《卅年專刊》有一篇《廣州分會史略》，作者為誰未署名。但從文章內容行文口氣看，是張寧法所撰。《史略》沒有從廣州真耶穌教會的最初始興說起，而是從淪陷開始的。既便如此，也只是三言兩語帶過，實質內容是從淪陷結束、復員之后開始的。雖然如此，畢竟也還有一些淪陷期間的描述。
廣州鳳凰崗教會，“經過淪陷八年又聚又散數次，經曆飢荒、艱難困苦、攔阻、喪失、死亡，離世兄弟姊妹有過半。幸蒙主耶穌的靈啟示和指導，使我持定真理忍耐，保守前進。”
香港教會。香港淪陷后，信徒們都各散西東。傳道者黃基磐執事因家庭生活經濟斷絕之苦，難於回鄉。那時的教會，因為出入交通阻礙，分開兩處，作家庭聚會：一在九龍曾路得執事家，一在香港徐大衛家。后來，曾路得家沒有聚會了，但“蒙神祝福，古撒拉執事、徐大衛執事把教會堅持到底，經過一切困苦艱難，不能言狀。”
新陂教會。在淪陷期間，經各樣兵災盜賊，信徒分離四散，“如燈台熄滅一樣”。
石門金竹山祈禱所。俱是外邦人進入的，原由甘約伯執事負責。在淪陷期間受災害多次，死傷多人。屢次逃離村莊，到山嶺曠野中躲藏，食宿無定。“因有政府游擊隊，另有共產軍隊，又有日本軍隊，常常沖突。這祈禱所因此多年無聚會拜神了。”
中山教會
一九三九年，日軍擊陷中山，教會會務因此而停頓。
一九三九年，沙溪圩成立祈禱所，由馮愛真女執事負責。林信玲、胡秀娟等盡力幫助講道。
一九四一年秋，石門開獻堂典禮及靈恩會，石岐教會派梁耀基、歐漢琛前往幫助；并成立祈禱所，派甘約伯先生為負責。
中山有四處祈禱所：石岐、西椏、石門、沙溪，但傳道人只有一位，即梁耀基執事。每年按月奔走於四個地方，“輪回流動牧養羊群”。
沙頭角，一九三八年（民國二十六年）一月十二日成立真耶穌教會之后，到一九四七年以前沒有找到記載。
大埔，在丘馬利亞、丘磯法二位執事努力工作的基礎上，於一九四零年十二月六日成立了大埔圩真耶穌教會。
樟木頭教會
樟木頭真耶穌教會，是因為丘馬利亞、丘磯法兩位執事在沙頭角、大埔“奉耶穌名醫病趕鬼”給樟木頭村種下的種子，“感動了我們全鄉，都願作真神的子民，甘心同信一主一靈”。在一九四一年的一月二十日，請馬利亞、丘磯法、丘提多、廖雅各等在南村開辦真耶穌教會。於是廖雅各本村，全村“均得主恩，信奉真教”。
真耶穌教會在樟木頭的發展，也曾遇到過一些阻力。丘馬利亞的記載中說：“在成立教會的時候也有撒但的攻擊。曾有本市小學校校長及商會會長控告真耶穌教會異端異教，集會擾亂治安，應馬上趕出等。后經官方查問，經執事解釋，了解而去。以后又作二次控告，官方令他害天文（？，原文如此），并告誡以后不可隨便控告。撒但的鬼計失敗了。從此他們對教會不敢攻擊。撒但又轉向磯法身上襲擊，被捉了几次。見他本人見證。”
丘磯法的見證反映了丘磯法等受日軍、及一些奸人利用日軍的迫害。在一九四一年，丘磯法“與靈胞李炳被日軍捉去，自知必死，就大聲喊哈利路亞十余聲，將靈魂交與主耶穌安排。聖靈感動日軍用筆寫字問我們是作何事。我說是真耶穌教的，那日軍就將我們放了。又民卅二年（一九四三）十二月，沙頭角的教會被日憲兵占用。惡人利用日軍打我甚重。民三十四年（一九四五）五月，又被奸匪捉我，送到深山內一小房，囚困至六月初一晚，要殺我。聽他內部人告訴我，我就禱告。蒙聖靈指示由瓦間逃去。在森林里住了四夜三日，吃酸藤葉充飢。初三日夜間，由高山往下爬時，有一重約八十斤巨石，由頭部、腰部壓過。這夜又跌入被水浸了三十分。這時求主救我，現在水里，免被惡人殺死。到天亮聖靈指示，到中隊部求救。至第五日解到大隊部，我姐馬利亞及廖雅各調解，六月十二日被釋放。
同年七月十八日，又被奸徒捉去，囚了七天。以上所受苦難在人意度絕無生理。神的奇妙。所受的苦楚不小，但終不能傷了我的性命，感謝主，阿們！”
在抗戰期間福建新建區會，據《卅年專刊》統計表，有：一九三八年七月，吳約生創建石岐區會。一九四一年一月，丘磯法建樟木頭區會。祈禱所有：一九三九年，梁耀基創沙溪祈禱所。一九四一年，甘約伯創石門祈禱所。