一八九四年，甲午戰爭，清政府戰敗。次年四月十七日，簽訂喪權辱國之馬關條約，割讓台灣、澎湖給日本帝國主義。愛國志士邱逢甲、劉永福等人領導台灣人民頑強抵抗日軍，十月十九日，高雄、台南等地被日軍攻占，台灣全境淪陷。一九四三年十二月一日中、美、英三國簽署《開羅宣言》、一九四五年七月二十六日，中、美、英三國（后蘇聯也參加）《波茨坦公告》明文規定台灣、澎湖列島必須歸還給中國。一九四五年八月十五日，日本無條件投降，我國收復台灣主權。當年十月二十五日，中國政府正式接收台灣。
一、一九四五年光復后，到一九四九年初台灣各地所建真會教會：
現中南部教區云林縣的虎尾：虎尾的信徒在沒有祈禱所之前，每安息日都要往埔姜崙（今褒忠）教會做禮拜，平常則在靈胞家中輪流舉行家庭聚會。一九四六年一月一日，日人中島信夫將自己的住宅提供為祈禱所，即光復路四八零號舊會堂。一九四七年十一月二十五日，虎尾靈胞與埔姜崙教會合并，正式成立“虎尾教會”，當時信徒共二百六十三人。以上為《台灣傳教五十周年紀念》一書的說法。《真聖報》第一卷第六期（一九四七年十月十五日發行）則謂虎尾區會成立於十月四日，當時人數只六十五人，會堂乃租用者。教會工作人員有蔡文徽、陳余泉兩執事；常務理事為陳余泉，理事有蔡女澤，監事為陳世家。《台灣傳教五十周年紀念》未記前一階段的情況。之后，日漸發展興旺。《台灣傳教五十年》說“所屬信徒分布之廣，可謂冠乎全省各地教會之上。包括：虎尾、土庫、西螺、斗六鎮，并褒忠、東勢、元長、古坑、莿桐鄉等，共計十一鄉鎮。”
高雄：一九四零年，陳克忍執事一家由台南遷居於此。數年后，又發現台南遷去“靈胞”數人，於是開始在陳克忍家聚會。一九四六年，清水教會詹靈愛一家也遷到高雄。信徒日漸增加，遂在安息日下午做禮拜。一九四七年，陳克忍遷居鼓山區“協隆興維他命廠”宿舍，遂借宿舍為聚會所。一九四八年正式建立教會。當時信徒只得四五十人。
東南部台東縣
美和：在台東縣太麻里鄉美和村。村民大部份為阿眉族同胞。前面已經提到，台灣光復以前，溪湖教會的信徒阮錢杉被日軍徵集到美和村的?野部隊服役。由於他的影響，林太郎、賴貴發等人“歸真”，阮為他們六人施洗，并受“聖靈”。不久，二戰結束，阮錢杉回家。而在美和村信仰“真道”者逐漸發展到一百八十人。於是翻越中央山脈往溪湖找到阮錢杉。阮遂帶領他們到台灣支部，支部遂派王永生執事到美和村工作。一九四六年，呈報支部，成立台東縣第一處教會，也是阿眉族首立的教會。在美和村荒野路四七號。
大橋：在台東縣卑南鄉南榮村大橋九七號。大橋教會是現在的教會名，其先為“卑南教會”，再之前則在台東寶桑。一九四六年五月中，寶桑伍金葉（女）到美和村訪親，受到“真道”影響。回鄉后向五家親戚見證，其中三人患奇病無藥可醫，信主后得了醫治。於是五家親戚全部歸了“真道”。信徒增加到約六十余名，無會所，只得家庭聚會。一九四八年，台東水災，遂遷到卑南村，同心建立簡陋會堂。后來在一九五五年名為“卑南教會”，一九七四年才改為大橋教會。
