極健康，其間神跡奇事，不勝枚舉。其間也有驚人的恐嚇，靠?父神，一一得勝。凡神藉我所說的預言，皆一一應驗，分毫不爽，這是真神的特恩。”