清除張巴拿巴的行動，實際上是從第五次臨時全體大會（后改稱六大）開始的。
六大，從一九二九年九月一日召開，到十二日結束，共計十二天。會址在上海寶山路八二零號真會。《真耶穌教會總部十周年紀念專刊》作第五次臨時全體大會，這是在沒有追認於北京召開的“一大”時的稱謂。出席代表有二十七人。山東有張靈生；湖南有譚配得、周安得烈、韋雅各、曾聖輝、鄒尼迦挪；福建有蔡彼得、陳馬利亞、林猶利亞；閩南有蕭仕提反、陳提摩太、莊宗灼、張陳季吳；江西有汪挪弗；湖北有余保羅；南京有李經邦、吳約亞拿；上海有史提多、蔣約翰、吳道生；台灣有王耶利米、蔡亞居拉；日本有須田清基；安徽有周道一、張俊臣、胡信全；汕頭有陳更新。總部負責為張巴拿巴、郭多馬、黃以利沙、高路加、張撒迦、錢亞伯、羅喜全、鄧天啟。議長為張巴拿巴；書記為錢亞伯、羅喜全。
這次代表大會是一次很重要的會議。
六大開始審查真耶穌教會的發源，參加審查的人員是當時參加六大的全體代表及全體總部的負責人。審查結果，《總部十周年紀念專刊》記載如下：
“本會發源的暫定：
根據張靈生與張巴拿巴二人自述
一、真耶穌教會，發源於中國之山東濰縣。
二、張靈生長老，系宣統元年（一九零九）十二月二十一日（一九一零年一月三十一日）在家里受聖靈以后，自己創辦耶穌真教會，迄民國元年（一九一二），始與張巴拿巴長老協辦真耶穌教會。
三、張巴拿巴長老系宣統二年（一九一零）三月十六日（一九一零年四月二十五日），在曠野禱告時受聖靈。后來請張靈生長老為他施洗，系宣統三年（一九一一）二月十一日（一九一一年三月十一日）。
四、張靈生長老請張巴拿巴長老為他施洗，系民國八年（一九一九）陰曆正月二十七日（一九一九年二月二十七日）。
五、張巴拿巴長老，得主啟示，命其向南方傳道。自民國八年（一九一九）起向南方傳道，是出於主之命令。
六、張靈生長老在山東濰縣保守教會，專傳求靈洗，受大水洗，守安息日。
七、真耶穌教會與萬國更正教聯合，系在民國八年（一九一九），因魏保羅恩波，請張靈生長老到北京，立張靈生長老為監督。
八、真耶穌教會與萬國更正教分開，系在民國九年（一九二零）魏保羅去世，耶可心傳出異端，張靈生長老辭去監督之職。
九、真耶穌教會在湘鄂蘇閩等省所有萬國更正教混亂之種子，自民國十四年（一九二五）冬季印發《儆醒報》之后，陸續鏟除淨盡。”
以上是六大根據張靈生、張巴拿巴二人“自述”作的決議，是“暫定”的決議。
二張自述中最重要的關鍵是第二條：張靈生於宣統元年自辦“耶穌真教會”，到“民國元年（一九一二）始與張巴拿巴長老協辦真耶穌教會”。這就是《卅年專刊》所說，張靈生“在上海召開第六次全大時，為張殿舉所威懾，將發起人之頭銜拱手讓出”的結果。只是如何威懾《卅年專刊》沒有說，不詳。
除了清查歷史發源之外，這次大會還對規章進行了改正，改正的規章共計十三章一百二十條。
這次改正的規章，其特點，《總部十周年紀念專刊》是這樣說明的。在南京召開的第三次全體大會（即一九二六年在南京召開的代表大會，后來稱為四大）所議定的規章，其目的是為了“先集權於總部，使各地與總部發生了密接的關系”。經過三年之后，“各地本會也深知非成立總部不能聯絡為一體，可說對於總部的必須存在，已經有透骨的認識了。”所以“就當把從來的中央集權改為地方分權，使各地的肢體得以自由活動”，以免集權而阻礙“聖工”的擴展。如已設支部之處，立職之權歸支部不要由總部包攬。當然無支部之處仍然權歸總部；又如信徒之間的爭執，調解無效可向支部控告，而不再向總部控告；如對判決不服，則向總部上訴。
然而這次規章改革，最為重要的是關於總部負責人的選舉辦法。舊規章是大會推選總負責人一人，其他總部負責人則由總負責荐任，再由大會承認。六大則改為由大會選出總部負責諸人；然后再由這些負責人，互相票選一人為總負責。據說是為了“庶免總部因總負責一人之過，而使總部搖動，波及於全教會發生了疑念。”又說是：“這不過是作個將來的預言，也免將全責盡托在總負責一人之肩上，并且總部也不因一人之進退而受影響。”實際上這完全是針對張巴拿巴的專權的，是后來導致開革張巴拿巴的本質原因，見后述。
這次大會選出的總部負責人為：總負責：張巴拿巴；負責人有譚配得、鄧天啟、高路加、羅喜全、張撒迦等六人。
此次大會改定的規章，對於總部及支部的組織及事務分管責任，都有了明確的規定。如，由總部的具體事務決定成立總部五系：總務、財務、學務、會務、報務；各系設一負責人；支部則設庶務、財務、會務三股，各股設負責人一。“在辦事上得明其界限，不得糊塗作事了。”
全體大會為最高權力機關。
對於差派傳道人、出版刊物、開設神學會都放松了總部的控制權，各地均可自由興辦。
在這次大會上，特別重要的新設機搆是“代議員會”，即監察機搆。見下章。