都蘭：台東縣東河鄉都蘭村都蘭路二七五號。據《台灣傳教五十周年紀念》統計表,於一九四七年一月五日創建。而在教會沿革中未提及此事。是一九四五年美和耶和華教士王明義“歸真”之后，傳入都蘭村的。治好了其耶和華教友王主飛，影響不少人“歸真”。第一次施洗有七人，不到半年有三十余名信徒。但由於禱告方式被外邦人指稱為“瘋顛耗子”，被藐視、辱罵。一九四八年，信徒又堅拒村中每年祀祖與丰收節之狂歡盛典，引起村民公憤，嚴厲攻擊。不得不暗中聚會。但也免不了牢獄之災。一九四九年，信徒日增，不顧外邦人迫害，建造了十五坪茅草會堂。
隆昌教會：在今台東縣東河鄉隆昌村隆昌一零一號。《台灣傳教五十年紀念》統計表說建於一九四七年一月五日。這是前面提到過的美和村的林太郎，在日本軍中服勞役之際，得識彰化溪湖村真會信徒阮錢杉而得到了“真道”。之后，向隆昌村的親戚林進德見證，隨即接受。一九四五年十月到一九四七年九月間，林太郎常住林進德家，主持家庭禮拜。鄰近的親戚們紛紛前來參加。一個月之中，就有九十人受浸歸入真教會。期間，一九四六年時，受村內不信者迫害嚴重，常被抓去毆打，迫使放棄信仰，阻擋聚會。然而信徒們“聖靈的大充滿”，絕不退縮，依然堅持，更加熱心聚會。一九四七年一月，呈報總會成立隆昌教會。在林進德住宅北面，建一棟竹造蓋茅草的會堂。當時信徒已近二百名。革除吸煙、喝酒、吃檳榔、男女共舞之惡習，相愛互助，生活大得改善。
丰田教會：在台東縣成功鎮信義里丰田路七七號。《台灣傳教五十年紀念》統計表說，建立於一九四九年二月一日，但無沿革介紹，只能付闕。
和平教會：在台東縣成功鎮和平里延平路二四號。《台灣傳教五十年紀念》統計表說建立於一九四七年一月五日。與都蘭縣建立時間相同。一九四五年十二月二十八日，在成功電力公司工作的蔡慶火一家四口“相信真道”。回本村作見證。他原來也行過邪朮，當眾把行朮的東西丟掉，卻未受害，大家覺得稀奇，村民才開始領悟真道。隨即就有四戶相信領洗，開始實行家庭領拜。鄭赤伊（忠仆）執事常到和平傳道，參加家庭禮拜。不久信徒增多，達一百二十三人。一九四九年，決定建筑祈禱所。在准備中，遭到了嚴重迫害，而信徒反倒更加增多。在一九五零年九月九日，正式成立教會。正式立會的時間，歷史沿革中的說法同統計表中不同。不過，既然一九四五年“真道”已經傳入於此，作一記錄，亦不為過。
成功教會：在台東縣成功鎮三民里三民路五八號。《台灣五十年》統計表亦作一九四七年一月五日創建。這還是蔡慶火的功勞。一九四五年九月，他在美和聽到“真道”后，回到新港，傳給全家二十位一同信主，同年十月又有七家信主。十二月初旬，第一次洗禮，中旬又舉行第二次，下旬舉行第三次，信徒增加到八十八人。“但信主之人‘放棄祖先傳下來的習慣’，部落長老知道了，就迫害信主的人。這是第一次迫害。”一九四六年三月間，行第四次洗禮及第一次洗腳禮和聖餐禮。而迫害更加加劇。到一九四七年三月初，雖然迫害日益嚴重，但信徒數也日益增多。以前是“新港”同“麒麟”合在一起聚會，信徒增加就開始分開聚會。十一月，新港計划建堂，警察當局不允，計划不成。一九四八年一月間，在忠智里內找到地皮，二月十日建成簡陋茅草會堂，行獻堂禮。
東中部區
花蓮縣立山教會：在花蓮縣卓溪鄉立山村更生三五號。《台灣傳教五十年紀念》在統計表中說，創建於一九四六年五月十七日。但無歷史沿革介紹，詳情付闕。
山里教會：在花蓮縣卓溪鄉立山村山里一八號。《台灣傳教五十年紀念》統計表中說創建於一九四六年五月十六日，亦無歷史沿革介紹。
但據紅葉教會歷史沿革的介紹說，山里、立山二教會，均建於一九四六年。
紅葉教會：在花蓮縣萬榮鄉紅葉村四二號。《台灣傳教五十年》統計表說創建於一九四七年一月五日。一九四六年立山、山里教會建立不久，立山信徒蘇貞勇（羅義武的姐夫）來到紅葉村傳播“真道”。羅義武之妻林玉花病倒已久，醫生宣告無法救治，正在床上靜候死期。羅義武愛妻心切，立時相信。未几，全家由武忠治施洗於紅葉溪中，病危之林玉花受洗后病勢好轉。不到一周，就能走動，開始料理家務；在村中之影響可知。歷史沿革的介紹，此后直接轉入在一九六一年，一九四七年如何建會沒有介紹。
紅葉教會的民族搆成很特殊，是由太魯閣、阿眉、布農三個不同語言、不同風俗習慣的山胞組成的一個教會。
西林教會：在花蓮縣萬榮鄉西林村一二四號。《台灣傳教五十年紀念》說創建於一九四七年一月五日。在歷史沿革中不但沒有明確提到創建日期，而且最初的傳入時間，說成是在一九四八年的四月。是銅門教會的信徒馬得勝到西林村打獵，向該村李金福作見證。李金福等人首先在四月中旬悟道，并於四月十七日“受洗歸真”。三年后信徒增加，一九五零年首次建造會堂。
銅門教會：在花蓮縣秀林鄉銅門村榕樹二十號。《台灣傳教五十年紀念》統計表中說是創建於一九四六年十二月十九日。而歷史沿革中沒有介紹，詳情只得付闕。
三棧教會：在花蓮縣秀林鄉景美村三棧六十六號。《台灣傳教五十年紀念》統計表中說教會創建於一九四六年六月十五日。而在歷史沿革中完全沒有介紹。
崇德教會：在花蓮縣秀林鄉崇德村一四五號。《台灣傳教五十年紀念》統計表中說，教會創建於一九四七年一月五日。台灣光復后，鄰村富世教會將“真道”傳入崇德，江秀郎一家接受而加入富世教會。其后的一年中，信徒增加到三十六名，建一簡陋會堂。“呈報總會，於民國三十六年（一九四七）正月，由富世分出，成立‘崇德教會’”。
台灣光復以后，教會全局概況的介紹，只有一九四七年五月一日十一屆全體大會上魏以撒的報告及台灣代表楊約翰的介紹。而這兩個報告或介紹則只能截止到一九四七年五月一日之前的情況。
魏以撒報告說，當時台灣真耶穌教會共有卅八處，傳道八人，信徒五千五百廿八人。只有概括性的數字統計。楊約翰的報告，共分四個部份:
第一部份
是“真道”的初播，包括如何傳到日本，這在前面已經說過了；
第二部份
是日占時期高山族信徒受到的迫害，又如何在迫害中堅守信仰，發展教會。楊約翰所介紹的內容，也已見於前述。而關於現實狀況則說：“此次日人撤退，台灣光復，一切限制皆消失。高山族中相信者已達一千多人矣。約占全台信徒四分之一。目下台支會正計划加強高山族之工作。土著人中已有多人擔任傳福音之責任，非常忠心、勇敢。支會派去之傳道人，目睹彼等之熱誠，皆受感動，而更加熱心。高山族乃馬來人，主對他們恩典很大，未來之工作正方興未艾也。”
第三部份
“台灣二·二八事件，各地本會同靈都平安，請大家放心。客歲颶風過境，各支會寄以同情，慷慨捐助，本人來時，眾人托付兄弟向各代表轉達謝意。”
第四部份
為“教會今昔比較：
民國廿六年（一九三七） 現在（一九四七年）
第十次大會時 十一屆全體大會召開時
教會數 十處 三十八處
信徒 一千四百人 六千人
傳道人 十人 八人
經 費 四萬 一千九百萬 ”
二、高山族信仰“真道”，迭遭迫害
台灣光復后，真耶穌教會在台灣的傳播中，一個非常重要的現象，是高山族的信仰受到了嚴重迫害。《真耶穌教會聖靈報》第一卷第七～八期（一九四七年十二月十五日發行）以“基督精神在台灣高山族的同靈身上彰顯偉大”為題，報導了在南澳及柑子頭方面信徒被害的情況，其概況如下：一九四五年八月間，花蓮縣山里區山里鄉一位婦女，名納品，“蒙恩后心中火熱”，到南澳探親，并傳“真道”。受到其姊、姊夫的歡迎，繼得王玉真、玉枝兩女友的贊成，求道之心切切，請求支會派傳道來此。支會遂派林田長老和楊約翰執事同來。不料，十二月二十一日晚聚會時，突有（三民主義）青年團員數人闖入，叫詈辱罵、毆打信徒傳道、焚燒《聖經》、《聖詩》。此后，常有鄉民騷擾，以致成為習慣。然而信徒們仍然堅持信仰，罵不還口，打不還手。納品返里之后，每念故舊，心中常常火熱。一九四六年一月，再到南澳，大聲疾呼。鄉民則雞鼓而攻之，打得納品遍體鱗傷，險些殞絕。鄉民聯絡鄉長、村長、民團警察機關，橫行摧殘，凶勢日勝一日。暴力頻加，迫害手段，無所不至，威脅之勢四處蔓延，到了柑子頭。信徒無寧日矣，有家不能歸，被逐者層出不窮。一九四六年二月八日，鄉民同青年團員逼迫益急，非殺必逐。王玉真、玉枝亡命外地真會，不敢回家。六個月之后，歸省，結果被囚兩日，并被押到蘇澳游行示眾，之后釋放。一九四七年五月四日夜約八時，福村村長酒酣，鄉民乘勢襲擊信徒。凡住福村信徒，均遭木石交加，鄉民還高呼非殺即逐的口號。王玉真之老父，雖然不是信徒，但為教會說了好話，亦被擊昏倒一個小時。大亂之后，又逼迫信徒“獻豚（豬）十頭”，無豚者只得以水田換豚供獻。且迫令信徒宣誓離道，“否則任聽處死，有如殺豚”。然而信徒們堅決不放棄信仰，於是企圖全體離開家鄉，已經走出一百多米時，有人以為“全體離開，必斷接濟，乃令信徒婦孺者返鄉，僅逐領袖五人，就是小山和子、吉川清、陳德全、松田、武田安子等”。於五月七日到達花蓮港真會。六月二日，柑子頭村信徒伊藤周二等十四名又被迫害，情形不詳。三日，午前四時，開始亡命。七月八日，民政廳代理陳曾訓示信徒之生命財產，必須保全。然而鄉民仍然仇視之極。八月十二日上午八時許，信徒梁福平等廿六人，迫不得已變盡家私，離家外徙。誰知圖井、上原兩警士予伏途中，將二十六人趕回警所，以私逃罪任意毒打，罰苦役，施極刑。“政府大員命令等於空談，國家信仰自由的法律有明文的規定，政府不能執行，令人感嘆。而且不久進入憲政，實行憲法，人民沒有信仰居住之自由，又何能成為憲法的國家呢？”八月十四日，上午七時，有鄉民數人、青年軍六七人，將信徒用藤棒、牛車木棒、渾身毒打，皮開肉綻，無一處完整，“几乏放針之處”；又且逐日罰行苦役。直至八月廿九日台風襲擊，始蒙釋放。其中受傷最重的是福田靜子、木村重子兩位女信徒；福田靜子被釋放后三天，醫藥罔效，不治身亡。然而信徒之信仰卻更加堅定。“蓋宗教之博愛基礎，犧牲為宗旨，實乃救己濟人之道。……每遇迫害，必來函報急，請救助禱，并無任何怨尤，更沒有辱罵敵人之語氣，實有真道在他們心中所致也！”
《真聖報》第一卷第七、八期（一九四七年十二月十五日發行），報導說“高山族靈胞受迫害仍在繼續中，較比以前益甚。大南澳之經過，略以陳情書原幅送來參考。至於台東縣的新港、佳里、都蘭各分會之領袖三名，九月初旬被新港警察拘留十余天，然后才釋放……。”
《真聖報》第三卷第一～二期（一九四九年二月十五日發行）又報導說，去年台東警察所長曾將教會指導者入獄二十天，又酷打了數人，并罰金。一般信徒也被罰筑路苦工。但遭迫害之后，信徒數反而激增，較三年之前多出數百人。
三、張撒迦在台灣的工作
《真聖報》第二卷第四期（一九四八年四月十五日發行）報導“張撒迦理事奉差赴台，亦已抵達台中協助支會大會并各地之靈恩會”。見報時，張撒迦已經到達台中，而具體時間，即某月某日，不詳。《真聖報》第二卷第五期（五月十五日發行）的報導則說張撒迦伉麗二人已到台北，工作且已告一段落。計開三天會，聚會者二百余人，受洗卅四位，說靈言者十三人。并在台北監獄，向一千五六百名犯人播音，效果則“待查后續報”。監獄當局“有意交托本會加以教化”，利用宗教對犯人進行思想教育、改造。到第廿四屆代表大會之前，在台北、中部在六處教會開靈恩會十二天，水洗卅九人，靈洗十八人。
一九四八年三月廿九日、卅日兩天，列席台灣省支會第二十四屆代表大會。那么，張撒迦到達台中必在三月廿九日之前，而在台北的“聖工”，是在此之前還是之后呢？沒有日期記載，不好明斷。
《真聖報》第二卷第七期（一九四八年七月十五日發行）張撒迦報告《台灣巡視記》，從內容判斷曾到台南助開靈恩會，曾給總會發去一函，但未見報。之后的一個多月中“從台北經台中，直達屏東，轉入台東花蓮港、南澳、羅東，復歸台北。多半時間都費在深山，與高山同靈過生活。經過險要的斷崖，經過萬尺以上的峻嶺，約有一二十峰之多……。”而高山族信仰生活的概況則說：“來台所經三縣，高山同靈除花蓮之外，實無自由可言（對於信教）。尤其逼迫本會信徒之外邦與官府，言之不勝痛心！某老會嫉妒本會的發展，到處捏造謊言，火上添油（大約指加拿大宣教師孫雅各，參見下文。）；這又是本會受阻的另一個原因。總之台東與南澳方面的信徒，仍處在黑暗權下，在水深火熱當中。其信心雖未滅，而自由早已失卻了。對此情況，仍與省府方面交涉中。”
四、台灣省支會第廿四屆代表大會暨台灣省支會成立大會
支會第廿四屆代表大會，記載見於《真聖報》第二卷第六期（一九四八年六月十五日發行）。
一九四八年三月廿九日在台中市公園路支會召開。出席代表五十二人；下列教會派出了代表：花蓮、富世、明德、立山、山里、紅葉、銅門、景美、西林、羅東、台北、新竹、台中、鹿峰、和美、線西、崙尾、鹿港、溪湖、二林、褒忠、大林、梅山、中莊、民雄、魚寮、梅華、嘉義、台南、屏東、美和、忠智、隆昌、都蘭、利吉、虎尾、台東、南澳、高雄。出席大會的理事有簡益真、林獻生；監事黃以利沙、郭順命；傳道沈義民、蔡聖民、蔡永輝、吳新民、王春雨、陳聖工、朱建新。列席：總會常務理事張撒迦、理事林悟真。
大會主席郭順命，副主席陳克忍。
大會報告的內容，撮其要者介紹如下：新成立的會所有虎尾教會，台東、高雄祈禱所。有二十一處教會開過靈恩會。聖工執事移駐花蓮縣山地，村田長老到日本工作，台北監獄登記真會布道。長執變動情況：大陸魏哈拿、夏言冰兩執事到台，楊約翰到總會，朱陽光長老於三月十九日去世。信徒總數到一九四七年末為五千七百九十人，其中高山族人一千六百七十七人，占百分之三十。立案手續，已由總會電請省政府社會處予以改組。先提出籌備委員及臨時指定四十人為成立大會之各地教會代表，明天開成立大會。其他，關於經濟財政方面的討論、議決從略。
此外，傳道人報告了在各地傳道概況：王春雨提到台東“信徒受禁受打，無法解救。但他們雖受如此迫害也不失信心。迫害漸進漸大，后來就全部受禁了。以后美和、利吉兩個弟兄往省府陳情。雖有得省府的好意，但台東方面的迫害未息。”陳聖工則報告說去年大部分的工作在花蓮縣山地，“正遇?南澳受迫害，許多弟兄被逐到花蓮山地。以后還有加拿大宣教師孫雅各到山地宣揚本會是邪教，引起迫害的因由。……最近又接南澳大迫害以致避難的消息。”
還提到了“張巴拿巴以《角聲報》攪擾台會，但未受動搖。吳道澤攪擾虎尾、大林、梅山等處”。但均無詳情介紹。張巴拿巴把在香港印刷的《角聲報》到處郵寄，湖北則有追隨張巴拿巴的觀音閣教會向湖北各會送《角聲報》，見湖北省真會史。吳道澤事可參見福建真會史。
又建立支會救濟委員會。討論議決一九四八年度支會經常費認捐案。
第二日，三月卅日下午，又召開了“真耶穌教會台灣省支會成立大會”。
支會代表大會都開到第廿四屆了，為什么才開成立大會？這與台灣光復，政權更迭有關。這應當是國民黨政府接管台灣整理民間社團釆用的手法。當初，抗戰期間總會內遷重慶時，就曾要求真會重開成立大會，后經協商，才免去召開。這一次不同於總會內遷，於是又重開成立大會。
出席代表三十四人，缺席六人；這些代表應該是在支會第二十四屆代表大會確定的。大會主席郭順民報告開會意義時就說：“今天開本會改組成立大會，藉此向政府獲得合法地位”。省社會處派專員列席大會，致詞中說：“因貴會是省級團體，但台中有久年的歷史，所以政府特准成立於台中，而在台北設立辦事處。”當時按政府要求，支會大約應設台北，因台北是台灣首府，因考慮到支會在台中已經多年，遂有上述決定。
這次會議還審議了台灣支會的會章二十八條。
選簡益真為理事長，常理還有林獻生、郭順命；另有理事林悟真、陳克忍、蔡聖民、楊靈川、江恆平、蔡永輝；候補理事有蔡提摩太、馬太、黃呈聰、王永生（因蔡提摩太又當選為監事，故由王永生充之）。
選蔡提摩太為常務監事；另有監事陳余泉、朱建新；候補監事郭柱。
支會備案之事，則於九月十五日辦妥。
一九四九年初的消息則是，予定在三月二十八日在台中支會召開“第二十五屆支會代表大會暨台灣省救濟支會第二屆會員代表大會”。
楊約翰則報告說自到台灣之后，同簡長老往各地巡視。“近時打算同林獻生執事到台東高山族教會去開聖經講習會。於一個月前，建成會堂一座。雖有長老會的牧師，花言巧語的迷惑他們，但受了聖靈的高山同靈，均靠主站立得穩。”